CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 196

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	196	M196I	M1014I	nonsyn	atG	atT	1696	1117	0.658608	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196I	M1014I	nonsyn	atG	atA	1696	543	0.320165	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196I	M1014I	nonsyn	atG	atC	1696	36	0.0212264	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196T	M1014T	nonsyn	aTg	aCg	500	498	0.996	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196T	M1014T	nonsyn	aTG	aCT	500	2	0.004	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196L	M1014L	nonsyn	Atg	Ctg	318	300	0.943396	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196L	M1014L	nonsyn	Atg	Ttg	318	13	0.0408805	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196L	M1014L	nonsyn	AtG	CtA	318	5	0.0157233	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196V	M1014V	nonsyn	Atg	Gtg	316	315	0.996835	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196V	M1014V	nonsyn	AtG	GtT	316	1	0.00316456	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196del	M1014del	del	ATG	---	259	259	1	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196K	M1014K	nonsyn	aTg	aAg	109	104	0.954128	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196K	M1014K	nonsyn	aTG	aAA	109	5	0.0458716	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196R	M1014R	nonsyn	aTg	aGg	22	22	1	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	M1014Q	nonsyn	ATg	CAg	10	5	0.5	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	M1014Q	nonsyn	ATG	CAA	10	5	0.5	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196N	M1014N	nonsyn	aTG	aAC	2	2	1	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196del1	M1014del1	del	atG	at-	2	2	1	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196A	M1014A	nonsyn	ATG	GCT	2	1	0.5	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196A	M1014A	nonsyn	ATG	GCA	2	1	0.5	3305-3307
ORF1ab/nsp3	196	M196W	M1014W	nonsyn	ATg	TGg	1	1	1	3305-3307

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1117	1696	All	0.000214
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	543	1696	All	0.000104
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	36	1696	All	0.000007
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	498	500	All	0.000095
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTG	aCT	2	500	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	330	330	C.37	0.038301
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	300	318	All	0.000057
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	13	318	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	196	M196L	AtG	CtA	5	318	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	315	316	All	0.00006
ORF1ab/nsp3	196	M196V	AtG	GtT	1	316	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	259	259	All	0.00005
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	101	130	AY.25	0.000607
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	29	130	AY.25	0.000174
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	126	126	AY.4	0.000196
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	123	123	B.1.177	0.00162
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	66	118	B.1.1.7	0.000059
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	41	118	B.1.1.7	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	11	118	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	104	109	All	0.00002
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTG	aAA	5	109	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	93	105	AY.29	0.001467
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	12	105	AY.29	0.000189
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	101	101	AY.44	0.000615
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	77	77	P.1	0.001213
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	71	74	AY.3	0.000706
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	3	74	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	64	64	B.1.1.7	0.000057
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	60	61	B.1.1.7	0.000054
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTG	aCT	1	61	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	60	60	B.1.1.7	0.000054
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	59	59	B.1.563	1
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	55	55	Y.1	0.705128
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	54	54	B.1.160	0.001684
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	53	53	B.1.526	0.001246
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	52	52	B.1.517	0.022203
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	28	50	AY.4	0.000044
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	21	50	AY.4	0.000033
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	50	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	44	44	AY.103	0.000273
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	43	43	AY.4	0.000067
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	42	42	AY.31	0.777778
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	41	41	AY.23	0.00286
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	35	41	B.1.429	0.000824
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	6	41	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	34	40	AY.103	0.000211
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	5	40	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	40	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	20	38	B.1.1	0.000363
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	18	38	B.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	21	38	B.1.617.2	0.000079
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	16	38	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	38	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	36	36	B.1.609	0.017258
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	35	35	AY.4.2	0.000759
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	31	31	AY.26	0.000878
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	30	30	AY.29	0.000473
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	18	29	B.1.2	0.000158
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	8	29	B.1.2	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	3	29	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	29	29	B.1.595	0.007568
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	27	27	AY.4	0.000042
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	26	26	AY.25	0.000156
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	13	25	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	12	25	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	22	22	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	21	21	B.1.170	0.090517
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	20	20	AY.118	0.001253
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	11	20	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	9	20	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	20	20	P.1	0.000315
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	19	19	B.1.36.29	0.009829
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	15	18	AY.39	0.000371
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	3	18	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	16	16	AY.4	0.000025
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	16	16	B.1.2	0.000141
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	15	15	B.1	0.000137
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	13	13	AY.25	0.000078
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	13	13	B.1.362	0.020031
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	7	12	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp3	196	M196L	AtG	CtA	5	12	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	5	12	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTG	aAA	5	12	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	2	12	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	11	11	AY.104	0.021825
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	ATG	CAA	5	10	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	ATg	CAg	5	10	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	10	10	AY.120	0.000372
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	ATg	CAg	5	10	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196Q	ATG	CAA	5	10	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	9	9	B.1.1.63	0.003472
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	9	9	B.1.429	0.000212
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	8	9	P.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	9	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	8	9	P.1.14	0.000382
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	9	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	7	8	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	8	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	8	8	AY.5	0.000165
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	8	8	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	8	8	B.1.177.60	0.001747
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	8	8	B.1.438.1	0.000858
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	8	8	B.1.617.3	0.023881
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	7	7	AY.102	0.000186
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	7	7	B.1.351	0.000208
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	6	6	B.1.470	0.008427
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	5	5	AD.2	0.001095
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	5	5	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	4	5	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	5	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	4	5	AY.39.1	0.000158
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	5	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	5	5	AY.41	0.00147
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	4	5	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	5	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	5	5	B.1.525	0.000566
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	4	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	4	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	3	4	AY.29.1	0.000662
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	4	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	4	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	4	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	4	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	4	4	B.1.1.286	0.011594
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	3	4	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	4	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	4	4	C.37.1	0.010471
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	3		0.111111
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	3	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	3	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	3	3	B.1.1.176	0.001318
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	2	3	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	3	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	3	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	3	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	3	3	B.1.637	0.000219
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	3	3	Q.4	0.001364
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTG	aCT	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	2	AD.2	0.000438
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	AE.6	0.076923
ORF1ab/nsp3	196	M196del1	atG	at-	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196N	aTG	aAC	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196A	ATG	GCT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196A	ATG	GCA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	2	AY.4.1	0.001475
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.8	0.001212
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	2	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	2	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.207	0.002364
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	2	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	2	B.1.1.528	0.009615
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	2	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	2	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	2	B.1.36.22	0.002415
ORF1ab/nsp3	196	M196V	AtG	GtT	1	2	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	2	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	2	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	2	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	2	2	P.1.2	0.002312
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp3	196	M196W	ATg	TGg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.49	0.003195
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.83	0.001724
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	196	M196A	ATG	GCT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.334	0.016393
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp3	196	M196del1	atG	at-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196A	ATG	GCA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	196	M196N	aTG	aAC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atC	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.177.37	0.027027
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.192	0.009259
ORF1ab/nsp3	196	M196N	aTG	aAC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	196	M196del1	atG	at-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.36.21	0.00216
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ctg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atA	1	1	B.10	0.008264
ORF1ab/nsp3	196	M196R	aTg	aGg	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	196	M196L	Atg	Ttg	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	196	M196W	ATg	TGg	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	196	M196V	Atg	Gtg	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp3	196	M196I	atG	atT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	196	M196T	aTg	aCg	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	196	M196K	aTg	aAg	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	196	M196del	ATG	---	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.