CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 385

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	385	I385I	I1203I	syn	atC	atT	8812	8566	0.972084	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385I	I1203I	syn	atC	atA	8812	246	0.0279165	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385V	I1203V	nonsyn	Atc	Gtc	1161	1149	0.989664	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385V	I1203V	nonsyn	AtC	GtT	1161	12	0.0103359	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385T	I1203T	nonsyn	aTc	aCc	967	960	0.992761	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385T	I1203T	nonsyn	aTC	aCA	967	4	0.0041365	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385T	I1203T	nonsyn	aTC	aCT	967	3	0.00310238	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385L	I1203L	nonsyn	Atc	Ctc	373	373	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385del	I1203del	del	ATC	---	138	138	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385S	I1203S	nonsyn	aTc	aGc	73	72	0.986301	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385S	I1203S	nonsyn	aTC	aGT	73	1	0.0136986	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385N	I1203N	nonsyn	aTc	aAc	8	7	0.875	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385N	I1203N	nonsyn	aTC	aAT	8	1	0.125	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385M	I1203M	nonsyn	atC	atG	6	6	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385F	I1203F	nonsyn	Atc	Ttc	6	6	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385R	I1203R	nonsyn	aTC	aGA	2	2	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	I1203del2	del	ATc	--c	2	1	0.5	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	I1203del2	del	ATC	--T	2	1	0.5	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385K	I1203K	nonsyn	aTC	aAA	1	1	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385del1	I1203del1	del	atC	at-	1	1	1	3872-3874
ORF1ab/nsp3	385	I385A	I1203A	nonsyn	ATC	GCT	1	1	1	3872-3874

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8566	8812	All	0.001638
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	246	8812	All	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1917	1976	B.1.1.7	0.001716
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	59	1976	B.1.1.7	0.000053
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1376	1384	AY.4	0.002142
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	8	1384	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1149	1161	All	0.00022
ORF1ab/nsp3	385	I385V	AtC	GtT	12	1161	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	960	967	All	0.000184
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCA	4	967	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCT	3	967	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	915	934	B.1.617.2	0.003445
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	19	934	B.1.617.2	0.000072
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	373	373	All	0.000071
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	357	372	AY.43	0.001582
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	15	372	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	344	345	B.1.617.2	0.001295
ORF1ab/nsp3	385	I385V	AtC	GtT	1	345	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	329	329	B.1.1.204	1
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	309	315	B.1.1.7	0.000277
ORF1ab/nsp3	385	I385V	AtC	GtT	6	315	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	288	288	AY.42	0.011586
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	271	271	B.1.427	0.013685
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	208	208	B.1.621	0.018412
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	204	207	AY.44	0.001242
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	207	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	191	197	B.1.2	0.001682
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	6	197	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	178	178	B.1.1.7	0.000159
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	132	176	B.1	0.001209
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	44	176	B.1	0.000403
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	176	176	B.1.1.222	0.035904
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	174	174	B.1.1.7	0.000156
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	152	152	AY.98	0.012007
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	138	138	All	0.000026
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	137	137	B.1.243	0.009533
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	132	133	B.1.429	0.003106
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	133	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	121	124	AY.103	0.000751
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	124	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	108	108	AY.43	0.000478
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	107	107	AY.2	0.038105
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	102	102	B.1.177	0.001343
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	87	87	B.1.147	0.06576
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	86	86	AY.4	0.000134
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	82	84	AY.33	0.005476
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	2	84	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	74	82	P.1	0.001166
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	8	82	P.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	74	78	B.1.1	0.001342
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	4	78	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	72	73	All	0.000014
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTC	aGT	1	73	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	73	73	B.1.1.519	0.002899
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	63	71	AY.3	0.000627
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	8	71	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	66	69	AY.25	0.000397
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	69	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	67	67	B.1.617.2	0.000252
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	53	53	AY.4.2.1	0.007896
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	52	52	AY.5	0.001074
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	49	49	AY.43	0.000217
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	46	47	AY.102	0.00122
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	47	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	46	47	AY.39	0.001137
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	47	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	46	46	B.1.1.397	0.103604
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	44	44	AY.108	0.048512
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	44	44	B.1.2	0.000387
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	43	43	AY.102	0.00114
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	41	41	B.1.617.2	0.000154
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	39	39	B.1.517	0.016652
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	36	39	C.37	0.004178
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	39	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	38	38	B.1.160	0.001185
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	31	36	B.1.1.519	0.001231
ORF1ab/nsp3	385	I385V	AtC	GtT	5	36	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	34	34	B.1.1.372	0.023416
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	33	33	AY.118	0.002067
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	33	33	AY.20	0.001283
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	30	30	AY.46	0.003122
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	28	28	AY.116.1	0.00872
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	26	26	AY.87	0.021649
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	25	25	B.1.221	0.001776
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	24	24	AY.100	0.001104
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	23	24	AY.29	0.000363
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	24	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	24	24	AY.4.2	0.000521
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	23	23	AY.119	0.000812
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	22	22	B.1.526	0.000517
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	21	21	AY.32	0.011182
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	20	20	B.1	0.000183
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	20	20	B.1.1.186	0.068729
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	20	20	B.1.177.32	0.026991
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	20	20	B.1.351	0.000595
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	19	19	AY.4	0.00003
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	19	19	AY.9.2	0.000698
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	17	18	AY.119	0.0006
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	18	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	18	18	AY.44	0.00011
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	11	18	AY.46	0.001145
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	7	18	AY.46	0.000729
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	18	18	R.1	0.00162
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	17	17	AY.98.1	0.000823
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	17	17	B.1.596	0.001481
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	15	15	AY.4	0.000023
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	8	15	AY.69	0.001493
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	7	15	AY.69	0.001307
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	15	15	AY.75	0.00084
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	15	15	B.1.526	0.000353
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	13	13	AY.61	0.001362
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	13	13	B.1.240	0.002802
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	12	12	AY.120	0.000446
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	12	12	AY.25	0.000072
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	12	12	B.1.1	0.000218
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	11	11	AY.103	0.000068
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	11	11	AY.11	0.014726
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	11	11	AY.26	0.000311
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	11	11	AY.37	0.003477
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	11	11	AY.6	0.000452
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	11	11	AY.9.1	0.000921
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	11	11	B.1.236	0.022587
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	11	11	B.6	0.010009
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	10	10	AY.14	0.00088
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	9	10	AY.9	0.000608
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	10	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	10	10	B.1.375	0.008197
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	10	10	B.1.617.1	0.00129
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	9	9	B.1.1.176	0.003954
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	9	9	B.1.526	0.000212
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	9	9	P.1.14	0.00043
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCT	3	8		0.166667
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	3	8		0.166667
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCA	2	8		0.111111
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	7	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTC	aAT	1	8	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8	8	AY.74	0.000925
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8	8	B.1.1.33	0.003367
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	8	8	B.1.526	0.000188
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	8	8	B.1.621.1	0.004047
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	7	8	B.1.637	0.000512
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	8	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	7	8	D.2	0.000525
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	8	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	7	7	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	7	7	B.1.282	0.104478
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	7	7	B.1.369	0.001997
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	7	7	B.1.390	0.074468
ORF1ab/nsp3	385	I385M	atC	atG	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	6	6	AY.106	0.002009
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	6	6	AY.121	0.000812
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	6	6	AY.46	0.000624
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	6	6	B.1.1.284	0.000644
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	6	6	B.1.36	0.000875
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	6	6	B.1.36.8	0.006
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	AU.2	0.012107
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	5	5	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	AY.116	0.001434
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	5	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	5	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	5	5	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	5	5	AY.45	0.000608
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	AY.47	0.000156
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	5	5	AY.79	0.006053
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	5	5	B.1.1.265	0.015773
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	B.1.1.70	0.001705
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	5	5	B.1.177	0.000066
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	B.1.497	0.001574
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	B.1.609	0.002397
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	5	5	B.6.6	0.004444
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	C.36.3	0.002836
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	P.1.15	0.001162
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	5	5	P.2	0.000933
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	A.2.4	0.013468
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	4	4	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	4	4	AY.30	0.001583
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.41	0.001176
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.62	0.001743
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	AY.65	0.002132
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.85	0.001709
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.89	0.019608
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	4	4	AY.98	0.000316
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.1.269	0.005413
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	3	4	B.1.1.50	0.002037
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	4	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.1.521	0.02139
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.232	0.002149
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.237	0.0199
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	B.1.240	0.000862
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	4	4	B.1.281	0.086957
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.367	0.00317
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	B.1.575.1	0.009756
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	4	4	Q.1	0.000505
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	385	I385M	atC	atG	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	AY.64	0.001786
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	AY.7.2	0.001678
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	3	3	AY.93	0.000819
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	2	3	B	0.000256
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	3	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	3	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	3	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.126	0.003827
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.160.17	0.005102
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.160.8	0.003866
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.177.86	0.00055
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	3	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	3	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.438.1	0.000322
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	3	B.1.459	0.008163
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	3	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.551	0.003871
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	C.37.1	0.007853
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTC	aGT	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTC	aAT	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCA	1	2	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	2	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	A.2	0.001324
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AE.8	0.000978
ORF1ab/nsp3	385	I385R	aTC	aGA	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	ATC	--T	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	ATc	--c	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AP.1	0.003003
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	AY.105	0.001286
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.107	0.000932
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.19	0.002281
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	385	I385M	atC	atG	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	2	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	2	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.56	0.00321
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.69	0.000373
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.96	0.004149
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.205	0.007435
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	2	2	B.1.1.241	0.004141
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.297	0.004474
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.298	0.001724
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.34	0.026316
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.1.424	0.090909
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.160.25	0.022222
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.177.77	0.001452
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.22	0.002635
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.258.10	0.022727
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	2	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	2	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.298	0.004228
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.351.3	0.001753
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.499	0.002101
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	2	2	B.1.547	0.04878
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.558	0.009132
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.576	0.001813
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	B.1.577	0.001375
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.588	0.00182
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	N.5	0.003534
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp3	385	I385R	aTC	aGA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385K	aTC	aAA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AE.5	0.018519
ORF1ab/nsp3	385	I385K	aTC	aAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385A	ATC	GCT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385del1	atC	at-	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AU.1	0.001266
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	385	I385R	aTC	aGA	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.115	0.005208
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	ATC	--T	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	385	I385del1	atC	at-	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	AZ.4	0.003356
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.112	0.058824
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.133	0.008475
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.171	0.003676
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.237	0.005405
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	385	I385A	ATC	GCT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	B.1.1.384	0.02381
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.40	0.034483
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	385	I385del2	ATc	--c	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385M	atC	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.146	0.004237
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.160.12	0.00641
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.160.15	0.00495
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	1	1	B.1.177.40	0.005155
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.41	0.0025
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.78	0.009709
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp3	385	I385N	aTc	aAc	1	1	B.1.184	0.058824
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.213	0.014925
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.243.2	0.014493
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.3	0.002618
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.308	0.034483
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.318	0.038462
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.326	0.007576
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.329	0.000608
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTC	aCA	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.36.26	0.002857
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.39	0.003906
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.411	0.003704
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.421	0.007463
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.468	0.005714
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.507	0.011236
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.513	0.013889
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.516	0.001957
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.558	0.004566
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	385	I385L	Atc	Ctc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	385	I385F	Atc	Ttc	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atA	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	C.1.2	0.004255
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	D.3	0.005917
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	385	I385V	Atc	Gtc	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	P.1.6	0.001946
ORF1ab/nsp3	385	I385S	aTc	aGc	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	385	I385T	aTc	aCc	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp3	385	I385del	ATC	---	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	385	I385I	atC	atT	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.