CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 339

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3339D339DD1157DsyngaCgaT4064406413734-3736
ORF1ab/nsp3339D339ND1157NnonsynGacAac8158140.9987733734-3736
ORF1ab/nsp3339D339ND1157NnonsynGaCAaT81510.001226993734-3736
ORF1ab/nsp3339D339ED1157EnonsyngaCgaA2592540.9806953734-3736
ORF1ab/nsp3339D339ED1157EnonsyngaCgaG25950.0193053734-3736
ORF1ab/nsp3339D339GD1157GnonsyngAcgGc1901820.9578953734-3736
ORF1ab/nsp3339D339GD1157GnonsyngACgGA19050.02631583734-3736
ORF1ab/nsp3339D339GD1157GnonsyngACgGT19020.01052633734-3736
ORF1ab/nsp3339D339GD1157GnonsyngACgGG19010.005263163734-3736
ORF1ab/nsp3339D339YD1157YnonsynGacTac1061020.9622643734-3736
ORF1ab/nsp3339D339YD1157YnonsynGaCTaT10640.03773583734-3736
ORF1ab/nsp3339D339delD1157deldelGAC---10110113734-3736
ORF1ab/nsp3339D339VD1157VnonsyngAcgTc22170.7727273734-3736
ORF1ab/nsp3339D339VD1157VnonsyngACgTT2230.1363643734-3736
ORF1ab/nsp3339D339VD1157VnonsyngACgTA2220.09090913734-3736
ORF1ab/nsp3339D339CD1157CnonsynGAcTGc960.6666673734-3736
ORF1ab/nsp3339D339CD1157CnonsynGACTGT930.3333333734-3736
ORF1ab/nsp3339D339AD1157AnonsyngAcgCc8813734-3736
ORF1ab/nsp3339D339del1D1157del1delgaCga-870.8753734-3736
ORF1ab/nsp3339D339del1D1157del1delGAC-NN810.1253734-3736
ORF1ab/nsp3339D339SD1157SnonsynGAcAGc750.7142863734-3736
ORF1ab/nsp3339D339SD1157SnonsynGAcTCc710.1428573734-3736
ORF1ab/nsp3339D339SD1157SnonsynGACAGT710.1428573734-3736
ORF1ab/nsp3339D339HD1157HnonsynGacCac6613734-3736
ORF1ab/nsp3339D339XD1157XnonsynGaCTaA630.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339XD1157XnonsynGACTGA620.3333333734-3736
ORF1ab/nsp3339D339XD1157XnonsynGaCTaG610.1666673734-3736
ORF1ab/nsp3339D339KD1157KnonsynGaCAaA420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339RD1157RnonsynGAcCGc420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339RD1157RnonsynGACAGA420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339FD1157FnonsynGACTTT420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339FD1157FnonsynGAcTTc420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339KD1157KnonsynGaCAaG420.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339QD1157QnonsynGaCCaG2213734-3736
ORF1ab/nsp3339D339LD1157LnonsynGACTTA210.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339LD1157LnonsynGACTTG210.53734-3736
ORF1ab/nsp3339D339del2D1157del2delgACg--1113734-3736
ORF1ab/nsp3339D339PD1157PnonsynGAcCCc1113734-3736

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT40644064All0.000777
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT10201020AY.40.001588
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac814815All0.000156
ORF1ab/nsp3339D339NGaCAaT1815All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT452452B.1.1.70.000405
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac439439AY.40.000683
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT302302P.60.949686
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA254259All0.000049
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaG5259All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT201201B.1.1.630.077546
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA198198B.1.1.70.000177
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc182190All0.000035
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGA5190All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGT2190All0
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGG1190All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT159159B.1.2210.011294
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT132132AY.30.001313
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT131131B.1.351.20.039637
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac122122AY.4.20.002646
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac110110B.1.1.70.000098
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac102106All0.00002
ORF1ab/nsp3339D339YGaCTaT4106All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---101101All0.000019
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT9292AY.250.000553
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT8383B.1.20.000731
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT8383B.1.617.20.000313
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT7474P.10.001166
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac7373AY.290.001151
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT6464B.10.000586
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT6262B.1.2400.013365
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT6060AY.1030.000373
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT5959B.1.10.00107
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT5757AY.390.001409
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT5454AY.430.000239
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT5151AY.470.001586
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT5151B.1.2410.041396
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc4343B.1.20.000379
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT4040B.1.258.170.004159
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT3636AY.440.000219
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc3434B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT3232AY.260.000906
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT3131B.1.1770.000408
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT3030B.1.4290.000706
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2929B.1.1.4640.04271
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2828B.1.1.2840.003007
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2727B.1.2580.001797
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2727B.1.3710.030303
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2525B.1.1600.00078
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2323B.1.5260.000541
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc1722All0.000003
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTT322All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTA222All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT2121AY.130.003381
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---1818P.10.000284
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1717C.370.001973
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---1717P.1.150.00395
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1616AY.4.40.006547
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1616B.1.1.5190.000635
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1414B.1.3510.000416
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac1414P.10.000221
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1313AY.120.10.004173
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc1013B.1.10.000181
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGA213B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGT113B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac1212B.10.00011
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1111AY.50.000227
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1111AY.9.20.000404
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1111AY.940.004869
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1111B.1.177.770.007988
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1010AY.230.000697
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1010AY.330.000668
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1010AY.610.001048
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc1010B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---1010P.1.120.00484
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT1010Q.30.00145
ORF1ab/nsp3339D339CGAcTGc69All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339CGACTGT39All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT99AY.1000.000414
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT99B.1.1.2440.138462
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT99B.1.36.170.004447
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT99B.1.6210.000797
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA89P.10.000126
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaG19P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc88All0.000002
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-78All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339del1GAC-NN18All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88AY.1020.000212
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88AY.290.000126
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac88AY.40.000012
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---88B.10.000073
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac78B.1.10.000127
ORF1ab/nsp3339D339YGaCTaT18B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88B.1.1.2140.000444
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88B.1.36.10.009122
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc88B.1.438.10.000858
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88D.20.0006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT88R.10.00072
ORF1ab/nsp3339D339SGAcAGc57All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339SGACAGT17All0
ORF1ab/nsp3339D339SGAcTCc17All0
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc77AY.30.00007
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT77AY.46.40.001152
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc57P.10.000079
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGA27P.10.000032
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac66All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339XGaCTaA36All0.000001
ORF1ab/nsp3339D339XGACTGA26All0
ORF1ab/nsp3339D339XGaCTaG16All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT66AY.1200.000223
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA66AY.200.000233
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA66AY.30.00006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT66B.1.1.3060.00263
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc66B.1.1.4530.050847
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT66B.1.351.50.003597
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT66B.1.36.290.003104
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac450.222222
ORF1ab/nsp3339D339YGaCTaT150.055556
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55AY.1180.000313
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55AY.140.00044
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55AY.200.000194
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55AY.420.000201
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55AY.620.002179
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55B.1.1.250.002843
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc55B.1.1.3510.013966
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55B.1.1.4340.001743
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55B.1.2340.00066
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT55B.1.6370.000365
ORF1ab/nsp3339D339CGAcTGc340.166667
ORF1ab/nsp3339D339CGACTGT140.055556
ORF1ab/nsp3339D339FGACTTT24All0
ORF1ab/nsp3339D339FGAcTTc24All0
ORF1ab/nsp3339D339RGAcCGc24All0
ORF1ab/nsp3339D339RGACAGA24All0
ORF1ab/nsp3339D339KGaCAaG24All0
ORF1ab/nsp3339D339KGaCAaA24All0
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44AY.160.001519
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44AY.90.00027
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc44B.10.000037
ORF1ab/nsp3339D339XGACTGA24B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339XGaCTaA24B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.1.1570.003653
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.1.3020.008299
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.1.3170.001647
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.1.4620.034483
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.4000.001716
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT44B.1.6280.001409
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc24P.10.000032
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTA14P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTT14P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc33AY.130.000483
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac33AY.250.000018
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac23AY.440.000012
ORF1ab/nsp3339D339NGaCAaT13AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33AY.46.50.000595
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B0.000383
ORF1ab/nsp3339D339CGAcTGc23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339CGACTGT13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.1.2940.003797
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac33B.1.1.3260.005282
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac33B.1.1110.003525
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.177.90.003995
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTT13B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTA13B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc13B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.4970.000944
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT33B.1.5640.001278
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-33P.10.000047
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac23P.10.000032
ORF1ab/nsp3339D339RGACAGA23P.10.000032
ORF1ab/nsp3339D339SGAcAGc23P.10.000032
ORF1ab/nsp3339D339YGaCTaT13P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339SGAcTCc13P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339RGAcCGc13P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp3339D339KGaCAaG220.111111
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac220.111111
ORF1ab/nsp3339D339SGAcAGc220.111111
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---220.111111
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc120.055556
ORF1ab/nsp3339D339FGACTTT120.055556
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc120.055556
ORF1ab/nsp3339D339VgACgTT120.055556
ORF1ab/nsp3339D339FGAcTTc120.055556
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGT120.055556
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AD.20.000438
ORF1ab/nsp3339D339QGaCCaG22All0
ORF1ab/nsp3339D339LGACTTG12All0
ORF1ab/nsp3339D339LGACTTA12All0
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.1070.000932
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaG22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGG12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc12AY.430.000004
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc12AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339GgACgGA12AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.450.000243
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.630.000774
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.690.000373
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.740.000231
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22AY.750.000112
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.910.001461
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac22B.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc22B.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac22B.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac22B.1.1.3720.001377
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22B.1.1.4200.002012
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.1.4480.004065
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.1.610.017544
ORF1ab/nsp3339D339SGAcAGc12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3339D339SGACAGT12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc22B.1.1280.001271
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp3339D339FGAcTTc12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339YGaCTaT12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339FGACTTT12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.4780.023529
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22C.360.001821
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22N.60.014184
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22P.1.10.000635
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22P.20.000373
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT22Q.10.000253
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT110.055556
ORF1ab/nsp3339D339XGaCTaG110.055556
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaG110.055556
ORF1ab/nsp3339D339QGaCCaG110.055556
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac110.055556
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11A.2.5.10.004808
ORF1ab/nsp3339D339del2gACg--11All0
ORF1ab/nsp3339D339PGAcCCc11All0
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.130.000161
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3339D339KGaCAaA11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.240.000431
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.240.000431
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.330.000067
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.460.000104
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.480.000465
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc11AY.540.000095
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.570.000656
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11AY.600.000938
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.610.000105
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11AY.610.000105
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.650.000533
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.720.001361
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11AY.740.000116
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp3339D339del2gACg--11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.850.000427
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11AY.920.000287
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B0.000128
ORF1ab/nsp3339D339RGAcCGc11B.10.000009
ORF1ab/nsp3339D339CGAcTGc11B.10.000009
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2180.007692
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2190.005
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2310.003096
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.2730.006757
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11B.1.1.2800.003086
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.3080.011765
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.3160.000925
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.3710.010417
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.3760.005952
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.4040.015873
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1.4500.034483
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.4660.008696
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.5070.008696
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1.5210.005348
ORF1ab/nsp3339D339del1GAC-NN11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1200.007692
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.1270.002198
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.160.320.004292
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3339D339VgAcgTc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.2180.005155
ORF1ab/nsp3339D339LGACTTA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339XGaCTaA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.3320.003497
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.36.350.002604
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.4260.001009
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.4660.023256
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.466.10.007194
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11B.1.4990.00105
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.596.10.009346
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3339D339LGACTTG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.390.002331
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11B.390.002331
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11B.570.015152
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11C.350.000774
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11C.370.000116
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11C.370.000116
ORF1ab/nsp3339D339YGacTac11D.20.000075
ORF1ab/nsp3339D339AgAcgCc11D.20.000075
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaG11D.20.000075
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11N.60.007092
ORF1ab/nsp3339D339KGaCAaA11P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339HGacCac11P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339CGACTGT11P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339QGaCCaG11P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339PGAcCCc11P.10.000016
ORF1ab/nsp3339D339delGAC---11P.1.130.000898
ORF1ab/nsp3339D339del1gaCga-11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp3339D339EgaCgaA11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11P.20.000187
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11P.30.001595
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11Q.70.001111
ORF1ab/nsp3339D339DgaCgaT11Q.80.000165
ORF1ab/nsp3339D339GgAcgGc11R.10.00009
ORF1ab/nsp3339D339NGacAac11R.10.00009