CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 404

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	404	V404V	V1222V	syn	gtT	gtC	2705	2684	0.992237	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404V	V1222V	syn	gtT	gtA	2705	18	0.00665434	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404V	V1222V	syn	gtT	gtG	2705	3	0.00110906	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404F	V1222F	nonsyn	Gtt	Ttt	348	348	1	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404G	V1222G	nonsyn	gTt	gGt	345	345	1	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404I	V1222I	nonsyn	Gtt	Att	162	161	0.993827	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404I	V1222I	nonsyn	GtT	AtC	162	1	0.00617284	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404del	V1222del	del	GTT	---	106	106	1	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404A	V1222A	nonsyn	gTt	gCt	105	103	0.980952	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404A	V1222A	nonsyn	gTT	gCC	105	1	0.00952381	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404A	V1222A	nonsyn	gTT	gCG	105	1	0.00952381	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404N	V1222N	nonsyn	GTT	AAC	22	17	0.772727	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404N	V1222N	nonsyn	GTt	AAt	22	5	0.227273	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404D	V1222D	nonsyn	gTt	gAt	3	3	1	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404E	V1222E	nonsyn	gTT	gAA	3	2	0.666667	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404L	V1222L	nonsyn	Gtt	Ctt	3	2	0.666667	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404E	V1222E	nonsyn	gTT	gAG	3	1	0.333333	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404L	V1222L	nonsyn	GtT	TtG	3	1	0.333333	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404S	V1222S	nonsyn	GTT	TCG	2	1	0.5	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404T	V1222T	nonsyn	GTt	ACt	2	1	0.5	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404S	V1222S	nonsyn	GTt	TCt	2	1	0.5	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404T	V1222T	nonsyn	GTT	ACC	2	1	0.5	3929-3931
ORF1ab/nsp3	404	V404del2	V1222del2	del	GTt	--t	1	1	1	3929-3931

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2684	2705	All	0.000513
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	18	2705	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtG	3	2705	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1260	1260	B.1.139	0.923754
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1175	1175	B.1.565	0.952188
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	348	348	All	0.000067
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	345	345	All	0.000066
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	338	338	B.1.1.7	0.000303
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	161	162	All	0.000031
ORF1ab/nsp3	404	V404I	GtT	AtC	1	162	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	129	129	AY.4	0.000201
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	106	106	All	0.00002
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	103	105	All	0.00002
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTT	gCC	1	105	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTT	gCG	1	105	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	67	68	B.1	0.000614
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	68	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	49	49	AY.44	0.000298
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	46	46	B.1.1.7	0.000041
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	34	34	A.3	0.071279
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	30	32	B.1.1.7	0.000027
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	2	32	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	23	23	AY.4	0.000036
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	23	23	B	0.00294
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	17	22	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTt	AAt	5	22	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	21	21	B.1.596	0.00183
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	19	19	B.1.378	0.130137
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	18	18	AY.25	0.000108
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	17	17	AY.43	0.000075
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	16	16	AY.4	0.000025
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	12	12	B.1.232	0.006448
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	11	11	B.1.177	0.000145
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	11	11	B.1.429	0.000259
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	10	10	B.1.311	0.002746
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	7	7	AY.114	0.001618
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.160	0.000218
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	6	7	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtG	1	7	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	6	6	B.1.177.44	0.003114
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	5	5	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	4	5	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	5	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	4	4	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	4	4	B.1.408	0.01476
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	4	4	P.1.10	0.001078
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	3	3	AE.8	0.001467
ORF1ab/nsp3	404	V404D	gTt	gAt	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404L	Gtt	Ctt	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404E	gTT	gAA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404E	gTT	gAG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404L	GtT	TtG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	3	3	AY.4.2.1	0.000447
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	3	3	B.1.397	0.014563
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	404	V404E	gTT	gAA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	404	V404T	GTt	ACt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTT	gCC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404I	GtT	AtC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404T	GTT	ACC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404T	GTT	ACC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404T	GTt	ACt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404S	GTT	TCG	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404S	GTt	TCt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	2	2	AY.64	0.00119
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp3	404	V404S	GTt	TCt	1	2	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	2	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404S	GTT	TCG	1	2	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTT	gCG	1	2	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.157	0.001826
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	B.1.1.200	0.014925
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTt	AAt	2	2	B.1.361	0.002577
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	2	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	2	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	2	2	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	404	V404del2	GTt	--t	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTt	AAt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTt	AAt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	404	V404D	gTt	gAt	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	404	V404E	gTT	gAG	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	404	V404D	gTt	gAt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTt	AAt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	404	V404L	GtT	TtG	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtG	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.320	0.018182
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.429	0.004608
ORF1ab/nsp3	404	V404L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	404	V404L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404del2	GTt	--t	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	1	B.1.158	0.02381
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	1	B.1.177.43	0.001477
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp3	404	V404D	gTt	gAt	1	1	B.1.23	0.006061
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	404	V404G	gTt	gGt	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtA	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtG	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	404	V404V	gtT	gtC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	404	V404F	Gtt	Ttt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp3	404	V404A	gTt	gCt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	404	V404I	Gtt	Att	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	404	V404del	GTT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	404	V404N	GTT	AAC	1	1	P.1.15	0.000232

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.