CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 264

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	264	A264V	A1082V	nonsyn	gCc	gTc	1605	1605	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264A	A1082A	syn	gcC	gcT	1344	1202	0.894345	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264A	A1082A	syn	gcC	gcA	1344	133	0.0989583	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264A	A1082A	syn	gcC	gcG	1344	9	0.00669643	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264T	A1082T	nonsyn	Gcc	Acc	632	621	0.982595	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264T	A1082T	nonsyn	GcC	AcA	632	5	0.00791139	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264T	A1082T	nonsyn	GcC	AcT	632	3	0.00474684	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264T	A1082T	nonsyn	GcC	AcG	632	3	0.00474684	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264D	A1082D	nonsyn	gCc	gAc	130	127	0.976923	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264D	A1082D	nonsyn	gCC	gAT	130	3	0.0230769	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264del	A1082del	del	GCC	---	67	67	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264S	A1082S	nonsyn	Gcc	Tcc	44	28	0.636364	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264S	A1082S	nonsyn	GCc	AGc	44	13	0.295455	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264S	A1082S	nonsyn	GCC	AGT	44	3	0.0681818	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264G	A1082G	nonsyn	gCc	gGc	26	16	0.615385	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264G	A1082G	nonsyn	gCC	gGG	26	4	0.153846	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264G	A1082G	nonsyn	gCC	gGT	26	3	0.115385	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264G	A1082G	nonsyn	gCC	gGA	26	3	0.115385	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264N	A1082N	nonsyn	GCc	AAc	18	15	0.833333	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264N	A1082N	nonsyn	GCC	AAT	18	3	0.166667	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264E	A1082E	nonsyn	gCC	gAA	11	6	0.545455	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264E	A1082E	nonsyn	gCC	gAG	11	5	0.454545	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	A1082del1	del	gcC	gc-	9	7	0.777778	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264K	A1082K	nonsyn	GCC	AAG	9	5	0.555556	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264K	A1082K	nonsyn	GCC	AAA	9	4	0.444444	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264R	A1082R	nonsyn	GCC	AGG	9	4	0.444444	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264R	A1082R	nonsyn	GCC	AGA	9	3	0.333333	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	A1082del1	del	gCc	g-c	9	2	0.222222	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264R	A1082R	nonsyn	GCC	CGA	9	1	0.111111	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264R	A1082R	nonsyn	GCc	CGc	9	1	0.111111	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264del2	A1082del2	del	gCC	g--	3	3	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264P	A1082P	nonsyn	Gcc	Ccc	3	2	0.666667	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264P	A1082P	nonsyn	GcC	CcA	3	1	0.333333	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264C	A1082C	nonsyn	GCc	TGc	2	2	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264H	A1082H	nonsyn	GCc	CAc	1	1	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264Q	A1082Q	nonsyn	GCC	CAA	1	1	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264Y	A1082Y	nonsyn	GCC	TAT	1	1	1	3509-3511
ORF1ab/nsp3	264	A264X	A1082X	nonsyn	GCC	TAA	1	1	1	3509-3511

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1605	1605	All	0.000307
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1202	1344	All	0.00023
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	133	1344	All	0.000025
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	9	1344	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	621	632	All	0.000119
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	5	632	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcT	3	632	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcG	3	632	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	553	553	B.1.561	0.219532
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	295	388	B.1.1.7	0.000264
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	93	388	B.1.1.7	0.000083
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	217	217	AY.4.2	0.004706
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	201	201	B.1.1.7	0.00018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	191	191	AY.4	0.000297
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	184	184	B.1.177.85	1
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	174	174	B.1.429	0.004094
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	153	153	B.1.637	0.01118
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	127	130	All	0.000024
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCC	gAT	3	130	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	80	81	AY.5	0.001652
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	81	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	71	72	AY.103	0.000441
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	72	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	67	67	All	0.000013
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	55	55	B.1.1.7	0.000049
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	51	52	AY.44	0.00031
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	52	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	47	50	AY.3	0.000467
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	3	50	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	50	50	B.1.351	0.001486
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	48	48	AY.113	0.006835
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	47	47	B.1.348	0.854545
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	28	44	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	13	44	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCC	AGT	3	44	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	40	40	AY.25	0.000241
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	39	39	AY.26	0.001104
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	38	38	B.1.617.2	0.000143
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	36	36	AY.3	0.000358
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	32	33	AY.4	0.00005
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	33	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	33	33	C.37	0.00383
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	30	31	B.1.617.2	0.000113
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	31	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	16	26	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGG	4	26	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGA	3	26	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGT	3	26	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	26	26	P.1.15	0.006041
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	25	25	B.1.1.7	0.000022
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	25	25	B.1.1.7	0.000022
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	18	24	B.1	0.000165
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	5	24	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	24	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	17	24	B.1.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	7	24	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	19	23	AY.43	0.000084
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	4	23	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	22	22	B.1.77	1
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	20	20	AY.102	0.00053
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	15	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCC	AAT	3	18	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	17	18	AY.25	0.000102
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	18	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	17	17	AY.44	0.000103
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	17	17	AY.98	0.001343
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	17	17	B.1	0.000156
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	17	17	B.1.1.222	0.003468
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	12	15	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcG	1	15	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	1	15	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcT	1	15	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	15	15	B.1.369	0.004278
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	13	14	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	14	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	14	14	P.1.14	0.000669
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	13	13	B.1.177.7	0.002143
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	12	12	B.1.637	0.000877
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	6	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAG	5	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	11	11	AY.102	0.000292
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	11	11	AY.119	0.000388
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	10	11	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCC	gAT	1	11	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	10	10	AY.39	0.000247
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	9	10	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	1	10	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	7	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAG	5	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGG	4	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAA	4	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGA	3	9	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gCc	g-c	2	9	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	CGA	1	9	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCc	CGc	1	9	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	8	9	B.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCC	AAT	1	9	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	9	9	B.1.596	0.000784
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	9	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	2	9	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	9	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	5	8	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGT	1	8	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGG	1	8	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGA	1	8	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	6	8	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcT	1	8	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcG	1	8	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	7	7	AY.117	0.000592
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	7	7	AY.118	0.000439
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	7	7	AY.12	0.002212
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	7	7	AY.30	0.00277
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	5	7	AY.45	0.000608
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	2	7	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	7	7	AY.63	0.002708
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	7	7	AY.77	0.007892
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	4	7	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	2	7	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCC	AGT	1	7	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	6	AY.100	0.000276
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	4	6	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGG	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGT	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	6	6	B.1.221	0.000426
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	6	B.1.243	0.000418
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	6	6	B.1.628	0.002114
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	5	5	A.23.1	0.003521
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	5	5	AY.14	0.00044
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	3	5	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	5	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	4	5	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	3	5	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCC	AGT	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCC	gAT	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.302	0.010373
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	2	4	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	4	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	4	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	4	4	AY.53	0.00115
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	CGA	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGA	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCc	CGc	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGG	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	3	4	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCC	AAT	1	4	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	4	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	2	4	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGA	1	4	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	1	4	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGG	1	4	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcG	1	4	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	4	4	B.1.621	0.000354
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	3	4	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	1	4	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264del2	gCC	g--	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264P	Gcc	Ccc	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264P	GcC	CcA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	AY.56	0.004815
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAG	2	3	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAA	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	B.1.409	0.002344
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	3	3	B.1.416	0.003807
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAG	2	3	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	3	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp3	264	A264C	GCc	TGc	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.2	0.000712
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	AY.80	0.002257
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	2	2	AZ.2	0.001642
ORF1ab/nsp3	264	A264P	Gcc	Ccc	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAG	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264P	GcC	CcA	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAG	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGG	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAG	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGA	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAA	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	2	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGA	1	2	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcA	1	2	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	1	2	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	B.1.415.1	0.015152
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCC	AGT	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGT	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264T	GcC	AcT	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	2	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	N.3	0.011628
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAA	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAG	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCC	gGG	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	264	A264Q	GCC	CAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264Y	GCC	TAT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264X	GCC	TAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264H	GCc	CAc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	264	A264del2	gCC	g--	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264del2	gCC	g--	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcG	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.97	0.001701
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	AZ.6	0.008403
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gCc	g-c	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264C	GCc	TGc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264Q	GCC	CAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264H	GCc	CAc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264C	GCc	TGc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.221	0.010101
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.229	0.005747
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.285	0.006536
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	1	B.1.1.335	0.012987
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.1.1.381	0.04
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.524	0.020833
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264K	GCC	AAA	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGA	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCc	AAc	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	264	A264G	gCc	gGc	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.23	0.006061
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.298	0.002114
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.25	0.002208
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCC	gAT	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	264	A264E	gCC	gAA	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	264	A264Y	GCC	TAT	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	264	A264X	GCC	TAA	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	B.1.503	0.002488
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp3	264	A264N	GCC	AAT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gCc	g-c	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	B.1.610	0.003546
ORF1ab/nsp3	264	A264P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	B.6.4	0.045455
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	B.61	0.005747
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	264	A264del1	gcC	gc-	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	264	A264S	Gcc	Tcc	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	264	A264D	gCc	gAc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	264	A264del2	gCC	g--	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264S	GCc	AGc	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264R	GCC	AGG	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	264	A264del	GCC	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcA	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	P.1.6	0.001946
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	264	A264T	Gcc	Acc	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	264	A264V	gCc	gTc	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	264	A264A	gcC	gcT	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.