CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 404

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3404V404VV1222VsyngtTgtC270526840.9922373929-3931
ORF1ab/nsp3404V404VV1222VsyngtTgtA2705180.006654343929-3931
ORF1ab/nsp3404V404VV1222VsyngtTgtG270530.001109063929-3931
ORF1ab/nsp3404V404FV1222FnonsynGttTtt34834813929-3931
ORF1ab/nsp3404V404GV1222GnonsyngTtgGt34534513929-3931
ORF1ab/nsp3404V404IV1222InonsynGttAtt1621610.9938273929-3931
ORF1ab/nsp3404V404IV1222InonsynGtTAtC16210.006172843929-3931
ORF1ab/nsp3404V404delV1222deldelGTT---10610613929-3931
ORF1ab/nsp3404V404AV1222AnonsyngTtgCt1051030.9809523929-3931
ORF1ab/nsp3404V404AV1222AnonsyngTTgCC10510.009523813929-3931
ORF1ab/nsp3404V404AV1222AnonsyngTTgCG10510.009523813929-3931
ORF1ab/nsp3404V404NV1222NnonsynGTTAAC22170.7727273929-3931
ORF1ab/nsp3404V404NV1222NnonsynGTtAAt2250.2272733929-3931
ORF1ab/nsp3404V404DV1222DnonsyngTtgAt3313929-3931
ORF1ab/nsp3404V404EV1222EnonsyngTTgAA320.6666673929-3931
ORF1ab/nsp3404V404LV1222LnonsynGttCtt320.6666673929-3931
ORF1ab/nsp3404V404EV1222EnonsyngTTgAG310.3333333929-3931
ORF1ab/nsp3404V404LV1222LnonsynGtTTtG310.3333333929-3931
ORF1ab/nsp3404V404SV1222SnonsynGTTTCG210.53929-3931
ORF1ab/nsp3404V404TV1222TnonsynGTtACt210.53929-3931
ORF1ab/nsp3404V404SV1222SnonsynGTtTCt210.53929-3931
ORF1ab/nsp3404V404TV1222TnonsynGTTACC210.53929-3931
ORF1ab/nsp3404V404del2V1222del2delGTt--t1113929-3931

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC26842705All0.000513
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA182705All0.000003
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtG32705All0.000001
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC12601260B.1.1390.923754
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11751175B.1.5650.952188
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt348348All0.000067
ORF1ab/nsp3404V404GgTtgGt345345All0.000066
ORF1ab/nsp3404V404GgTtgGt338338B.1.1.70.000303
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt161162All0.000031
ORF1ab/nsp3404V404IGtTAtC1162All0
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt129129AY.40.000201
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---106106All0.00002
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt103105All0.00002
ORF1ab/nsp3404V404AgTTgCC1105All0
ORF1ab/nsp3404V404AgTTgCG1105All0
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC6768B.10.000614
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA168B.10.000009
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt4949AY.440.000298
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC3434A.30.071279
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC3032B.1.1.70.000027
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA232B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt2323AY.40.000036
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC2323B0.00294
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC1722All0.000003
ORF1ab/nsp3404V404NGTtAAt522All0.000001
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt2121B.1.5960.00183
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC1919B.1.3780.130137
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt1818AY.250.000108
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt1717AY.430.000075
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---1616B.10.000147
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt1616B.10.000147
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt1212B.1.2320.006448
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt1111B.1.1770.000145
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt1111B.1.4290.000259
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt1010B.1.3110.002746
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt99AY.30.00009
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---99AY.40.000014
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt77AY.1140.001618
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC67B.1.20.000053
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtG17B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC66AY.250.000036
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---66AY.30.00006
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA66B.1.177.440.003114
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC66P.10.000095
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt55AY.440.00003
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt55AY.750.00028
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC45B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA15B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt44AY.1200.000149
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt44B.1.4080.01476
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt44P.1.100.001078
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC33AE.80.001467
ORF1ab/nsp3404V404DgTtgAt33All0.000001
ORF1ab/nsp3404V404LGttCtt23All0
ORF1ab/nsp3404V404EgTTgAA23All0
ORF1ab/nsp3404V404EgTTgAG13All0
ORF1ab/nsp3404V404LGtTTtG13All0
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---33AY.230.000209
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt33B.1.3970.014563
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3404V404EgTTgAA220.111111
ORF1ab/nsp3404V404TGTtACt120.055556
ORF1ab/nsp3404V404AgTTgCC120.055556
ORF1ab/nsp3404V404IGtTAtC120.055556
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt120.055556
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt120.055556
ORF1ab/nsp3404V404TGTTACC120.055556
ORF1ab/nsp3404V404TGTTACC12All0
ORF1ab/nsp3404V404TGTtACt12All0
ORF1ab/nsp3404V404SGTTTCG12All0
ORF1ab/nsp3404V404SGTtTCt12All0
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp3404V404GgTtgGt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt22AY.640.00119
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22AY.880.001768
ORF1ab/nsp3404V404SGTtTCt12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404SGTTTCG12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404AgTTgCG12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22B.1.1.1570.001826
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22B.1.1.2000.014925
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22B.1.160.160.001859
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA22B.1.177.150.001262
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp3404V404NGTtAAt22B.1.3610.002577
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtA12B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC12B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp3404V404GgTtgGt22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22P.10.000032
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt22P.10.000032
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC22P.10.000032
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---22R.10.00018
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC110.055556
ORF1ab/nsp3404V404del2GTt--t11All0
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3404V404NGTtAAt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp3404V404NGTtAAt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3404V404GgTtgGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3404V404DgTtgAt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.330.000067
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.380.000499
ORF1ab/nsp3404V404NGTTAAC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3404V404EgTTgAG11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3404V404DgTtgAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3404V404NGTtAAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.480.000465
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.480.000465
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.520.000814
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.70.000196
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt11AY.810.001992
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3404V404LGtTTtG11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404delGTT---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404VgtTgtG11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3404V404AgTtgCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp3404V404IGttAtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3404V404FGttTtt11B.1.1.1410.002012
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