CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1845

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31845I1845VI2663VnonsynAtaGta39239218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845MI2663MnonsynatAatG32632618252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845LI2663LnonsynAtaCta123770.6260168252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845LI2663LnonsynAtaTta123450.3658548252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845LI2663LnonsynAtACtT12310.008130088252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845delI2663deldelATA---626218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845TI2663TnonsynaTaaCa20190.958252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845TI2663TnonsynaTAaCC2010.058252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845II2663IsynatAatT19140.7368428252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845II2663IsynatAatC1950.2631588252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845del1I2663del1delatAat-3318252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845KI2663KnonsynaTaaAa3318252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845del2I2663del2delATa--a320.6666678252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845del2I2663del2delATA--N310.3333338252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845FI2663FnonsynAtATtT2218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845NI2663NnonsynaTAaAT2218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845XI2663XnonsynATaTAa2218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845YI2663YnonsynATATAT2218252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845QI2663QnonsynATaCAa1118252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845HI2663HnonsynATACAT1118252-8254
ORF1ab/nsp31845I1845RI2663RnonsynaTaaGa1118252-8254

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta392392All0.000075
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG326326All0.000062
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG161161B.1.1.70.000144
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta77123All0.000015
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta45123All0.000009
ORF1ab/nsp31845I1845LAtACtT1123All0
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta103103AY.250.00062
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta7272AY.4.20.001562
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta6868B.1.1.70.000061
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---6262All0.000012
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta5256B.1.1.70.000047
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta456B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta5252B.1.2670.962963
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG3838P.1.150.008829
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta2121B.1.2340.002771
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa1920All0.000004
ORF1ab/nsp31845I1845TaTAaCC120All0
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT1419All0.000003
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatC519All0.000001
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG1919AY.850.008116
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta1316AY.40.00002
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta316AY.40.000005
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG1616B.1.617.20.00006
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG1515AY.30.000149
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG1414B.1.177.770.010167
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta1212B.1.1.2840.001289
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta1010AY.1170.000845
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta99B.1.4220.007311
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG77AY.340.000679
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta55AY.40.000008
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT55B.30.004153
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta240.111111
ORF1ab/nsp31845I1845LAtACtT140.055556
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta140.055556
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta44AY.290.000063
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa44AY.40.000006
ORF1ab/nsp31845I1845KaTaaAa33All0.000001
ORF1ab/nsp31845I1845del1atAat-33All0.000001
ORF1ab/nsp31845I1845del2ATa--a23All0
ORF1ab/nsp31845I1845del2ATA--N13All0
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta33AY.130.000483
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta33AY.3.10.000256
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG33AY.390.000074
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta33AY.410.000882
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---33B.10.000027
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG33B.10.000027
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta33B.1.177.320.004049
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---33P.10.000047
ORF1ab/nsp31845I1845FAtATtT220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845YATATAT220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845NaTAaAT220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845XATaTAa220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845KaTaaAa220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT220.111111
ORF1ab/nsp31845I1845YATATAT22All0
ORF1ab/nsp31845I1845XATaTAa22All0
ORF1ab/nsp31845I1845NaTAaAT22All0
ORF1ab/nsp31845I1845FAtATtT22All0
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta22AY.200.000078
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatC22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22AY.440.000012
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22AY.540.000191
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT22B.10.000018
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22B.10.000018
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp31845I1845del2ATa--a22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---22B.1.177.160.001329
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta22B.1.6190.001742
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22N.50.003534
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22P.10.000032
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp31845I1845HATACAT110.055556
ORF1ab/nsp31845I1845QATaCAa110.055556
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31845I1845HATACAT11All0
ORF1ab/nsp31845I1845QATaCAa11All0
ORF1ab/nsp31845I1845RaTaaGa11All0
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.140.000088
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.210.001898
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.290.000016
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31845I1845del1atAat-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.450.000122
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta11B.10.000009
ORF1ab/nsp31845I1845del2ATA--N11B.10.000009
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31845I1845RaTaaGa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp31845I1845del1atAat-11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31845I1845TaTaaCa11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatT11B.1.1470.000756
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp31845I1845del1atAat-11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp31845I1845TaTAaCC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaTta11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta11B.1.2670.018519
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.36.260.002857
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11B.1.4920.007042
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.1.5400.009709
ORF1ab/nsp31845I1845IatAatC11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31845I1845KaTaaAa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11B.1.6380.052632
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11B.390.002331
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta11B.400.000364
ORF1ab/nsp31845I1845LAtaCta11B.60.00091
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11C.170.055556
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11C.370.000116
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11C.370.000116
ORF1ab/nsp31845I1845VAtaGta11P.10.000016
ORF1ab/nsp31845I1845MatAatG11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp31845I1845delATA---11U.30.003861