CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | S1102G | nonsyn | Agt | Ggt | 1968 | 1967 | 0.999492 | 3569-3571 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1967 | 1968 | All | 0.000376 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 268 | 268 | B.1.1.217 | 0.974545 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 227 | 227 | B.1.1.7 | 0.000203 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 215 | 215 | AY.65 | 0.114606 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 198 | 198 | S.1 | 0.980198 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 147 | 147 | AY.25 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 118 | 118 | AY.4 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 52 | 52 | AY.39.1 | 0.00206 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 52 | 52 | B.1.160 | 0.001622 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 46 | 46 | P.1 | 0.000725 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 43 | 43 | B.1 | 0.000394 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 39 | 39 | B.1.177 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 37 | 37 | AY.103 | 0.00023 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 36 | 37 | AY.44 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 29 | 29 | B.1.617.2 | 0.000109 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 27 | 27 | AY.43 | 0.00012 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 25 | 25 | AY.42 | 0.001006 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 24 | 24 | B.1.2 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 17 | 17 | AY.3 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 17 | 17 | B.1.1 | 0.000308 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 15 | 15 | AY.47 | 0.000467 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 15 | 15 | B.1.1.33 | 0.006313 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 12 | 12 | R.1 | 0.00108 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 11 | 11 | AY.29 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 11 | 11 | B.1.429 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 10 | 10 | AY.20 | 0.000389 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 10 | 10 | B.1.177.17 | 0.00821 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 8 | 8 | AY.99.2 | 0.000737 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 8 | 8 | B.1.1.63 | 0.003086 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 8 | 8 | B.1.258 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | AY.102 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | AY.34 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | AY.46.6 | 0.000505 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | B.1.1.133 | 0.059322 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | B.1.36.22 | 0.008454 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 7 | 7 | B.6.6 | 0.006222 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 6 | 6 | B.1.177.60 | 0.001311 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 6 | 6 | B.1.526 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | AY.11 | 0.006693 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.218 | 0.025773 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.351 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | C.1 | 0.011962 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 5 | 5 | P.1.17 | 0.000809 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.3.1 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 4 | 4 | B.1.453 | 0.012945 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.101 | 0.001471 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.109 | 0.002219 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.27 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.62 | 0.001307 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.192 | 0.006928 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.317 | 0.001235 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.36 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.13 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.34.1 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.46.1 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.74 | 0.000231 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.176 | 0.000879 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.57 | 0.022989 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.157 | 0.00597 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.177.11 | 0.003396 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.177.33 | 0.003289 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.177.4 | 0.000422 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.177.73 | 0.001133 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.221.4 | 0.008333 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.575.1 | 0.004878 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.619 | 0.001742 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.23 | 0.005848 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | N.5 | 0.003534 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.79 | 0.001211 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AZ.3 | 0.00152 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.304 | 0.002809 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.309 | 0.005848 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.322 | 0.008772 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.362 | 0.005618 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.524 | 0.020833 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.158 | 0.02381 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.160.14 | 0.002119 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.160.26 | 0.002421 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.42 | 0.000894 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.79 | 0.002342 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.346 | 0.001311 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.26 | 0.002857 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.564.1 | 0.001577 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.625 | 0.002353 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp3 | 284 | S284G | Agt | Ggt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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