CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 545

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3545E545GE1363GnonsyngAggGg2327232714352-4354
ORF1ab/nsp3545E545EE1363EsyngaGgaA91291214352-4354
ORF1ab/nsp3545E545AE1363AnonsyngAggCg39139114352-4354
ORF1ab/nsp3545E545DE1363DnonsyngaGgaT3343260.9760484352-4354
ORF1ab/nsp3545E545DE1363DnonsyngaGgaC33480.02395214352-4354
ORF1ab/nsp3545E545KE1363KnonsynGagAag60590.9833334352-4354
ORF1ab/nsp3545E545KE1363KnonsynGaGAaA6010.01666674352-4354
ORF1ab/nsp3545E545delE1363deldelGAG---393914352-4354
ORF1ab/nsp3545E545XE1363XnonsynGagTag202014352-4354
ORF1ab/nsp3545E545VE1363VnonsyngAggTg151514352-4354
ORF1ab/nsp3545E545QE1363QnonsynGagCag6614352-4354
ORF1ab/nsp3545E545del1E1363del1delgaGga-530.64352-4354
ORF1ab/nsp3545E545del1E1363del1delGAG-NN510.24352-4354
ORF1ab/nsp3545E545del1E1363del1delgAgg-g510.24352-4354
ORF1ab/nsp3545E545del2E1363del2delgAGg--3314352-4354
ORF1ab/nsp3545E545NE1363NnonsynGaGAaT2214352-4354
ORF1ab/nsp3545E545YE1363YnonsynGaGTaT1114352-4354

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg23272327All0.000445
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22022202B.1.1.70.001971
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA912912All0.000174
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA567567B.1.1.3260.998239
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg391391All0.000075
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT326334All0.000062
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaC8334All0.000002
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg156156B.1.1.70.00014
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA140140B.1.1.70.000125
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg9898B.1.177.160.065116
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag5960All0.000011
ORF1ab/nsp3545E545KGaGAaA160All0
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA4444B.1.5370.88
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT4040B.1.1110.047004
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---3939All0.000007
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg3838AY.40.000059
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg3535AY.40.000054
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg3535B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA3333AY.390.000815
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT3333B.1.4740.062738
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg3030AY.1200.001115
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT2828AY.330.00187
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT2728B.1.617.20.000102
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaC128B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA2727B.1.1.4340.009411
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT2626B.1.4270.001313
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT2222B.10.000202
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag2020All0.000004
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp3545E545VgAggTg1515All0.000003
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA1414AY.840.006124
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag1313B.1.5260.000306
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg1212AY.30.000119
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA1212B.1.1.80.043011
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT1111B.1.2430.000765
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT910B.1.20.000079
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaC110B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA99B.10.000082
ORF1ab/nsp3545E545VgAggTg99B.1.2060.007341
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaC58AY.1020.000133
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT38AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA88AY.1100.000902
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT88AY.40.000012
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT77AY.1200.00026
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA77B.1.177.810.001325
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp3545E545QGagCag66All0.000001
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT66AY.430.000027
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag66AY.430.000027
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT66AY.440.000037
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg66B.1.3490.004289
ORF1ab/nsp3545E545del1gaGga-35All0.000001
ORF1ab/nsp3545E545del1GAG-NN15All0
ORF1ab/nsp3545E545del1gAgg-g15All0
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg55AY.250.00003
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag55AY.30.00005
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag55B.10.000046
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA44AY.40.000006
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT44AY.540.000381
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT44AY.610.000419
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg44B.1.177.530.009569
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT44B.1.4000.001716
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg44Q.10.000505
ORF1ab/nsp3545E545del2gAGg--33All0.000001
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg33AY.850.001282
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg33B.10.000027
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg33B.1.177.820.001432
ORF1ab/nsp3545E545NGaGAaT22All0
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.1070.000932
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.160.000759
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag22AY.230.000139
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.30.00002
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22AY.470.000062
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.470.000062
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp3545E545VgAggTg22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22B.10.000018
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA22B.1.214.20.001199
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp3545E545QGagCag22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---22B.1.617.20.000008
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ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg22C.110.021277
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ORF1ab/nsp3545E545del1GAG-NN110.055556
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag11A0.000387
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ORF1ab/nsp3545E545YGaGTaT11All0
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11AY.1010.00049
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ORF1ab/nsp3545E545delGAG---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.200.000039
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ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11AY.30.00001
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ORF1ab/nsp3545E545NGaGAaT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg11AY.39.10.00004
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ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp3545E545YGaGTaT11AY.430.000004
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ORF1ab/nsp3545E545XGagTag11AY.440.000006
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ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.50.000021
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ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11AY.550.000917
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ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11AY.610.000105
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ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg11AY.98.10.000048
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ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11B.1.1.3400.045455
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaC11B.1.1.3770.001381
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11B.1.1.3780.007299
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11B.1.1.3890.006061
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag11B.1.1.4020.011111
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3545E545QGagCag11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3545E545del2gAGg--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3545E545del1gaGga-11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp3545E545del1gaGga-11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp3545E545del1gaGga-11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3545E545KGagAag11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3545E545AgAggCg11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3545E545GgAggGg11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp3545E545XGagTag11B.1.3010.005917
ORF1ab/nsp3545E545VgAggTg11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp3545E545delGAG---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3545E545DgaGgaT11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp3545E545EgaGgaA11B.1.36.80.001
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