CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 410

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	410	D410G	D1228G	nonsyn	gAt	gGt	70817	70817	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	D1228Y	nonsyn	Gat	Tat	851	851	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410D	D1228D	syn	gaT	gaC	253	253	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410N	D1228N	nonsyn	Gat	Aat	132	132	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410del	D1228del	del	GAT	---	103	103	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410A	D1228A	nonsyn	gAt	gCt	74	74	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410C	D1228C	nonsyn	GAt	TGt	63	63	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410E	D1228E	nonsyn	gaT	gaG	29	15	0.517241	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410E	D1228E	nonsyn	gaT	gaA	29	14	0.482759	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410V	D1228V	nonsyn	gAt	gTt	21	21	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410T	D1228T	nonsyn	GAt	ACt	1	1	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410del2	D1228del2	del	GAT	--N	1	1	1	3947-3949
ORF1ab/nsp3	410	D410H	D1228H	nonsyn	Gat	Cat	1	1	1	3947-3949

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	70817	70817	All	0.013545
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	68896	68896	AY.25	0.414397
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	851	851	All	0.000163
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	440	440	B.1.1.7	0.000394
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	385	385	B.1.617.2	0.00145
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	253	253	All	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	149	149	AY.113	0.021216
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	148	148	AY.39	0.003657
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	133	133	B.1.1.7	0.000119
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	132	132	All	0.000025
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	103	103	All	0.00002
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	100	100	B.1.234	0.013194
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	85	85	AY.44	0.000517
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	84	84	AY.3	0.000835
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	78	78	AY.120	0.0029
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	78	78	AY.44	0.000475
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	74	74	All	0.000014
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	74	74	P.1	0.001166
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	71	71	AY.4	0.000111
ORF1ab/nsp3	410	D410C	GAt	TGt	63	63	All	0.000012
ORF1ab/nsp3	410	D410C	GAt	TGt	63	63	AY.25	0.000379
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	51	51	AY.117	0.00431
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	51	51	AY.4	0.000079
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	51	51	B.1.1.7	0.000046
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	46	46	AY.99.2	0.004239
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	45	45	B.1.617.2	0.000169
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	43	43	AY.43	0.000191
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	39	39	B.1.617.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	38	38	B.1	0.000348
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	34	34	AY.103	0.000211
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	33	33	AY.26	0.000934
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	33	33	AY.47	0.001026
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	31	31	AY.4	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	31	31	AY.92	0.008905
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	30	30	B	0.003834
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	15	29	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	14	29	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	25	25	AY.4	0.000039
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	25	25	B.1.1.7	0.000022
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	24	24	AY.119	0.000847
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	22	22	AY.23	0.001534
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	21	21	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	21	21	AY.4.5	0.002257
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	20	20	AY.3	0.000199
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	18	18	AY.14	0.001584
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	17	17	AY.103	0.000106
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	16	16	AY.46	0.001665
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	15	15	AY.103	0.000093
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	15	15	AY.4	0.000023
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	14	14	AY.46.6	0.001011
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	13	13	B.1.1.28	0.004046
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	11	11	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	11	11	B.1.351	0.000327
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	10	10	AY.102	0.000265
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	10	10	AY.3	0.000099
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	10	10	B.1.1	0.000181
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	9	9	AY.45	0.001095
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	9	9	AY.98	0.000711
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	7	9	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	2	9	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	9	9	B.1.427	0.000454
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	9	9	C.37	0.001045
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	8	8	AY.25	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	8	8	AY.46.4	0.001316
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	8	8	B.1.1.216	0.007124
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	7	7	AY.5	0.000145
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	7	7	AY.98	0.000553
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	7	7	B.1.36.1	0.007982
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	6	6	AY.118	0.000376
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	6	6	AY.85	0.002563
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	6	6	AY.9	0.000406
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	6	6	B.1.396	0.004234
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	6	6	P.1.2	0.006936
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	5	5	AY.109	0.003698
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	5	5	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	5	5	AY.82	0.006784
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	5	5	B.1.177	0.000066
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	5	5	B.1.177	0.000066
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	5	5	B.1.369	0.001426
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	4	4	AY.101	0.001962
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	AY.106	0.00134
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	4	4	AY.108	0.00441
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	4	4	AY.8	0.002424
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	4	4	B.1.1.153	0.004381
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	B.1.575	0.001214
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	4	4	Q.8	0.00066
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.12	0.000948
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.34.1	0.00153
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.46.1	0.00308
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.62	0.001307
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	B.1.111	0.003525
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	B.1.265	0.003812
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	3	3	B.1.599	0.010949
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AU.3	0.004219
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.17	0.016393
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.38	0.000999
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.77	0.002255
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.258	0.006515
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.160.14	0.004237
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	2	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	2	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	410	D410T	GAt	ACt	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	A.2.5.3	0.010309
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp3	410	D410T	GAt	ACt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	410	D410del2	GAT	--N	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	410	D410H	Gat	Cat	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	410	D410del2	GAT	--N	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.200	0.007463
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.320	0.018182
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	410	D410H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.170	0.00431
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.335	0.010309
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.502	0.052632
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.510	0.026316
ORF1ab/nsp3	410	D410A	gAt	gCt	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	410	D410V	gAt	gTt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.606	0.006024
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaA	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	410	D410N	Gat	Aat	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	410	D410E	gaT	gaG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.1.8	0.001972
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	B.37	0.028571
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	B.4.7	0.010101
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp3	410	D410D	gaT	gaC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	410	D410Y	Gat	Tat	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	410	D410G	gAt	gGt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	410	D410del	GAT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.