CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 441

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	441	I441V	I1259V	nonsyn	Att	Gtt	3120	3119	0.99968	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441V	I1259V	nonsyn	AtT	GtC	3120	1	0.000320513	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441S	I1259S	nonsyn	aTt	aGt	457	438	0.958425	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441S	I1259S	nonsyn	ATt	TCt	457	14	0.0306346	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441S	I1259S	nonsyn	aTT	aGC	457	5	0.0109409	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441L	I1259L	nonsyn	Att	Ctt	415	415	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441T	I1259T	nonsyn	aTt	aCt	219	216	0.986301	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441T	I1259T	nonsyn	aTT	aCC	219	3	0.0136986	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441I	I1259I	syn	atT	atC	179	171	0.955307	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441I	I1259I	syn	atT	atA	179	8	0.0446927	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441del	I1259del	del	ATT	---	45	45	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441N	I1259N	nonsyn	aTt	aAt	6	6	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441F	I1259F	nonsyn	Att	Ttt	6	6	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	I1259del1	del	aTt	a-t	5	2	0.4	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	I1259del1	del	Att	-tt	5	1	0.2	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	I1259del1	del	ATT	-NN	5	1	0.2	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	I1259del1	del	AtT	Gt-	5	1	0.2	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441M	I1259M	nonsyn	atT	atG	4	4	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441K	I1259K	nonsyn	aTT	aAG	2	2	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441P	I1259P	nonsyn	ATt	CCt	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441G	I1259G	nonsyn	ATT	GGC	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441G	I1259G	nonsyn	ATt	GGt	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441P	I1259P	nonsyn	ATT	CCG	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441A	I1259A	nonsyn	ATt	GCt	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441A	I1259A	nonsyn	ATT	GCG	2	1	0.5	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441E	I1259E	nonsyn	ATT	GAG	1	1	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441H	I1259H	nonsyn	ATt	CAt	1	1	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441Q	I1259Q	nonsyn	ATT	CAG	1	1	1	4040-4042
ORF1ab/nsp3	441	I441D	I1259D	nonsyn	ATt	GAt	1	1	1	4040-4042

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	3119	3120	All	0.000597
ORF1ab/nsp3	441	I441V	AtT	GtC	1	3120	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1845	1845	B.1.221	0.131056
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	488	488	P.1	0.007688
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	438	457	All	0.000084
ORF1ab/nsp3	441	I441S	ATt	TCt	14	457	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	5	457	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	415	415	All	0.000079
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	396	396	AY.4	0.000616
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	385	385	B.1.1.7	0.000345
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	216	219	All	0.000041
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTT	aCC	3	219	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	207	207	P.1.8	0.990431
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	200	200	P.1.9	0.961538
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	171	179	All	0.000033
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	8	179	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	116	116	B.1.620	0.109745
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	103	103	B.1.1.7	0.000092
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	67	67	P.1	0.001056
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	45	45	All	0.000009
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	41	41	AY.39.1	0.001624
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	40	40	B.1.36	0.005836
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	27	28	B.1.1.7	0.000024
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTT	aCC	1	28	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	27	27	P.1.14	0.001291
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	26	26	AY.99.2	0.002396
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	18	20	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	2	20	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	17	17	AY.4	0.000026
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	16	16	AY.103	0.000099
ORF1ab/nsp3	441	I441S	ATt	TCt	14	14	AY.29	0.000221
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	14	14	B.1.2	0.000123
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	9	9	B.1.160	0.000281
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	8	8	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	7	7	B.1.177.43	0.01034
ORF1ab/nsp3	441	I441N	aTt	aAt	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	6	6	AY.74	0.000694
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	6	6	B.1.236	0.01232
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	6	6	B.1.438.1	0.000644
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	5	6	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	1	6	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	6	6	C.36.3	0.003403
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	aTt	a-t	2	5	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	ATT	-NN	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	AtT	Gt-	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	Att	-tt	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	5	5	B.1.160	0.000156
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	5	5	B.1.258.17	0.00052
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	5	5	B.1.36.18	0.002101
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	5	5	C.37	0.00058
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTT	aCC	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	441	I441M	atT	atG	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	3	4	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	2	4	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	2	4	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	3	4	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	1	4	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	3	4	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	1	4	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp3	441	I441N	aTt	aAt	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	4	4	B.1.524	0.005626
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	3	3		0.166667
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	3	3	B.1.177.12	0.000455
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441V	AtT	GtC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441G	ATT	GGC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441G	ATt	GGt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	441	I441K	aTT	aAG	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441G	ATt	GGt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441A	ATt	GCt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441P	ATT	CCG	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441G	ATT	GGC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441P	ATt	CCt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441A	ATT	GCG	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	441	I441M	atT	atG	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp3	441	I441A	ATt	GCt	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441P	ATt	CCt	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441A	ATT	GCG	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441P	ATT	CCG	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.6	0.001953
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	B.1.9	0.012346
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	2	2	P.1.13	0.001797
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp3	441	I441Q	ATT	CAG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441H	ATt	CAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441D	ATt	GAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441E	ATT	GAG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AU.2	0.002421
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	441	I441M	atT	atG	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	441	I441K	aTT	aAG	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	441	I441N	aTt	aAt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	441	I441N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441Q	ATT	CAG	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441E	ATT	GAG	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441H	ATt	CAt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441D	ATt	GAt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441M	atT	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	Att	-tt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	aTt	a-t	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	B.1.452	0.013699
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atA	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	AtT	Gt-	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp3	441	I441L	Att	Ctt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	aTt	a-t	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	441	I441K	aTT	aAG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	441	I441del1	ATT	-NN	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTT	aGC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	B.4.7	0.010101
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	C.27	0.018519
ORF1ab/nsp3	441	I441I	atT	atC	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	441	I441S	aTt	aGt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	441	I441T	aTt	aCt	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	441	I441V	Att	Gtt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	441	I441F	Att	Ttt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	441	I441del	ATT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.