CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | G1419C | nonsyn | Ggt | Tgt | 130 | 130 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | G1419del | del | GGT | --- | 76 | 76 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | G1419G | syn | ggT | ggC | 49 | 42 | 0.857143 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | G1419G | syn | ggT | ggA | 49 | 4 | 0.0816327 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | G1419G | syn | ggT | ggG | 49 | 3 | 0.0612245 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | G1419V | nonsyn | gGt | gTt | 39 | 39 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | G1419D | nonsyn | gGt | gAt | 24 | 24 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | G1419S | nonsyn | Ggt | Agt | 21 | 21 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | G1419R | nonsyn | Ggt | Cgt | 3 | 2 | 0.666667 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | G1419R | nonsyn | GgT | AgA | 3 | 1 | 0.333333 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | G1419A | nonsyn | gGT | gCA | 2 | 1 | 0.5 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | G1419A | nonsyn | gGt | gCt | 2 | 1 | 0.5 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del2 | G1419del2 | del | GGt | --t | 1 | 1 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601E | G1419E | nonsyn | gGT | gAA | 1 | 1 | 1 | 4520-4522 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del1 | G1419del1 | del | Ggt | -gt | 1 | 1 | 1 | 4520-4522 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 130 | 130 | All | 0.000025 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 96 | 96 | B.1.423 | 0.979592 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 76 | 76 | All | 0.000015 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 42 | 49 | All | 0.000008 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggA | 4 | 49 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggG | 3 | 49 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 39 | 39 | All | 0.000007 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 26 | 26 | B.1.1.7 | 0.000023 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 24 | 24 | All | 0.000005 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 21 | 21 | All | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 14 | 14 | B.1 | 0.000128 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 13 | 13 | B.1.1.7 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 11 | 11 | B.1.258.17 | 0.001144 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.44 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | Q.1 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | Ggt | Cgt | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | GgT | AgA | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 2 | 3 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggA | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | gGt | gCt | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | gGT | gCA | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.177.79 | 0.004684 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.433 | 0.00639 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggG | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 2 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggA | 1 | 2 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | A.2.2 | 0.001689 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del2 | GGt | --t | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601E | gGT | gAA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.39.2 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601E | gGT | gAA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | gGT | gCA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.142 | 0.017544 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.158 | 0.012195 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.170 | 0.001247 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.172 | 0.018182 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.210 | 0.005714 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.258 | 0.003257 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del2 | GGt | --t | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.51 | 0.004566 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.63 | 0.002703 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.87 | 0.000728 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.301 | 0.005917 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.319 | 0.003049 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.356 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.370 | 0.008 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.377 | 0.004566 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | B.15 | 0.017544 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601R | GgT | AgA | 1 | 1 | B.4.4 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601S | Ggt | Agt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | P.1.4 | 0.000977 |
ORF1ab/nsp3 | 601 | G601del | GGT | --- | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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