CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 424 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	424	T424I	T1242I	nonsyn	aCt	aTt	2376	2374	0.999158	3989-3991

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2374	2376	All	0.000454
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	459	460	B.1.1.7	0.000411
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	241	241	AY.4	0.000375
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	161	161	B.1	0.001475
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	119	119	B.1.617.2	0.000448
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	100	100	B.1.177	0.001317
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	91	92	B.1.2	0.000801
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	78	78	B.1.1	0.001415
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	65	65	AY.43	0.000288
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	61	61	AY.25	0.000367
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	56	56	AY.4.2	0.001215
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	54	54	B.1.258.17	0.005614
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	44	44	AY.103	0.000273
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	43	43	AY.44	0.000262
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	42	42	B.1.427	0.002121
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	40	40	P.2	0.007465
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	39	39	AY.120	0.00145
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	36	36	B.1.429	0.000847
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	29	29	B.1.1.432	0.036709
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	28	28	P.1	0.000441
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	25	25	AY.102	0.000663
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	25	25	AY.46.6	0.001805
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	24	24	AY.7	0.004704
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	23	23	B.1.1.48	0.066092
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	21	21	AY.20	0.000816
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	21	21	AY.23	0.001465
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	18	18	B.1.351	0.000535
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	16	16	AY.119	0.000565
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	16	16	AY.26	0.000453
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	15	15	B.1.526	0.000353
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	13	13	AY.39	0.000321
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	13	13	AY.6	0.000535
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.63	0.005015
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	11	11	AY.42	0.000443
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	10	10	AY.3	0.000099
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	10	10	AY.61	0.001048
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.519	0.000357
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	8	8	AY.100	0.000368
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	8	8	AY.5	0.000165
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	7	7	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	7	7	AY.75	0.000392
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	6	6	AY.113	0.000854
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	6	6	AY.39.1	0.000238
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.18	0.006961
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	6	6	B.1.351.2	0.001815
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.464	0.007364
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	5	5	B.1.160	0.000156
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.19	0.007153
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.106	0.00134
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.34	0.000388
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.46.5	0.000794
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.48	0.00186
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.98	0.000316
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	AY.98.1	0.000194
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.431	0.064516
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.110.2	0.666667
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.517	0.001708
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	4	4	B.1.561	0.001588
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.16.1	0.00141
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.19	0.003421
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.5.3	0.001012
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.63	0.001161
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.40	0.015464
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B.1.36.17	0.001482
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	AY.9.2.1	0.003953
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	P.3	0.00319
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	A.4	0.012821
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AU.3	0.00211
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.39.1.1	0.000725
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.204	0.00304
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.113	0.015625
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.326	0.007576
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.510	0.026316
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.70	0.02439
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	424	T424I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.