CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 393

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	393	V393F	V1211F	nonsyn	Gtt	Ttt	2431	2430	0.999589	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393F	V1211F	nonsyn	GtT	TtC	2431	1	0.000411353	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393I	V1211I	nonsyn	Gtt	Att	1954	1950	0.997953	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393I	V1211I	nonsyn	GtT	AtA	1954	2	0.00102354	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393I	V1211I	nonsyn	GtT	AtC	1954	2	0.00102354	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393V	V1211V	syn	gtT	gtC	576	566	0.982639	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393V	V1211V	syn	gtT	gtA	576	5	0.00868056	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393V	V1211V	syn	gtT	gtG	576	5	0.00868056	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393del	V1211del	del	GTT	---	395	395	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393A	V1211A	nonsyn	gTt	gCt	178	175	0.983146	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393A	V1211A	nonsyn	gTT	gCC	178	2	0.011236	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393A	V1211A	nonsyn	gTT	gCA	178	1	0.00561798	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393G	V1211G	nonsyn	gTt	gGt	5	5	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393D	V1211D	nonsyn	gTt	gAt	5	5	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393L	V1211L	nonsyn	Gtt	Ctt	5	4	0.8	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393L	V1211L	nonsyn	GtT	TtA	5	1	0.2	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393T	V1211T	nonsyn	GTT	ACA	3	1	0.333333	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393T	V1211T	nonsyn	GTT	ACC	3	1	0.333333	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393T	V1211T	nonsyn	GTt	ACt	3	1	0.333333	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393S	V1211S	nonsyn	GTt	TCt	2	2	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	V1211del1	del	gTT	g-N	2	1	0.5	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	V1211del2	del	GTT	--N	2	1	0.5	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	V1211del2	del	gTT	g--	2	1	0.5	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	V1211del1	del	Gtt	-tt	2	1	0.5	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393E	V1211E	nonsyn	gTT	gAA	1	1	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393N	V1211N	nonsyn	GTt	AAt	1	1	1	3896-3898
ORF1ab/nsp3	393	V393K	V1211K	nonsyn	GTT	AAA	1	1	1	3896-3898

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2430	2431	All	0.000465
ORF1ab/nsp3	393	V393F	GtT	TtC	1	2431	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1950	1954	All	0.000373
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtC	2	1954	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtA	2	1954	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1666	1666	AY.4	0.002593
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	566	576	All	0.000108
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	5	576	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtG	5	576	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	497	497	AY.4	0.000774
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	477	478	B.1.1.7	0.000427
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	1	478	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	395	395	All	0.000076
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	269	269	AY.44	0.001637
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	266	266	B.1.1.7	0.000238
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	208	208	AY.46	0.021649
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	175	178	All	0.000033
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTT	gCC	2	178	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTT	gCA	1	178	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	142	142	B.1.177.86	0.02605
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	127	127	B.1.1.200	0.947761
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	104	104	B.1.1.7	0.000093
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	87	87	B.1.617.2	0.000328
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	78	78	AY.103	0.000484
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	74	74	AY.103	0.000459
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	73	73	B.1.617.2	0.000275
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	69	69	P.1.10	0.018593
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	66	66	P.2	0.012318
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	55	55	AY.26	0.001557
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	55	55	AY.43	0.000244
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	54	54	B.1.1.442	1
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	50	50	AN.1	1
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	39	39	AY.29	0.000615
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	38	38	B.1.429	0.000894
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	35	35	B.1.429	0.000824
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	34	34	AY.25	0.000205
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	33	33	AY.44	0.000201
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	32	33	B.1.177	0.000421
ORF1ab/nsp3	393	V393F	GtT	TtC	1	33	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	31	31	AY.20	0.001205
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	30	30	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	27	27	B.1.2	0.000238
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	26	26	D.2	0.001951
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	23	23	B.1.596.1	0.214953
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	22	22	P.1	0.000347
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	20	20	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	17	17	B.1.221	0.001208
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	16	16	AY.102	0.000424
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	16	16	AY.39	0.000395
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	16	16	B.1.1	0.00029
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	15	15	AY.26	0.000425
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	14	14	AY.3	0.000139
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	14	14	AY.4.2	0.000304
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	12	12	AY.39	0.000297
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	12	12	B.1.1.196	0.068571
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	11	11	AY.4	0.000017
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	10	10	B.1.1.232	0.018149
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	10	10	B.1.1.25	0.005685
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	10	10	B.1.36	0.001459
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	10	10	P.1.15	0.002323
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	9	9	AY.38	0.004493
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	9	9	B.1.351	0.000268
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	8	8	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	6	8	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtG	2	8	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	6	6	AY.36	0.000889
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.36.29	0.003104
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	3	5		0.166667
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	3	5		0.166667
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtA	1	5		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTT	gCC	1	5		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtC	1	5		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTT	gCA	1	5		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393G	gTt	gGt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393D	gTt	gAt	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393L	Gtt	Ctt	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393L	GtT	TtA	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	5	5	B.1.177.60	0.001092
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.1.12	0.029851
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTT	ACC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTt	ACt	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTT	ACA	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	A.1	0.000846
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTT	ACC	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTT	ACA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393T	GTt	ACt	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	AY.77	0.003382
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	3	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtA	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.221	0.030303
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	3	3	B.1.1.39	0.001529
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.369	0.000856
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp3	393	V393L	Gtt	Ctt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	393	V393S	GTt	TCt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	gTT	g--	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	gTT	g-N	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	GTT	--N	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	Gtt	-tt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393D	gTt	gAt	2	2	AV.1	0.010101
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtG	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	GTT	--N	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	393	V393del2	gTT	g--	1	2	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	2	2	AY.78	0.003082
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.1.200	0.014925
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.433	0.002849
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	393	V393G	gTt	gGt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.111	0.00235
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	1	2	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	2	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.36.33	0.015152
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.416.1	0.003125
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.540	0.019417
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	2	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTT	gCC	1	2	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	393	V393L	GtT	TtA	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	393	V393N	GTt	AAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393K	GTT	AAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393E	gTT	gAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AU.2	0.002421
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	393	V393D	gTt	gAt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	393	V393S	GTt	TCt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	393	V393L	Gtt	Ctt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AY.83	0.001724
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	Gtt	-tt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	AZ.5	0.003509
ORF1ab/nsp3	393	V393N	GTt	AAt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393E	gTT	gAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393G	gTt	gGt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393K	GTT	AAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393D	gTt	gAt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393G	gTt	gGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp3	393	V393L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp3	393	V393D	gTt	gAt	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.145	0.052632
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.25	0.014925
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.40	0.005155
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	393	V393del1	gTT	g-N	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	393	V393I	GtT	AtC	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtG	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.382	0.008929
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	393	V393S	GTt	TCt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	393	V393A	gTt	gCt	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	B.20	0.023256
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	393	V393G	gTt	gGt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	D.3	0.005917
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	393	V393I	Gtt	Att	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	393	V393V	gtT	gtC	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	393	V393F	Gtt	Ttt	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	393	V393del	GTT	---	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.