CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 287

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3287L287LL1105LsynttAttG3952490.630383578-3580
ORF1ab/nsp3287L287LL1105LsynTtaCta3951440.3645573578-3580
ORF1ab/nsp3287L287LL1105LsynTtACtC39510.002531653578-3580
ORF1ab/nsp3287L287LL1105LsynTtACtT39510.002531653578-3580
ORF1ab/nsp3287L287delL1105deldelTTA---15115113578-3580
ORF1ab/nsp3287L287SL1105SnonsyntTatCa30280.9333333578-3580
ORF1ab/nsp3287L287SL1105SnonsyntTAtCG3020.06666673578-3580
ORF1ab/nsp3287L287VL1105VnonsynTtaGta161613578-3580
ORF1ab/nsp3287L287FL1105FnonsynttAttT1180.7272733578-3580
ORF1ab/nsp3287L287FL1105FnonsynttAttC1130.2727273578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del1L1105del1delTta-ta940.4444443578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del1L1105del1delttAtt-930.3333333578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del1L1105del1delTTA-NN910.1111113578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del1L1105del1delTtACt-910.1111113578-3580
ORF1ab/nsp3287L287XL1105XnonsyntTatAa750.7142863578-3580
ORF1ab/nsp3287L287XL1105XnonsyntTatGa720.2857143578-3580
ORF1ab/nsp3287L287IL1105InonsynTtaAta6613578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del2L1105del2delTTA--N420.53578-3580
ORF1ab/nsp3287L287del2L1105del2delTTa--a420.53578-3580
ORF1ab/nsp3287L287PL1105PnonsynTTACCG1113578-3580
ORF1ab/nsp3287L287TL1105TnonsynTTaACa1113578-3580

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG249395All0.000048
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta144395All0.000028
ORF1ab/nsp3287L287LTtACtT1395All0
ORF1ab/nsp3287L287LTtACtC1395All0
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---151151All0.000029
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG9292B.1.5710.893204
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta4447AY.1030.000273
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG347AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG4146B.10.000376
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta546B.10.000046
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG2231B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta931B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa2830All0.000005
ORF1ab/nsp3287L287StTAtCG230All0
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta3030AY.470.000933
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---2121P.10.000331
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG1720AY.40.000026
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta320AY.40.000005
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---2020P.1.150.004647
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta1616All0.000003
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta1213B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG113B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT811All0.000002
ORF1ab/nsp3287L287FttAttC311All0.000001
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG911B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta211B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG910P.10.000142
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta110P.10.000016
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---1010P.1.120.00484
ORF1ab/nsp3287L287del1Tta-ta49All0.000001
ORF1ab/nsp3287L287del1ttAtt-39All0.000001
ORF1ab/nsp3287L287del1TtACt-19All0
ORF1ab/nsp3287L287del1TTA-NN19All0
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---99B.10.000082
ORF1ab/nsp3287L287XtTatAa57All0.000001
ORF1ab/nsp3287L287XtTatGa27All0
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta77B.1.2400.001509
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta66All0.000001
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta35AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG25AY.1020.000053
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG55AY.430.000022
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---440.222222
ORF1ab/nsp3287L287del2TTA--N24All0
ORF1ab/nsp3287L287del2TTa--a24All0
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta24AY.420.00008
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG24AY.420.00008
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta34AY.440.000018
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG14AY.440.000006
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG44B.1.177.60.003906
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta44C.370.000464
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta44P.10.000063
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa23AY.250.000012
ORF1ab/nsp3287L287StTAtCG13AY.250.000006
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3287L287LTtACtC13AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG13AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta13AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---33C.370.000348
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp3287L287XtTatAa220.111111
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta12AY.390.000025
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG12AY.390.000025
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta22AY.420.00008
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT22AY.440.000012
ORF1ab/nsp3287L287del1ttAtt-12AY.440.000006
ORF1ab/nsp3287L287del1TtACt-12AY.440.000006
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG22AY.860.00166
ORF1ab/nsp3287L287FttAttC22B0.000256
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3287L287XtTatAa12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287XtTatGa12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa22B.1.2500.028986
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta22B.1.3990.003868
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG22B.1.4160.002538
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp3287L287LTtACtT12B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG12B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22N.60.014184
ORF1ab/nsp3287L287del1Tta-ta22P.10.000032
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp3287L287TTTaACa11All0
ORF1ab/nsp3287L287PTTACCG11All0
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta11AP.10.001502
ORF1ab/nsp3287L287del2TTA--N11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.160.00038
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.230.00007
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.240.000431
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.330.000067
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta11AY.40.000002
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3287L287del2TTA--N11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta11AY.460.000104
ORF1ab/nsp3287L287FttAttC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.5.10.003759
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.530.000288
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.540.000095
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.590.00053
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.590.00053
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.640.000595
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11AY.940.000443
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp3287L287XtTatGa11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp3287L287del1ttAtt-11B.10.000009
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11B.10.000009
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.1.1370.0125
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.1.3330.001076
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.1.4110.014706
ORF1ab/nsp3287L287del2TTa--a11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287TTTaACa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287del1TTA-NN11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3287L287del1Tta-ta11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3287L287del1Tta-ta11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.2180.005155
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3287L287ITtaAta11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.5170.000427
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp3287L287LttAttG11B.1.5580.004566
ORF1ab/nsp3287L287StTAtCG11B.1.5710.009709
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp3287L287del1ttAtt-11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3287L287PTTACCG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3287L287StTatCa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3287L287XtTatAa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11B.340.013699
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11B.4.10.018868
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11D.20.000075
ORF1ab/nsp3287L287del2TTa--a11P.10.000016
ORF1ab/nsp3287L287XtTatAa11P.10.000016
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11P.1.130.000898
ORF1ab/nsp3287L287LTtaCta11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp3287L287FttAttT11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp3287L287delTTA---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp3287L287VTtaGta11Q.80.000165