CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1859

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31859Y1859YY2677YsyntaTtaC1301130118294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859delY2677deldelTAT---646418294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Y2677del1deltAtt-t940.4444448294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Y2677del1deltaTta-930.3333338294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Y2677del1delTat-at910.1111118294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Y2677del1delTAtC-t910.1111118294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859XY2677XnonsyntaTtaA3318294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859HY2677HnonsynTatCat3318294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859CY2677CnonsyntAttGt320.6666678294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859CY2677CnonsyntATtGC310.3333338294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859SY2677SnonsyntAttCt2218294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859NY2677NnonsynTaTAaC210.58294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859NY2677NnonsynTatAat210.58294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859PY2677PnonsynTAtCCt1118294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859del2Y2677del2delTAt--t1118294-8296
ORF1ab/nsp31859Y1859LY2677LnonsynTAtCTt1118294-8296

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC13011301All0.000249
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC815815AY.430.003611
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC104104B.1.4411
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC8181AY.40.000126
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---6464All0.000012
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC5959B.1.1.3650.329609
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC2929B.1.1.70.000026
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC2727AY.410.007937
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC2121AY.30.000209
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC2121AY.540.002002
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC1515B.1.1770.000198
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC1010B.1.10.000181
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC1010B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp31859Y1859del1tAtt-t49All0.000001
ORF1ab/nsp31859Y1859del1taTta-39All0.000001
ORF1ab/nsp31859Y1859del1TAtC-t19All0
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Tat-at19All0
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC99B.1.20.000079
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC99B.1.4290.000212
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC88AY.440.000049
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC88B.10.000073
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC77AY.250.000042
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC66B.1.177.230.019417
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC44P.10.000063
ORF1ab/nsp31859Y1859HTatCat33All0.000001
ORF1ab/nsp31859Y1859XtaTtaA33All0.000001
ORF1ab/nsp31859Y1859CtAttGt23All0
ORF1ab/nsp31859Y1859CtATtGC13All0
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC33AY.390.000074
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC33B.1.3960.002117
ORF1ab/nsp31859Y1859StAttCt22All0
ORF1ab/nsp31859Y1859NTatAat12All0
ORF1ab/nsp31859Y1859NTaTAaC12All0
ORF1ab/nsp31859Y1859XtaTtaA22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC22AY.610.00021
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp31859Y1859del1tAtt-t12B.10.000009
ORF1ab/nsp31859Y1859del1taTta-12B.10.000009
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC22B.1.1.3060.000877
ORF1ab/nsp31859Y1859del1taTta-22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31859Y1859del1tAtt-t22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---22P.10.000032
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC22Q.80.00033
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11A0.000387
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp31859Y1859del2TAt--t11All0
ORF1ab/nsp31859Y1859LTAtCTt11All0
ORF1ab/nsp31859Y1859PTAtCCt11All0
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.120.000316
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp31859Y1859del1Tat-at11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31859Y1859LTAtCTt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.340.000097
ORF1ab/nsp31859Y1859HTatCat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31859Y1859HTatCat11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.630.000387
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.650.000533
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.810.001992
ORF1ab/nsp31859Y1859NTaTAaC11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.910.00073
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B0.000128
ORF1ab/nsp31859Y1859del2TAt--t11B.10.000009
ORF1ab/nsp31859Y1859CtAttGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp31859Y1859StAttCt11B.1.1.2400.004695
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.1.2790.001121
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.177.720.00339
ORF1ab/nsp31859Y1859PTAtCCt11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp31859Y1859HTatCat11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp31859Y1859StAttCt11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31859Y1859del1TAtC-t11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.2740.011905
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.36.190.009259
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp31859Y1859del1tAtt-t11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp31859Y1859NTatAat11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.1.910.002075
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11C.170.055556
ORF1ab/nsp31859Y1859CtATtGC11C.350.000774
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp31859Y1859CtAttGt11D.20.000075
ORF1ab/nsp31859Y1859XtaTtaA11D.20.000075
ORF1ab/nsp31859Y1859YtaTtaC11P.20.000187
ORF1ab/nsp31859Y1859delTAT---11Q.10.000126