CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 357

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3357L357FL1175FnonsynttAttT131513090.9954373788-3790
ORF1ab/nsp3357L357FL1175FnonsynttAttC131560.004562743788-3790
ORF1ab/nsp3357L357LL1175LsynTtaCta4193310.7899763788-3790
ORF1ab/nsp3357L357LL1175LsynttAttG419870.2076373788-3790
ORF1ab/nsp3357L357LL1175LsynTtACtC41910.002386633788-3790
ORF1ab/nsp3357L357IL1175InonsynTtaAta626213788-3790
ORF1ab/nsp3357L357VL1175VnonsynTtaGta45430.9555563788-3790
ORF1ab/nsp3357L357VL1175VnonsynTtAGtG4520.04444443788-3790
ORF1ab/nsp3357L357delL1175deldelTTA---414113788-3790
ORF1ab/nsp3357L357SL1175SnonsyntTatCa14100.7142863788-3790
ORF1ab/nsp3357L357SL1175SnonsyntTAtCT1430.2142863788-3790
ORF1ab/nsp3357L357SL1175SnonsyntTAtCG1410.07142863788-3790
ORF1ab/nsp3357L357del1L1175del1delTta-ta13110.8461543788-3790
ORF1ab/nsp3357L357del1L1175del1delTtANt-1310.07692313788-3790
ORF1ab/nsp3357L357del1L1175del1delttAtt-1310.07692313788-3790
ORF1ab/nsp3357L357XL1175XnonsyntTatGa420.53788-3790
ORF1ab/nsp3357L357XL1175XnonsyntTatAa420.53788-3790
ORF1ab/nsp3357L357CL1175CnonsyntTAtGT2213788-3790
ORF1ab/nsp3357L357AL1175AnonsynTTAGCG210.53788-3790
ORF1ab/nsp3357L357AL1175AnonsynTTaGCa210.53788-3790
ORF1ab/nsp3357L357YL1175YnonsyntTAtAT1113788-3790
ORF1ab/nsp3357L357GL1175GnonsynTTaGGa1113788-3790

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT13091315All0.00025
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC61315All0.000001
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11111111B.1.1.3480.884554
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta331419All0.000063
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG87419All0.000017
ORF1ab/nsp3357L357LTtACtC1419All0
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta224224B.1.1.3851
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT6970B.1.10.001252
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC170B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta6262All0.000012
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta5454AY.50.001115
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta4345All0.000008
ORF1ab/nsp3357L357VTtAGtG245All0
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---4141All0.000008
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta3340B.10.000302
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG740B.10.000064
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT3636AY.620.015686
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT2829B.10.000256
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC129B.10.000009
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta2626B.1.20.000229
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa1014All0.000002
ORF1ab/nsp3357L357StTAtCT314All0.000001
ORF1ab/nsp3357L357StTAtCG114All0
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta1113All0.000002
ORF1ab/nsp3357L357del1ttAtt-113All0
ORF1ab/nsp3357L357del1TtANt-113All0
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta1213B.1.10.000218
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG113B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG99AY.250.000054
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG89AY.30.00008
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta19AY.30.00001
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG99AY.430.00004
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta88AY.1200.000297
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG88AY.120.10.002568
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG88AY.40.000012
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT88B.1.1.3070.020253
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta48B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG48B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT88P.1.150.001859
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG77B.1.1110.008226
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta66AY.98.10.000291
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta66P.10.000095
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---55B.10.000046
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta55B.1.1.2200.009294
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta45B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG15B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3357L357StTAtCT240.111111
ORF1ab/nsp3357L357StTAtCG140.055556
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa140.055556
ORF1ab/nsp3357L357XtTatAa24All0
ORF1ab/nsp3357L357XtTatGa24All0
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG24AY.1030.000012
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta24AY.1030.000012
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta24AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG24AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT44B.1.1.4170.010811
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT44P.10.000063
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG34P.10.000047
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta14P.10.000016
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT230.111111
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG130.055556
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta130.055556
ORF1ab/nsp3357L357LTtACtC130.055556
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC130.055556
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta33AY.440.000018
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT33B.1.1.1800.032258
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT33B.1.1.2690.00406
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta33B.1.177.110.005093
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG33B.430.042857
ORF1ab/nsp3357L357CtTAtGT220.111111
ORF1ab/nsp3357L357ATTaGCa120.055556
ORF1ab/nsp3357L357VTtAGtG120.055556
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta120.055556
ORF1ab/nsp3357L357ATTAGCG120.055556
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT22A.2.5.30.020619
ORF1ab/nsp3357L357CtTAtGT22All0
ORF1ab/nsp3357L357ATTaGCa12All0
ORF1ab/nsp3357L357ATTAGCG12All0
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT22AY.160.000759
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta22B.1.1.1290.018349
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT22B.1.1.3720.001377
ORF1ab/nsp3357L357StTAtCT12B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa12B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta22B.1.160.120.012821
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG22B.1.160.280.005848
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG22B.30.001661
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11A0.000387
ORF1ab/nsp3357L357GTTaGGa11All0
ORF1ab/nsp3357L357YtTAtAT11All0
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11AY.140.000088
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3357L357XtTatAa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11AY.450.000122
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11AY.510.000909
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta11AY.530.000288
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta11AY.650.000533
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11AY.800.001129
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11AY.910.00073
ORF1ab/nsp3357L357XtTatGa11B0.000128
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11B0.000128
ORF1ab/nsp3357L357VTtAGtG11B.10.000009
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta11B.10.000009
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta11B.10.000009
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.1710.003676
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.1.3050.003861
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3357L357XtTatAa11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3357L357YtTAtAT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.4420.018519
ORF1ab/nsp3357L357del1ttAtt-11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.4620.008621
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.5140.038462
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3357L357del1Tta-ta11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3357L357ITtaAta11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.1.890.006061
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC11B.1.177.450.000381
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.2180.005155
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp3357L357XtTatGa11B.1.3320.003497
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp3357L357del1TtANt-11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11B.1.4360.001029
ORF1ab/nsp3357L357StTatCa11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.5350.028571
ORF1ab/nsp3357L357FttAttC11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3357L357VTtaGta11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.4.40.018868
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11B.570.015152
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11N.60.007092
ORF1ab/nsp3357L357delTTA---11P.10.000016
ORF1ab/nsp3357L357GTTaGGa11P.10.000016
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp3357L357LttAttG11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp3357L357FttAttT11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp3357L357LTtaCta11Q.40.000455