CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 267

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3267V267FV1085FnonsynGttTtt1163116313518-3520
ORF1ab/nsp3267V267IV1085InonsynGttAtt3573550.9943983518-3520
ORF1ab/nsp3267V267IV1085InonsynGtTAtA35720.005602243518-3520
ORF1ab/nsp3267V267VV1085VsyngtTgtC2431410.5802473518-3520
ORF1ab/nsp3267V267VV1085VsyngtTgtA243950.3909473518-3520
ORF1ab/nsp3267V267VV1085VsyngtTgtG24370.02880663518-3520
ORF1ab/nsp3267V267delV1085deldelGTT---898913518-3520
ORF1ab/nsp3267V267AV1085AnonsyngTtgCt353513518-3520
ORF1ab/nsp3267V267GV1085GnonsyngTtgGt1080.83518-3520
ORF1ab/nsp3267V267GV1085GnonsyngTTgGA1020.23518-3520
ORF1ab/nsp3267V267DV1085DnonsyngTtgAt7713518-3520
ORF1ab/nsp3267V267LV1085LnonsynGttCtt4413518-3520
ORF1ab/nsp3267V267EV1085EnonsyngTTgAA2213518-3520
ORF1ab/nsp3267V267del2V1085del2delgTTg--2213518-3520
ORF1ab/nsp3267V267NV1085NnonsynGTtAAt2213518-3520
ORF1ab/nsp3267V267del1V1085del1delGTT-NN210.53518-3520
ORF1ab/nsp3267V267XV1085XnonsynGTTTAA210.53518-3520
ORF1ab/nsp3267V267XV1085XnonsynGTTTGA210.53518-3520
ORF1ab/nsp3267V267del1V1085del1delgTtg-t210.53518-3520
ORF1ab/nsp3267V267CV1085CnonsynGTtTGt1113518-3520
ORF1ab/nsp3267V267SV1085SnonsynGTtAGt1113518-3520
ORF1ab/nsp3267V267KV1085KnonsynGTTAAA1113518-3520
ORF1ab/nsp3267V267RV1085RnonsynGTTAGA1113518-3520
ORF1ab/nsp3267V267YV1085YnonsynGTtTAt1113518-3520

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11631163All0.000222
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt581581AY.40.000904
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt355357All0.000068
ORF1ab/nsp3267V267IGtTAtA2357All0
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC141243All0.000027
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA95243All0.000018
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG7243All0.000001
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt181181B.10.001658
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt123123B.1.1.70.00011
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---8989All0.000017
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt7777AY.440.000469
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA4877B.1.1.70.000043
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC2977B.1.1.70.000026
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt6363B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt3838AY.390.000939
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt3737AY.250.000223
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt3535All0.000007
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC1925AY.440.000116
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA625AY.440.000037
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt2424AY.40.000037
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt2323B.1.20.000203
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC1422AY.40.000022
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA722AY.40.000011
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG122AY.40.000002
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt2121AY.430.000093
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC1420B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA620B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt1818B.1.1.2410.037267
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt1515AY.930.004096
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt1414B.1.177.210.001071
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt1212AY.330.000801
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt1212B.1.3510.000357
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt1111B.1.214.20.006595
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC1111B.1.6230.005901
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt810All0.000002
ORF1ab/nsp3267V267GgTTgGA210All0
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA910AY.1030.000056
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC110AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC910B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA110B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt1010B.1.177.810.001893
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---1010P.1.150.002323
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt99AY.30.00009
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---99B.10.000082
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt88AY.440.000049
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt78B.10.000064
ORF1ab/nsp3267V267IGtTAtA18B.10.000009
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt77All0.000001
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC57AY.420.000201
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA27AY.420.00008
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt66AY.1180.000376
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt66AY.370.001896
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt66C.370.000696
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---66P.10.000095
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt55AY.250.00003
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt55AY.90.000338
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt55B0.000639
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA55B.1.1.2000.037313
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt55B.1.36.310.008757
ORF1ab/nsp3267V267LGttCtt44All0.000001
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt44AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG34B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC14B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt44B.1.5450.057971
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---44C.370.000464
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33AY.270.000194
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt33AY.30.00003
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC23AY.430.000009
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA13AY.430.000004
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33AY.450.000365
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33B.1.6280.001057
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt33P.10.000047
ORF1ab/nsp3267V267del2gTTg--22All0
ORF1ab/nsp3267V267NGTtAAt22All0
ORF1ab/nsp3267V267EgTTgAA22All0
ORF1ab/nsp3267V267del1GTT-NN12All0
ORF1ab/nsp3267V267XGTTTAA12All0
ORF1ab/nsp3267V267del1gTtg-t12All0
ORF1ab/nsp3267V267XGTTTGA12All0
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22AY.410.000588
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22AY.810.003984
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.870.001665
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---22AZ.20.001642
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA12B.10.000009
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC12B.10.000009
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA12B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC12B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22B.1.1371
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22B.1.1570.00597
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267IGtTAtA12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267GgTTgGA12B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt22B.1.5460.007407
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22D.20.00015
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22N.60.014184
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt22P.10.000032
ORF1ab/nsp3267V267XGTTTGA12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267GgTTgGA12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267XGTTTAA12P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC22P.30.00319
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11A.10.000282
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11A.20.000662
ORF1ab/nsp3267V267CGTtTGt11All0
ORF1ab/nsp3267V267SGTtAGt11All0
ORF1ab/nsp3267V267KGTTAAA11All0
ORF1ab/nsp3267V267YGTtTAt11All0
ORF1ab/nsp3267V267RGTTAGA11All0
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3267V267LGttCtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.110.001339
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.110.001339
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.200.000039
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.240.000431
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.240.000431
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11AY.380.000499
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp3267V267del2gTTg--11AY.430.000004
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.540.000095
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.590.00053
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.680.000274
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt11AY.690.000187
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.770.001127
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.880.000884
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.920.000287
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AY.950.000761
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp3267V267del2gTTg--11B.10.000009
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.1.2430.004082
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp3267V267GgTtgGt11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.1.50.008333
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp3267V267LGttCtt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.160.270.015152
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11B.1.2180.005155
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11B.1.22.10.03125
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267NGTtAAt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267EgTTgAA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267RGTTAGA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267KGTTAAA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267SGTtAGt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.4110.003704
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.4230.010204
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.4260.001009
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp3267V267LGttCtt11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.4700.001404
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp3267V267AgTtgCt11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.5740.002151
ORF1ab/nsp3267V267LGttCtt11B.1.5740.002151
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp3267V267NGTtAAt11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtG11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp3267V267DgTtgAt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3267V267del1GTT-NN11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.6340.003425
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11B.550.00295
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11C.350.000774
ORF1ab/nsp3267V267EgTTgAA11P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267del1gTtg-t11P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267CGTtTGt11P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267YGTtTAt11P.10.000016
ORF1ab/nsp3267V267delGTT---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp3267V267VgtTgtA11Q.40.000455
ORF1ab/nsp3267V267IGttAtt11Q.80.000165
ORF1ab/nsp3267V267FGttTtt11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.