CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 410

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3410D410GD1228GnonsyngAtgGt708177081713947-3949
ORF1ab/nsp3410D410YD1228YnonsynGatTat85185113947-3949
ORF1ab/nsp3410D410DD1228DsyngaTgaC25325313947-3949
ORF1ab/nsp3410D410ND1228NnonsynGatAat13213213947-3949
ORF1ab/nsp3410D410delD1228deldelGAT---10310313947-3949
ORF1ab/nsp3410D410AD1228AnonsyngAtgCt747413947-3949
ORF1ab/nsp3410D410CD1228CnonsynGAtTGt636313947-3949
ORF1ab/nsp3410D410ED1228EnonsyngaTgaG29150.5172413947-3949
ORF1ab/nsp3410D410ED1228EnonsyngaTgaA29140.4827593947-3949
ORF1ab/nsp3410D410VD1228VnonsyngAtgTt212113947-3949
ORF1ab/nsp3410D410TD1228TnonsynGAtACt1113947-3949
ORF1ab/nsp3410D410del2D1228del2delGAT--N1113947-3949
ORF1ab/nsp3410D410HD1228HnonsynGatCat1113947-3949

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt7081770817All0.013545
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt6889668896AY.250.414397
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat851851All0.000163
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt440440B.1.1.70.000394
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt385385B.1.617.20.00145
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC253253All0.000048
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt149149AY.1130.021216
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt148148AY.390.003657
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat133133B.1.1.70.000119
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat132132All0.000025
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---103103All0.00002
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat100100B.1.2340.013194
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt8585AY.440.000517
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat8484AY.30.000835
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt7878AY.1200.0029
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat7878AY.440.000475
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt7474All0.000014
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat7474P.10.001166
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt7171AY.40.000111
ORF1ab/nsp3410D410CGAtTGt6363All0.000012
ORF1ab/nsp3410D410CGAtTGt6363AY.250.000379
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt5151AY.1170.00431
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat5151AY.40.000079
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat5151B.1.1.70.000046
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC4646AY.99.20.004239
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC4545B.1.617.20.000169
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt4343AY.430.000191
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat3939B.1.617.20.000147
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC3838B.10.000348
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt3434AY.1030.000211
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt3333AY.260.000934
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt3333AY.470.001026
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC3131AY.40.000048
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt3131AY.920.008905
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt3030B0.003834
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaG1529All0.000003
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaA1429All0.000003
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat2525AY.40.000039
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt2424AY.1190.000847
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt2222AY.230.001534
ORF1ab/nsp3410D410VgAtgTt2121All0.000004
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat2121AY.4.50.002257
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt2020AY.30.000199
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1818AY.140.001584
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt1717AY.1030.000106
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt1616AY.460.001665
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1616B.10.000147
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1515AY.1030.000093
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt1414AY.46.60.001011
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1313AY.1020.000345
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt1313B.10.000119
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt1313B.1.1.280.004046
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---1111B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1111B.1.3510.000327
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt1010AY.1020.000265
ORF1ab/nsp3410D410VgAtgTt1010AY.30.000099
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat1010B.1.10.000181
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt99AY.450.001095
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt99AY.750.000504
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt99AY.980.000711
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaG79B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaA29B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat99B.1.4270.000454
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat99C.370.001045
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC88AY.250.000048
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt88AY.46.40.001316
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat88B.1.1.2160.007124
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt77AY.50.000145
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC77AY.980.000553
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat77B.1.36.10.007982
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat66AY.1180.000376
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt66AY.200.000233
ORF1ab/nsp3410D410VgAtgTt66AY.40.000009
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat66AY.470.000187
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat66AY.850.002563
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat66AY.90.000406
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC66B.1.3960.004234
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt66P.10.000095
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat66P.1.20.006936
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt55AY.1090.003698
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---55AY.30.00005
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC55AY.430.000022
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt55AY.820.006784
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC55B.1.3690.001426
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC55B.1.6210.000443
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt44AY.1010.001962
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44AY.1060.00134
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt44AY.1080.00441
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44AY.590.002119
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat44AY.80.002424
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt44B.1.1.1530.004381
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44B.1.5750.001214
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---44B.1.5960.000349
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat44Q.80.00066
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.120.000948
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC33AY.260.000085
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33AY.330.0002
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33AY.420.000121
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.46.10.00308
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.610.000314
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.620.001307
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33B.1.1.1890.004539
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaA33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33B.1.1110.003525
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33B.1.2650.003812
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat33B.1.5990.010949
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AU.30.004219
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.140.000176
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.170.016393
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat22AY.200.000078
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.270.000129
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.340.000194
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.380.000999
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.530.000575
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.540.000191
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.540.000191
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.580.001815
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.670.000929
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.770.002255
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.950.001522
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22AY.990.002099
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B0.000256
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaA22B.10.000018
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat22B.10.000018
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat22B.1.1.2200.003717
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.1.2580.006515
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.160.140.004237
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC22B.1.2410.001623
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22B.1.36.80.002
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaA12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3410D410EgaTgaG12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22D.20.00015
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat22P.10.000032
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22P.10.000032
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat22P.20.000373
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---22R.10.00018
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt11A0.000387
ORF1ab/nsp3410D410TGAtACt11A.10.000282
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt11A.2.5.30.010309
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp3410D410TGAtACt11All0
ORF1ab/nsp3410D410del2GAT--N11All0
ORF1ab/nsp3410D410HGatCat11All0
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp3410D410AgAtgCt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat11AY.140.000088
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp3410D410YGatTat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3410D410delGAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3410D410NGatAat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3410D410VgAtgTt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3410D410DgaTgaC11AY.270.000065
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ORF1ab/nsp3410D410GgAtgGt11AY.290.000016
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