CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 282

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3282G282SG1100SnonsynGgtAgt114411410.9973783563-3565
ORF1ab/nsp3282G282SG1100SnonsynGGTTCG114410.0008741263563-3565
ORF1ab/nsp3282G282SG1100SnonsynGGTTCA114410.0008741263563-3565
ORF1ab/nsp3282G282SG1100SnonsynGgTAgC114410.0008741263563-3565
ORF1ab/nsp3282G282VG1100VnonsyngGtgTt77477413563-3565
ORF1ab/nsp3282G282CG1100CnonsynGgtTgt34934913563-3565
ORF1ab/nsp3282G282delG1100deldelGGT---18118113563-3565
ORF1ab/nsp3282G282GG1100GsynggTggC1621530.9444443563-3565
ORF1ab/nsp3282G282GG1100GsynggTggA16250.03086423563-3565
ORF1ab/nsp3282G282GG1100GsynggTggG16240.02469143563-3565
ORF1ab/nsp3282G282AG1100AnonsyngGtgCt191913563-3565
ORF1ab/nsp3282G282DG1100DnonsyngGtgAt15140.9333333563-3565
ORF1ab/nsp3282G282DG1100DnonsyngGTgAC1510.06666673563-3565
ORF1ab/nsp3282G282RG1100RnonsynGgtCgt870.8753563-3565
ORF1ab/nsp3282G282RG1100RnonsynGgTAgG810.1253563-3565
ORF1ab/nsp3282G282XG1100XnonsynGGTTAA320.6666673563-3565
ORF1ab/nsp3282G282TG1100TnonsynGGtACt310.3333333563-3565
ORF1ab/nsp3282G282XG1100XnonsynGGTTAG310.3333333563-3565
ORF1ab/nsp3282G282TG1100TnonsynGGTACG310.3333333563-3565
ORF1ab/nsp3282G282TG1100TnonsynGGTACA310.3333333563-3565
ORF1ab/nsp3282G282WG1100WnonsynGgTTgG2213563-3565
ORF1ab/nsp3282G282FG1100FnonsynGGtTTt2213563-3565
ORF1ab/nsp3282G282KG1100KnonsynGGTAAG210.53563-3565
ORF1ab/nsp3282G282KG1100KnonsynGGTAAA210.53563-3565
ORF1ab/nsp3282G282LG1100LnonsynGGtCTt1113563-3565
ORF1ab/nsp3282G282del1G1100del1delGGT-NN1113563-3565

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt11411144All0.000218
ORF1ab/nsp3282G282SGgTAgC11144All0
ORF1ab/nsp3282G282SGGTTCA11144All0
ORF1ab/nsp3282G282SGGTTCG11144All0
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt774774All0.000148
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt349349All0.000067
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt337337D.20.025289
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt253254B.1.1.70.000226
ORF1ab/nsp3282G282SGgTAgC1254B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt225225AY.40.00035
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---181181All0.000035
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC153162All0.000029
ORF1ab/nsp3282G282GggTggA5162All0.000001
ORF1ab/nsp3282G282GggTggG4162All0.000001
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt148148AY.1030.000919
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt118118AY.30.001174
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt8080B.1.1770.001053
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt5858B.1.1.70.000052
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt4646B.1.20.000405
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt3939B.1.617.20.000147
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC3535AY.430.000155
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt3535B.10.000321
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt3535B.1.1.2840.003759
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC3132AY.30.000308
ORF1ab/nsp3282G282GggTggA132AY.30.00001
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt3232AY.440.000195
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt3232B.1.4260.032291
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt3131AY.1030.000192
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt2828B.1.4290.000659
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt2626P.10.00041
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC2525B.1.617.20.000094
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---2424P.10.000378
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt2323AY.50.000475
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---2222P.1.150.005112
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt2121AY.40.000033
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---2121B.1.1.70.000019
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt2020B.1.10.000363
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt1919All0.000004
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt1717AY.390.00042
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1717Q.10.002148
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1616B.1.177.190.02289
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt1616B.1.4340.842105
ORF1ab/nsp3282G282DgGtgAt1415All0.000003
ORF1ab/nsp3282G282DgGTgAC115All0
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1515B.1.1.4160.013575
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt1515B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1414AY.250.000084
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt1414AY.40.000022
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt1313AY.430.000058
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt1313AY.7.20.007271
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC1212AY.610.001257
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1212B.1.160.270.181818
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1212B.1.6370.000877
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---1111B.10.000101
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1111P.1.140.000526
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1010AY.390.000247
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt1010AY.4.20.000217
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt1010B.1.1.2790.011211
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt1010B.1.177.260.06993
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---1010P.1.120.00484
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC99AY.40.000014
ORF1ab/nsp3282G282RGgtCgt78All0.000001
ORF1ab/nsp3282G282RGgTAgG18All0
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt88AY.260.000226
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt88AY.60.000329
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC77AY.480.003256
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt77B.1.177.250.104478
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt77B.4.50.083333
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt66AY.430.000027
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt66B.10.000055
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt66B.1.2340.000792
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt66C.370.000696
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt66R.10.00054
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---55AY.40.000008
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt55B.1.177.870.003639
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt55B.1.2320.002687
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---55B.1.6210.000443
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt55B.310.018657
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---440.222222
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44A.10.001127
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44A.20.002647
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt44AY.50.000083
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt44AY.980.000316
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44B0.000511
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt44B.10.000037
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44B.1.2580.000266
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44B.1.258.170.000416
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt44B.1.390.015625
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---44C.370.000464
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33A0.001161
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33A.2.20.005068
ORF1ab/nsp3282G282XGGTTAA23All0
ORF1ab/nsp3282G282TGGTACA13All0
ORF1ab/nsp3282G282XGGTTAG13All0
ORF1ab/nsp3282G282TGGTACG13All0
ORF1ab/nsp3282G282TGGtACt13All0
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33AY.29.10.000662
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33AY.30.00003
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC33AY.420.000121
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33AY.470.000093
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33AY.680.000821
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33B.1.1.4200.003018
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3282G282DgGtgAt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33B.1.3460.003932
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33B.290.010526
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt33B.60.00273
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt33P.10.000047
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp3282G282WGgTTgG220.111111
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt220.111111
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp3282G282FGGtTTt22All0
ORF1ab/nsp3282G282WGgTTgG22All0
ORF1ab/nsp3282G282KGGTAAG12All0
ORF1ab/nsp3282G282KGGTAAA12All0
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3282G282RGgtCgt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22AY.420.00008
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22AY.460.000208
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22AY.46.30.001867
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC22AY.50.000041
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22AY.750.000112
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22AY.960.004149
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22B.1.1.2210.020202
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22B.1.1.4340.000697
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.1260.002551
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp3282G282KGGTAAG12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282TGGTACG12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282XGGTTAG12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282SGGTTCA12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282XGGTTAA12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282SGGTTCG12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282KGGTAAA12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282TGGTACA12B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.160.280.005848
ORF1ab/nsp3282G282CGgtTgt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.177.170.001642
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.177.440.001038
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.177.60.001953
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC22B.1.1950.01005
ORF1ab/nsp3282G282GggTggC22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.230.012121
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.3770.009132
ORF1ab/nsp3282G282delGGT---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.30.001661
ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt22B.400.000729
ORF1ab/nsp3282G282SGgtAgt22D.20.00015
ORF1ab/nsp3282G282AgGtgCt22D.20.00015
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ORF1ab/nsp3282G282VgGtgTt11W.40.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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