CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 300

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	300	V300V	V1118V	syn	gtC	gtT	9696	8836	0.911304	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300V	V1118V	syn	gtC	gtA	9696	836	0.0862211	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300V	V1118V	syn	gtC	gtG	9696	24	0.00247525	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300I	V1118I	nonsyn	Gtc	Atc	640	640	1	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300A	V1118A	nonsyn	gTc	gCc	269	267	0.992565	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300A	V1118A	nonsyn	gTC	gCA	269	1	0.00371747	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300A	V1118A	nonsyn	gTC	gCT	269	1	0.00371747	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300del	V1118del	del	GTC	---	108	108	1	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300F	V1118F	nonsyn	Gtc	Ttc	15	14	0.933333	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300F	V1118F	nonsyn	GtC	TtT	15	1	0.0666667	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300L	V1118L	nonsyn	Gtc	Ctc	8	7	0.875	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300G	V1118G	nonsyn	gTc	gGc	8	5	0.625	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300G	V1118G	nonsyn	gTC	gGT	8	3	0.375	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300L	V1118L	nonsyn	GtC	TtA	8	1	0.125	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300T	V1118T	nonsyn	GTC	ACT	4	3	0.75	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300T	V1118T	nonsyn	GTC	ACA	4	1	0.25	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300del2	V1118del2	del	gTC	g--	3	2	0.666667	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300del2	V1118del2	del	GTC	A--	3	1	0.333333	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300S	V1118S	nonsyn	GTc	TCc	2	2	1	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300N	V1118N	nonsyn	GTC	AAT	2	2	1	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300C	V1118C	nonsyn	GTC	TGT	2	1	0.5	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300C	V1118C	nonsyn	GTc	TGc	2	1	0.5	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300del1	V1118del1	del	GtC	-tA	2	1	0.5	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300del1	V1118del1	del	GtC	-tN	2	1	0.5	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300H	V1118H	nonsyn	GTc	CAc	1	1	1	3617-3619
ORF1ab/nsp3	300	V300D	V1118D	nonsyn	gTc	gAc	1	1	1	3617-3619

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	8836	9696	All	0.00169
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	836	9696	All	0.00016
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	24	9696	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	3420	3446	B.1.1.7	0.003062
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	18	3446	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	8	3446	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1618	1658	AY.4	0.002518
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	40	1658	AY.4	0.000062
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	640	640	All	0.000122
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	602	609	B.1.427	0.030399
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	7	609	B.1.427	0.000353
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	335	336	B.1.617.2	0.001261
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	336	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	267	269	All	0.000051
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTC	gCT	1	269	All	0
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTC	gCA	1	269	All	0
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	252	254	AY.43	0.001116
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	2	254	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	153	154	AY.39	0.003781
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	154	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	154	154	B.1.2	0.001356
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	144	144	AY.29	0.002271
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	134	138	AY.103	0.000832
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	4	138	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	119	124	AY.44	0.000724
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	4	124	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	124	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	112	112	AY.26	0.003171
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	89	109	P.1.14	0.004254
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	20	109	P.1.14	0.000956
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	108	108	All	0.000021
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	105	105	B.1.1.28	0.03268
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	97	103	B.1	0.000888
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	6	103	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	92	92	AY.102	0.002439
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	87	90	AY.5	0.001796
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	2	90	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	90	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	88	88	AY.4	0.000137
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	85	85	B.1.2	0.000748
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	46	85	B.1.526	0.001081
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	38	85	B.1.526	0.000893
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	85	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	77	83	B.1.1	0.001397
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	5	83	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	83	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	81	82	AY.25	0.000487
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	82	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	75	75	B.1.523	0.183824
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	68	70	P.1	0.001071
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	70	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	70	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	69	69	B.1.1.377	0.095304
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	67	67	R.1	0.006031
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	66	66	B.1.617.2	0.000249
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	63	63	AY.4	0.000098
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	60	62	AY.3	0.000597
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	2	62	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	61	61	B.1.1.7	0.000055
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	47	59	B.1.429	0.001106
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	12	59	B.1.429	0.000282
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	56	56	AY.20	0.002176
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	47	47	B.1.1.209	0.419643
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	44	44	AY.120	0.001636
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	37	37	B.1.575	0.011226
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	36	36	AY.48	0.016744
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	33	33	AY.118	0.002067
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	32	32	B.1.177	0.000421
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	22	32	B.1.596	0.001917
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	10	32	B.1.596	0.000871
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	32	32	B.1.621	0.002833
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	31	31	B.1.160.21	0.632653
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	29	30	B.1.351	0.000862
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	30	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	28	28	B.1.240	0.006036
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	27	27	B.1.311	0.007414
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	26	26	B.1.170	0.112069
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	25	25	B.1.1.318	0.007544
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	24	24	C.37	0.002786
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	21	22	AY.120.1	0.006742
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	22	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	22	22	AY.24	0.009483
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	22	22	AY.46.4	0.003619
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	22	22	AY.99.2	0.002027
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	22	22	B.1.177.40	0.113402
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	21	21	B.1.36	0.003064
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	21	21	B.1.367	0.01664
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	21	21	P.1.15	0.004879
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	18	19	AY.4.5	0.001935
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	19	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	19	19	AY.44	0.000116
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	19	19	AY.6	0.000781
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	18	18	P.1	0.000284
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	16	16	AY.103	0.000099
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	16	16	AY.39.1	0.000634
ORF1ab/nsp3	300	V300F	Gtc	Ttc	14	15	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	300	V300F	GtC	TtT	1	15	All	0
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	15	15	AY.103	0.000093
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	15	15	AY.45	0.001825
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	15	15	B.1.258.17	0.00156
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	AY.47	0.000435
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	B.1.1.33	0.005892
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	B.1.177.60	0.003058
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	8	14	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	6	14	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	B.1.351.3	0.01227
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	B.1.637	0.001023
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	P.1.7	0.00447
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	14	14	W.4	0.018919
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	13	13	AY.104	0.025794
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	12	13	AY.3.1	0.001023
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	13	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	13	13	AY.43	0.000058
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	12	13	AY.75	0.000672
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	13	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	13	13	B.1.1.306	0.005699
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	11	13	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTC	gCT	1	13	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTC	gCA	1	13	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	13	13	P.2	0.002426
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	12	12	B.1.1.63	0.00463
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	12	12	B.1.160	0.000374
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	12	12	B.1.243	0.000835
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	8	11	AY.54	0.000763
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	3	11	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	11	11	B.1.567	0.036667
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	10	10	AY.116	0.002868
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	10	10	AY.117	0.000845
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	9	10	AY.4.2	0.000195
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	10	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	10	10	B.1.177.4	0.002111
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	10	10	B.1.221	0.00071
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	10	10	B.1.621	0.000885
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	10	10	P.1.12	0.00484
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	5	9	AY.42	0.000201
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	4	9	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	8	9	B.1.1.222	0.001632
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	9	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	9	9	B.1.160	0.000281
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	9	9	B.1.400	0.003861
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	9	9	B.1.406	0.054545
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	6	9	B.1.525	0.000679
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	3	9	B.1.525	0.000339
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ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	300	V300N	GTC	AAT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300del2	gTC	g--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300F	Gtc	Ttc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtG	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtA	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	N.1	0.016949
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp3	300	V300A	gTc	gCc	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp3	300	V300G	gTc	gGc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp3	300	V300del	GTC	---	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	300	V300I	Gtc	Atc	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp3	300	V300V	gtC	gtT	1	1	W.2	0.004831

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.