CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 595

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	595	E595D	E1413D	nonsyn	gaG	gaT	4733	4714	0.995986	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595D	E1413D	nonsyn	gaG	gaC	4733	19	0.00401437	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595E	E1413E	syn	gaG	gaA	1709	1709	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595K	E1413K	nonsyn	Gag	Aag	309	307	0.993528	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595K	E1413K	nonsyn	GaG	AaA	309	2	0.00647249	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595A	E1413A	nonsyn	gAg	gCg	153	152	0.993464	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595A	E1413A	nonsyn	gAG	gCA	153	1	0.00653595	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del	E1413del	del	GAG	---	127	127	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595G	E1413G	nonsyn	gAg	gGg	108	108	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595V	E1413V	nonsyn	gAg	gTg	93	90	0.967742	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595V	E1413V	nonsyn	gAG	gTT	93	1	0.0107527	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595V	E1413V	nonsyn	gAG	gTA	93	1	0.0107527	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595V	E1413V	nonsyn	gAG	gTC	93	1	0.0107527	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595X	E1413X	nonsyn	Gag	Tag	20	19	0.95	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595X	E1413X	nonsyn	GaG	TaA	20	1	0.05	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	E1413del1	del	gaG	ga-	11	6	0.545455	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	E1413del1	del	Gag	-ag	11	2	0.181818	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	E1413del1	del	GAG	-GA	11	1	0.0909091	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	E1413del1	del	GaG	Ta-	11	1	0.0909091	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	E1413del1	del	gAg	g-g	11	1	0.0909091	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	E1413Q	nonsyn	Gag	Cag	10	10	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	E1413del2	del	gAG	g--	4	3	0.75	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	E1413del2	del	GAg	--g	4	1	0.25	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595N	E1413N	nonsyn	GaG	AaT	3	3	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595H	E1413H	nonsyn	GaG	CaT	3	2	0.666667	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595H	E1413H	nonsyn	GaG	CaC	3	1	0.333333	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595S	E1413S	nonsyn	GAG	TCT	2	2	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595I	E1413I	nonsyn	GAG	ATC	1	1	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595T	E1413T	nonsyn	GAg	ACg	1	1	1	4502-4504
ORF1ab/nsp3	595	E595R	E1413R	nonsyn	GAG	CGC	1	1	1	4502-4504

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4714	4733	All	0.000902
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	19	4733	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1709	1709	All	0.000327
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1012	1016	AY.4	0.001575
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	4	1016	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	819	819	AY.44	0.004985
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	774	774	AY.71	0.367696
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	474	478	B.1.1.7	0.000424
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	4	478	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	339	339	AY.46	0.035283
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	338	338	AY.26	0.009569
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	307	309	All	0.000059
ORF1ab/nsp3	595	E595K	GaG	AaA	2	309	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	303	304	P.1	0.004773
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	304	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	280	280	B.1.1.7	0.000251
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	259	259	AY.25	0.001558
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	249	249	B.1.221.2	1
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	193	195	B.1.617.2	0.000727
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	2	195	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	178	179	AY.43	0.000789
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	179	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	152	153	All	0.000029
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAG	gCA	1	153	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	127	127	All	0.000024
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	108	108	All	0.000021
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	90	93	All	0.000017
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTC	1	93	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTT	1	93	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTA	1	93	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	83	83	AY.4	0.000129
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	75	75	AY.65	0.039979
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	61	61	AY.113	0.008686
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	58	58	AY.4	0.00009
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	56	56	AY.25	0.000337
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	55	55	B.1.2	0.000484
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	47	47	AY.103	0.000292
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	45	45	AY.102	0.001193
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	35	35	AY.4.5	0.003762
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	33	34	B.1	0.000302
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	34	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	34	34	B.1.617.2	0.000128
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	33	33	A.2.5	0.016467
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	32	32	AY.5.4	0.008854
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	31	31	B.1.1.284	0.003329
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	29	29	AY.3	0.000288
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	28	28	B.1.1.289	0.058333
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	28	28	Q.3	0.004061
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	26	26	B.1.1.7	0.000023
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	25	25	B.1.1.7	0.000022
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	23	23	B.1.1.214	0.001276
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	23	23	B.1.160	0.000717
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	22	22	B.1.1.416	0.01991
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	22	22	B.1.177	0.00029
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	21	21	AY.23	0.001465
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	19	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595X	GaG	TaA	1	20	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	20	20	AY.6	0.000823
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	20	20	B.1.429	0.000471
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	17	17	B.1	0.000156
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	17	17	B.1.617.2	0.000064
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	17	17	P.4	0.064639
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	16	16	B.1.1.25	0.009096
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	16	16	P.1.14	0.000765
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	15	15	AY.42	0.000603
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	14	14	P.1.16	0.005238
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	14	14	Q.8	0.002309
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	13	13	AY.39	0.000321
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	13	13	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	13	13	AY.88	0.011494
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	6	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	Gag	-ag	2	11	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gAg	g-g	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	GAG	-GA	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	GaG	Ta-	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	11	11	B.1.221	0.000781
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	11	11	B.1.240	0.002371
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	11	11	B.1.36	0.001605
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	10	10	AY.120	0.000372
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	10	10	AY.74	0.001156
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	10	10	P.1.12	0.00484
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	9	9	AE.8	0.004401
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	9	9	AY.26	0.000255
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	9	9	AY.33	0.000601
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	9	9	B.1.1	0.000163
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	9	9	B.1.367	0.007132
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	8	8	AY.113	0.001139
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	8	8	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	8	AY.6	0.000288
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	8	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	8	8	AY.72	0.010884
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	8	8	B.1.351	0.000238
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	8	8	B.1.605	0.047619
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	AY.46.5	0.001389
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	AY.61	0.000733
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	AY.98	0.000553
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	B.1.1.528	0.033654
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	7	7	B.1.617.1	0.000903
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	AY.84	0.002625
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	5	6	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595K	GaG	AaA	1	6	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	B.1.221	0.000426
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	B.1.234	0.000792
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	B.1.637	0.000438
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	P.1.13	0.005391
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	6	6	P.1.15	0.001394
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	3	5	A	0.001161
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	5	A	0.000774
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	5	5	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	5	5	AY.42	0.000201
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.70	0.001043
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	AY.92	0.001436
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	5	5	B.1.177	0.000066
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	B.1.252	0.033113
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	5	5	B.1.427	0.000252
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	B.1.526	0.000118
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	5	5	B.1.562	0.092593
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	gAG	g--	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	GAg	--g	1	4	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	4	4	AY.39.1	0.000158
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	4	4	B.1.1.226	0.023256
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	B.1.1.279	0.004484
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	B.1.1.306	0.001754
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	B.1.258.4	0.013793
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	B.1.575	0.001214
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	C.35	0.003096
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	4	4	P.1.1	0.001271
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	A.19	0.028302
ORF1ab/nsp3	595	E595N	GaG	AaT	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	595	E595H	GaG	CaT	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595H	GaG	CaC	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.117	0.000254
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.120.2.1	0.001495
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.15	0.006667
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.38	0.001498
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.164	0.015464
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.37	0.000579
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	B.1.456	0.009804
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	B.1.621.1	0.001517
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	N.3	0.017442
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp3	595	E595S	GAG	TCT	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AT.1	0.010256
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.59	0.001059
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	2	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	2	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.177.6	0.001953
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.456	0.006536
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.470	0.002809
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.23	0.005848
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	C.36.3	0.001134
ORF1ab/nsp3	595	E595N	GaG	AaT	2	2	C.36.3	0.001134
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	AA.1	0.007246
ORF1ab/nsp3	595	E595I	GAG	ATC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595T	GAg	ACg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595R	GAG	CGC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AU.2	0.002421
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	595	E595I	GAG	ATC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	Gag	-ag	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	GaG	Ta-	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp3	595	E595T	GAg	ACg	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	595	E595H	GaG	CaT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.5.2	0.002463
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	GAg	--g	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	gAG	g--	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	595	E595H	GaG	CaC	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp3	595	E595X	GaG	TaA	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	595	E595H	GaG	CaT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.97	0.001701
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	GAG	-GA	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1.142	0.017544
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp3	595	E595K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaC	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.224	0.014286
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp3	595	E595S	GAG	TCT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.389	0.006061
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp3	595	E595R	GAG	CGC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.151	0.011111
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.160.31	0.008065
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	gAG	g--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gAg	g-g	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	595	E595N	GaG	AaT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.23	0.006061
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp3	595	E595K	GaG	AaA	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.298	0.002114
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.319	0.003049
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.532	0.006211
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.544	0.006024
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTA	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.587	0.001898
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	Gag	-ag	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	595	E595Q	Gag	Cag	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595del2	gAG	g--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595del1	gaG	ga-	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAG	gTT	1	1	B.1.619	0.000871
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	B.15	0.017544
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	B.27	0.015385
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	595	E595S	GAG	TCT	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAG	gCA	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	595	E595X	Gag	Tag	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	595	E595A	gAg	gCg	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp3	595	E595G	gAg	gGg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	595	E595D	gaG	gaT	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp3	595	E595E	gaG	gaA	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	595	E595V	gAg	gTg	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	595	E595del	GAG	---	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.