CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1890

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31890N1890NN2708NsynaaCaaT6612661218387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890delN2708deldelAAC---17617618387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890SN2708SnonsynaAcaGc59580.9830518387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890SN2708SnonsynaACaGT5910.01694928387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890DN2708DnonsynAacGac353518387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890del2N2708del2delAAc--c1180.7272738387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890del2N2708del2delaACa--1120.1818188387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890del2N2708del2delAAC--T1110.09090918387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890TN2708TnonsynaAcaCc980.8888898387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890TN2708TnonsynaACaCG910.1111118387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890KN2708KnonsynaaCaaA540.88387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890KN2708KnonsynaaCaaG510.28387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890YN2708YnonsynAacTac4418387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890IN2708InonsynaAcaTc4418387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890HN2708HnonsynAacCac430.758387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890HN2708HnonsynAaCCaT410.258387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890del1N2708del1delAac-ac320.6666678387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890del1N2708del1delAAC-NN310.3333338387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890LN2708LnonsynAACCTG1118387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890RN2708RnonsynAAcCGc1118387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890EN2708EnonsynAaCGaA1118387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890VN2708VnonsynAACGTT1118387-8389
ORF1ab/nsp31890N1890PN2708PnonsynAACCCT1118387-8389

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66126612All0.001265
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT13731373B.1.110.30.986351
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT12581258B.1.1.70.001126
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT428428AY.40.000666
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT322322B.10.002949
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT307307B.1.4250.919162
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT248248AY.9.20.009109
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT216216B.1.1100.977376
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT195195AY.430.000864
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---176176All0.000034
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT175175B.1.617.20.000659
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT132132P.10.00208
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT112112AY.250.000674
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT111111AY.30.001104
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT9292AY.440.00056
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT8888B.1.20.000775
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT8383AY.1030.000515
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT7373AY.60.003002
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT6767AY.230.004673
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc5859All0.000011
ORF1ab/nsp31890N1890SaACaGT159All0
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---5656B.1.1.70.00005
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT5555D.20.004127
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT5050B.1.10.000907
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT4444B.1.2210.003125
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT4343B.1.1770.000566
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT4242AY.9.10.003516
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac3535All0.000007
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT3535B.1.5960.00305
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2929AY.390.000717
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2929B.1.5260.000682
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2828AY.290.000442
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2727B.1.1.2070.031915
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2626AY.470.000809
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2525B.1.3510.000743
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2222A.20.01456
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2020AY.330.001336
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT2020B.1.5950.005219
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1919B.1.1.5190.000755
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1919B.1.4290.000447
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1717B.1.1.10.005554
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1616AY.1190.000565
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1616AY.1210.002165
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1616AY.750.000896
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1616B.1.2060.013051
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1515AY.260.000425
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1515AY.50.00031
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1515B.1.5750.004551
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1414AY.1020.000371
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1414AY.850.00598
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1414B.1.4270.000707
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1414B.1.5250.001584
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1313AY.1170.001099
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1212AY.270.000777
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1212AY.450.00146
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1212AY.7.20.006711
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1212B.1.1.500.008147
ORF1ab/nsp31890N1890del2AAc--c811All0.000002
ORF1ab/nsp31890N1890del2aACa--211All0
ORF1ab/nsp31890N1890del2AAC--T111All0
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1111AY.420.000443
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---1111B.10.000101
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1111B.1.1600.000343
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1111B.1.6370.000804
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010AY.610.001048
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010AY.99.20.000922
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010B.1.110.11
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010B.1.177.850.054348
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT1010B.1.351.50.005995
ORF1ab/nsp31890N1890TaAcaCc89All0.000002
ORF1ab/nsp31890N1890TaACaCG19All0
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT99AY.4.50.000967
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---99AY.4.50.000967
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT99B.1.1110.010576
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---99B.1.1770.000119
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT99B.1.258.170.000936
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT99B.1.360.001313
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT99B.1.6210.000797
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT88AY.46.40.001316
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT88B.1.177.330.013158
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT88B.1.177.810.001515
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT88B.1.438.10.000858
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT88R.10.00072
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT77B.1.1.2940.008861
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT77B.1.177.600.001529
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT77B.1.36.180.002941
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT77P.1.100.001886
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---66AY.40.000009
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66AY.46.10.00616
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66B.1.1.370.001157
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66B.1.110.21
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66B.1.1390.004399
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66B.1.160.260.014528
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66B.1.2340.000792
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac66B.1.36.390.013304
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT66P.1.17.10.005249
ORF1ab/nsp31890N1890KaaCaaA45All0.000001
ORF1ab/nsp31890N1890KaaCaaG15All0
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55AY.1130.000712
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55AY.130.000805
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55AY.340.000485
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55B.1.177.860.000917
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55B.1.2320.002687
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55B.1.36.160.007123
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT55B.1.617.10.000645
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---440.222222
ORF1ab/nsp31890N1890YAacTac44All0.000001
ORF1ab/nsp31890N1890IaAcaTc44All0.000001
ORF1ab/nsp31890N1890HAacCac34All0.000001
ORF1ab/nsp31890N1890HAaCCaT14All0
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.1100.000451
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.360.000593
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.890.019608
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44AY.980.000316
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B0.000511
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.1.2220.000816
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.1.3060.001754
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.1.630.001543
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.177.510.018265
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.177.730.002265
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.214.20.002398
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---44C.370.000464
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---44P.10.000063
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33A.2.50.001497
ORF1ab/nsp31890N1890del1Aac-ac23All0
ORF1ab/nsp31890N1890del1AAC-NN13All0
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---33AY.250.000018
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.5.20.007389
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.540.000286
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.570.001969
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.690.00056
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.70.000588
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33B.1.1.2180.023077
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33B.1.1.3720.002066
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33B.1.1.710.018182
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc220.111111
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT220.111111
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22A0.000774
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22A.280.005291
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc22A.60.010256
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22AD.20.000438
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.140.000176
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc22AY.230.000139
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.4.40.000818
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.460.000208
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.46.50.000397
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22AY.50.000041
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.700.000417
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22AZ.10.001735
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22AZ.20.001642
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac22B0.000256
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc22B0.000256
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp31890N1890NaaCaaT22B.1.1.2310.006192
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22B.1.1.2360.013793
ORF1ab/nsp31890N1890delAAC---22B.1.1.3110.000716
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp31890N1890del2aACa--12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31890N1890del2AAC--T12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31890N1890DAacGac22B.1.160.170.003401
ORF1ab/nsp31890N1890SaAcaGc22B.1.1770.000026
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