CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 70

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	70	E70E	E888E	syn	gaA	gaG	560	560	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70G	E888G	nonsyn	gAa	gGa	131	127	0.969466	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70G	E888G	nonsyn	gAA	gGC	131	2	0.0152672	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70G	E888G	nonsyn	gAA	gGG	131	2	0.0152672	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70D	E888D	nonsyn	gaA	gaC	86	73	0.848837	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70D	E888D	nonsyn	gaA	gaT	86	13	0.151163	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70A	E888A	nonsyn	gAa	gCa	79	79	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70K	E888K	nonsyn	Gaa	Aaa	56	53	0.946429	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70K	E888K	nonsyn	GaA	AaG	56	3	0.0535714	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del	E888del	del	GAA	---	53	53	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70V	E888V	nonsyn	gAa	gTa	31	31	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70X	E888X	nonsyn	Gaa	Taa	11	9	0.818182	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70R	E888R	nonsyn	GAA	AGG	11	8	0.727273	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70R	E888R	nonsyn	GAa	AGa	11	3	0.272727	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70X	E888X	nonsyn	GAa	TGa	11	1	0.0909091	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70X	E888X	nonsyn	GaA	TaG	11	1	0.0909091	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	E888Q	nonsyn	Gaa	Caa	8	6	0.75	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	E888Q	nonsyn	GaA	CaG	8	2	0.25	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70C	E888C	nonsyn	GAA	TGC	4	2	0.5	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70C	E888C	nonsyn	GAA	TGT	4	2	0.5	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	E888del1	del	gAa	g-a	3	1	0.333333	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	E888del1	del	Gaa	-aa	3	1	0.333333	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	E888del1	del	GaA	-aG	3	1	0.333333	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70Y	E888Y	nonsyn	GaA	TaC	2	2	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	E888del2	del	GAa	--a	2	1	0.5	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	E888del2	del	GAA	--G	2	1	0.5	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70T	E888T	nonsyn	GAa	ACa	1	1	1	2927-2929
ORF1ab/nsp3	70	E70H	E888H	nonsyn	GaA	CaC	1	1	1	2927-2929

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	560	560	All	0.000107
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	127	131	All	0.000024
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAA	gGG	2	131	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAA	gGC	2	131	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	131	131	B.1.632	0.879195
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	112	112	B.1.1.7	0.0001
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	73	86	All	0.000014
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	13	86	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	79	79	All	0.000015
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	64	64	B.1.1.7	0.000057
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	57	57	B.1.526	0.00134
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	53	56	All	0.00001
ORF1ab/nsp3	70	E70K	GaA	AaG	3	56	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	53	53	All	0.00001
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	36	36	AY.49	0.115016
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	34	34	AY.25	0.000205
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	31	31	All	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	30	30	AY.25	0.00018
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	30	30	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	29	29	AY.44	0.000177
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	20	20	AY.4.2	0.000434
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	14	14	B.1.2	0.000123
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	14	14	B.1.427	0.000707
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	11	12	AY.23	0.000767
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	12	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	9	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAA	AGG	8	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAa	AGa	3	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	70	E70X	GAa	TGa	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70X	GaA	TaG	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	10	10	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	6	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	GaA	CaG	2	8	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	8	8	AY.111	0.001465
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	8	8	AY.113	0.001139
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	8	8	B.1.1.269	0.010825
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	7	7	B.1.1.28	0.002179
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	7	7	B.1.177.46	0.006428
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	6	6	B.1.1.268	0.089552
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	6	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	2	6	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	5	5	B.1.177.81	0.000947
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70C	GAA	TGC	2	4	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70C	GAA	TGT	2	4	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAA	AGG	2	4	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAa	AGa	2	4	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	4	AY.66	0.004278
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	4	AY.7.2	0.002237
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	3	4	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAA	AGG	3	4	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAa	AGa	1	4	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70K	GaA	AaG	1	4	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	gAa	g-a	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	Gaa	-aa	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	GaA	-aG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	2	3	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	3	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	2	3	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAA	gGG	1	3	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	3	3	B.1.177.79	0.007026
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	Gaa	-aa	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	gAa	g-a	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70del1	GaA	-aG	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	3	3	P.1.1	0.000953
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAA	gGC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70Y	GaA	TaC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70C	GAA	TGC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	70	E70Y	GaA	TaC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	GAA	--G	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	GAa	--a	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAA	AGG	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAA	gGG	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	GaA	CaG	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70K	GaA	AaG	1	2	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	2	2	B.1.1.111	0.029412
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	70	E70X	GAa	TGa	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp3	70	E70T	GAa	ACa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70H	GaA	CaC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70R	GAA	AGG	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	70	E70H	GaA	CaC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70C	GAA	TGT	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	GAa	--a	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	70	E70del2	GAA	--G	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	70	E70C	GAA	TGT	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70K	GaA	AaG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	GaA	CaG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70X	GaA	TaG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	70	E70V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70T	GAa	ACa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.326	0.007576
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	70	E70Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.362.2	0.004717
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp3	70	E70X	Gaa	Taa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.541	0.004425
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.589	0.007576
ORF1ab/nsp3	70	E70E	gaA	gaG	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	70	E70K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	70	E70del	GAA	---	1	1	C.17	0.055556
ORF1ab/nsp3	70	E70D	gaA	gaT	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	70	E70A	gAa	gCa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	70	E70G	gAa	gGa	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.