CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 253

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3253V253IV1071InonsynGttAtt170817070.9994153476-3478
ORF1ab/nsp3253V253IV1071InonsynGtTAtA170810.000585483476-3478
ORF1ab/nsp3253V253VV1071VsyngtTgtA162810240.6289933476-3478
ORF1ab/nsp3253V253VV1071VsyngtTgtC16284490.2757993476-3478
ORF1ab/nsp3253V253VV1071VsyngtTgtG16281550.09520883476-3478
ORF1ab/nsp3253V253AV1071AnonsyngTtgCt107510740.999073476-3478
ORF1ab/nsp3253V253AV1071AnonsyngTTgCG107510.0009302333476-3478
ORF1ab/nsp3253V253FV1071FnonsynGttTtt929213476-3478
ORF1ab/nsp3253V253delV1071deldelGTT---373713476-3478
ORF1ab/nsp3253V253GV1071GnonsyngTtgGt17140.8235293476-3478
ORF1ab/nsp3253V253GV1071GnonsyngTTgGA1720.1176473476-3478
ORF1ab/nsp3253V253GV1071GnonsyngTTgGC1710.05882353476-3478
ORF1ab/nsp3253V253LV1071LnonsynGttCtt1180.7272733476-3478
ORF1ab/nsp3253V253LV1071LnonsynGtTTtA1130.2727273476-3478
ORF1ab/nsp3253V253DV1071DnonsyngTtgAt8813476-3478
ORF1ab/nsp3253V253CV1071CnonsynGTtTGt4413476-3478
ORF1ab/nsp3253V253KV1071KnonsynGTTAAA320.6666673476-3478
ORF1ab/nsp3253V253XV1071XnonsynGTTTGA320.6666673476-3478
ORF1ab/nsp3253V253XV1071XnonsynGTTTAA310.3333333476-3478
ORF1ab/nsp3253V253KV1071KnonsynGTTAAG310.3333333476-3478
ORF1ab/nsp3253V253NV1071NnonsynGTtAAt2213476-3478
ORF1ab/nsp3253V253del1V1071del1delGtt-tt2213476-3478
ORF1ab/nsp3253V253EV1071EnonsyngTTgAA2213476-3478
ORF1ab/nsp3253V253YV1071YnonsynGTtTAt1113476-3478
ORF1ab/nsp3253V253MV1071MnonsynGtTAtG1113476-3478
ORF1ab/nsp3253V253SV1071SnonsynGTTAGC1113476-3478
ORF1ab/nsp3253V253RV1071RnonsynGTtCGt1113476-3478
ORF1ab/nsp3253V253del2V1071del2delGTt--t1113476-3478

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt17071708All0.000326
ORF1ab/nsp3253V253IGtTAtA11708All0
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA10241628All0.000196
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC4491628All0.000086
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG1551628All0.00003
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt10741075All0.000205
ORF1ab/nsp3253V253AgTTgCG11075All0
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA777826AY.40.001209
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC49826AY.40.000076
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt467467P.20.087159
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt399399AY.390.00986
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt283283AY.430.001254
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt217217AY.40.000338
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt195195AY.250.001173
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt132132B.1.617.20.000497
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG131131B.1.1.5250.715847
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt108108B.1.1.70.000097
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt9494AY.290.001483
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC9494AY.460.009784
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt9292All0.000018
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC5782B.1.1.70.000051
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA2482B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG182B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt7575AY.1030.000466
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt5959AY.270.003819
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt5858B.1.1.70.000052
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt5353AY.440.000323
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA2649B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC2349B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt4747AY.420.001891
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---3737All0.000007
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt3737AY.440.000225
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA3236AY.30.000318
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC436AY.30.00004
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA3434B.1.1.2840.003652
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt2929AY.1030.00018
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt2727B.1.4290.000635
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA2626B.1.160.80.033505
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC2424AY.330.001603
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA2424B.1.1.5190.000953
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt2323AY.1000.001058
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt2222B.1.10.000399
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1522B.1.10.000272
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG422B.1.10.000073
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA322B.1.10.000054
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1321AY.50.000268
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG821AY.50.000165
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1920AY.250.000114
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA120AY.250.000006
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt1919B.10.000174
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1818AY.4.50.001935
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp3253V253GgTtgGt1417All0.000003
ORF1ab/nsp3253V253GgTTgGA217All0
ORF1ab/nsp3253V253GgTTgGC117All0
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1717B.1.10.000308
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1116AY.430.000049
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA516AY.430.000022
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC915B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA615B.1.5960.000523
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1414AY.1010.006866
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1414AY.3.10.001194
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC814B.10.000073
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA414B.10.000037
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG214B.10.000018
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1313AY.30.000129
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt1313B.1.177.770.009441
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1112AY.440.000067
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA112AY.440.000006
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA612B.1.20.000053
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC412B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG212B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1212P.10.000189
ORF1ab/nsp3253V253LGttCtt811All0.000002
ORF1ab/nsp3253V253LGtTTtA311All0.000001
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1111AY.1200.000409
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1111B.40.024283
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt1010AY.1020.000265
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC1010AY.4.20.000217
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC99AY.1180.000564
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt99AY.230.000628
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt99AY.250.000054
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt99AY.40.000014
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt99AY.9.20.000331
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt99AZ.20.007389
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA99B.1.2980.019027
ORF1ab/nsp3253V253DgTtgAt88All0.000002
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC88AY.1210.001083
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA88B.1.1110.009401
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---77B.10.000064
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC77D.20.000525
ORF1ab/nsp3253V253GgTtgGt460.222222
ORF1ab/nsp3253V253GgTTgGA160.055556
ORF1ab/nsp3253V253GgTTgGC160.055556
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC66A.2.50.002994
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt66B.10.000055
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt55AY.260.000142
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt55AY.330.000334
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt55AY.50.000103
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC55AY.740.000578
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC45B.1.1.3060.001754
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA15B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC55B.1.258.170.00052
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44A.2.50.001996
ORF1ab/nsp3253V253CGTtTGt44All0.000001
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44AY.100.00212
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC34AY.1030.000019
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA14AY.1030.000006
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44AY.330.000267
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt44AY.440.000024
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA24AY.450.000243
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC24AY.450.000243
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44AY.690.000747
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt330.166667
ORF1ab/nsp3253V253CGTtTGt330.166667
ORF1ab/nsp3253V253XGTTTGA23All0
ORF1ab/nsp3253V253KGTTAAA23All0
ORF1ab/nsp3253V253KGTTAAG13All0
ORF1ab/nsp3253V253XGTTTAA13All0
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.10.001187
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.140.000264
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.360.000445
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC23AY.390.000049
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA13AY.390.000025
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.450.000365
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33AY.500.002398
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA33B.1.1.2310.009288
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC23B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA13B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG23B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC13B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt33B.1.3240.004815
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt33P.30.004785
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA120.055556
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC120.055556
ORF1ab/nsp3253V253LGttCtt120.055556
ORF1ab/nsp3253V253LGtTTtA120.055556
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22AD.20.000438
ORF1ab/nsp3253V253NGTtAAt22All0
ORF1ab/nsp3253V253del1Gtt-tt22All0
ORF1ab/nsp3253V253EgTTgAA22All0
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.160.000759
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22AY.240.000862
ORF1ab/nsp3253V253delGTT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt12AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3253V253IGtTAtA12AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp3253V253GgTtgGt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtG22AY.470.000062
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22AY.570.001312
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.610.00021
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.630.000774
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA22AY.680.000547
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.770.002255
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22AY.90.000135
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.930.000546
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtA22AY.980.000158
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22B0.000256
ORF1ab/nsp3253V253FGttTtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp3253V253VgtTgtC22B.1.1.1410.004024
ORF1ab/nsp3253V253IGttAtt22B.1.1.3010.002358
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp3253V253AgTtgCt22B.1.1.4090.005666
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.