CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 183

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	183	T183I	T1001I	nonsyn	aCt	aTt	1151935	1151925	0.999991	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183I	T1001I	nonsyn	aCT	aTC	1151935	9	0.00000781294	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183I	T1001I	nonsyn	aCT	aTA	1151935	1	0.000000868105	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183T	T1001T	syn	acT	acC	1014	1004	0.990138	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183T	T1001T	syn	acT	acA	1014	10	0.00986193	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183del	T1001del	del	ACT	---	113	113	1	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183N	T1001N	nonsyn	aCt	aAt	45	44	0.977778	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183N	T1001N	nonsyn	aCT	aAC	45	1	0.0222222	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183A	T1001A	nonsyn	Act	Gct	26	26	1	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183V	T1001V	nonsyn	ACt	GTt	18	18	1	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	T1001del1	del	aCt	a-t	14	9	0.642857	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	T1001del1	del	acT	ac-	14	3	0.214286	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	T1001del1	del	Act	-ct	14	1	0.0714286	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	T1001del1	del	AcT	Nc-	14	1	0.0714286	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183S	T1001S	nonsyn	aCt	aGt	12	5	0.416667	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183S	T1001S	nonsyn	aCT	aGC	12	3	0.25	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183S	T1001S	nonsyn	Act	Tct	12	3	0.25	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183S	T1001S	nonsyn	AcT	TcC	12	1	0.0833333	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183P	T1001P	nonsyn	Act	Cct	8	7	0.875	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183P	T1001P	nonsyn	AcT	CcA	8	1	0.125	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183L	T1001L	nonsyn	ACt	CTt	3	2	0.666667	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183L	T1001L	nonsyn	ACT	CTA	3	1	0.333333	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	T1001Y	nonsyn	ACT	TAC	2	1	0.5	3266-3268
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	T1001Y	nonsyn	ACt	TAt	2	1	0.5	3266-3268

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1151925	1151935	All	0.220319
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCT	aTC	9	1151935	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCT	aTA	1	1151935	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1114279	1114288	B.1.1.7	0.997528
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCT	aTC	9	1114288	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7903	7903	Q.1	0.998358
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6877	6877	Q.3	0.997389
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6029	6029	Q.8	0.994228
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2837	2837	B.1.1	0.051466
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2196	2196	Q.4	0.998636
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1829	1829	B.1.36.29	0.946198
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1648	1648	B.1	0.015095
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1624	1624	Q.2	0.996319
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1004	1014	All	0.000192
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	10	1014	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	897	897	Q.7	0.996667
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	650	650	AY.4	0.001012
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	603	603	AY.44	0.00367
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	467	467	AY.25	0.002809
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	263	263	B.1.525	0.029761
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	241	241	B.1.617.2	0.000907
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	210	210	B.1.177.73	0.118913
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	205	205	B.1.177	0.002699
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	188	188	AY.43	0.000833
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	162	162	B.1.232	0.08705
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	151	151	Q.6	1
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	139	139	B.1.139	0.101906
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	126	126	C.37	0.014624
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	125	125	B.1.375	0.102459
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	123	123	AY.44	0.000749
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	118	118	B.1.2	0.001039
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	113	113	All	0.000022
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	104	104	AB.1	0.852459
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	98	98	AY.119	0.00346
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	97	97	AY.3	0.000965
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	95	95	B.1.1.284	0.010203
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	79	79	B.1.221	0.005612
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	79	79	P.1	0.001245
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	63	63	AY.4	0.000098
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	60	61	B.1.617.2	0.000226
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	1	61	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	59	59	Q.5	1
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	53	53	B.1.526	0.001246
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	52	52	B	0.006646
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	51	51	AY.39	0.00126
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	50	50	B.1.1.519	0.001986
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	46	46	B.1.258.17	0.004783
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	44	45	All	0.000008
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCT	aAC	1	45	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	40	40	B.1.177.7	0.006594
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	39	39	AY.20	0.001516
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	39	39	B.1.576	0.035358
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	38	38	AY.103	0.000236
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	37	37	AY.26	0.001047
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	35	35	B.1.1.507	0.304348
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	33	33	B.1.160	0.001029
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	32	32	AY.39	0.000791
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	32	32	B.1.36	0.004669
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	32	32	R.1	0.00288
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	31	31	B.1.429	0.000729
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	29	29	B.1.1.409	0.082153
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	28	28	B.1.351	0.000832
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	27	27	AY.11	0.036145
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	27	27	B.1.596	0.002353
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	26	26	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	26	26	AY.98	0.002054
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	26	26	B.1.1.205	0.096654
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	26	26	B.1.36.17	0.012846
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	26	26	B.1.438.1	0.002789
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	25	25	B.1.367	0.01981
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	23	23	AY.5	0.000475
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	22	22	AY.102	0.000583
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	22	22	AY.33	0.001469
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	20	20	AY.75	0.00112
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	20	20	AY.9.2	0.000735
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	20	20	B.1.361	0.025773
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	19	19	AY.29	0.0003
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	19	19	AY.42	0.000764
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	19	19	B.1.1	0.000345
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	19	19	B.1.1.305	0.073359
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	19	19	B.1.1.312	0.036329
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	19	19	B.1.617.1	0.00245
ORF1ab/nsp3	183	T183V	ACt	GTt	18	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	18	18	B.1.111	0.021152
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	17	17	AY.47	0.000529
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	17	17	B.1.1.220	0.031599
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	17	17	B.1.1.528	0.081731
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	17	17	P.1.1	0.0054
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	16	16	AY.100	0.000736
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	16	16	AY.117	0.001352
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	16	16	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	15	15	AY.30	0.005936
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	15	15	AY.34	0.001454
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.222	0.00306
ORF1ab/nsp3	183	T183V	ACt	GTt	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	15	15	P.1.15	0.003485
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	15	15	P.2	0.0028
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	9	14	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	acT	ac-	3	14	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	AcT	Nc-	1	14	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	Act	-ct	1	14	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	14	14	AY.4.2.1	0.002086
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	14	14	AY.54	0.001335
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	14	14	B.1.160	0.000437
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	13	13	AY.74	0.001503
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	13	13	AY.9.1	0.001088
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	13	13	B.1.427	0.000656
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	5	12	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCT	aGC	3	12	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183S	Act	Tct	3	12	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183S	AcT	TcC	1	12	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	12	12	B.1.157	0.035821
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	12	12	B.1.637	0.000877
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	12	12	P.1.16	0.004489
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11		0.611111
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11	AY.23	0.000767
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11	AY.9	0.000744
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11	B.1.1.161	0.038869
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11	B.1.260	0.036789
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	11	11	B.1.462	0.07971
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	10	10	AY.4.2	0.000217
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	10	10	AY.46.6	0.000722
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	10	10	P.1.17	0.001618
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	AY.53	0.002588
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.10	0.010033
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.28	0.002801
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.45	0.126761
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.63	0.003472
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	9	9	B.1.561	0.003573
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	A	0.003096
ORF1ab/nsp3	183	T183P	Act	Cct	7	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183P	AcT	CcA	1	8	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	AY.46.4	0.001316
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	8	8	B.1.1.297	0.017897
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.177.35	0.005529
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.411	0.02963
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.564	0.003407
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.588	0.007279
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.595	0.002088
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.609	0.003835
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	8	8	B.1.621	0.000708
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	AY.107	0.003262
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	AY.111	0.001282
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	AY.113	0.000997
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	AY.45	0.000852
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	7	7	B.1.351	0.000208
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	B.1.369	0.001997
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	B.1.623	0.003755
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	C.36.3	0.003971
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	7	7	P.1.12	0.003388
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	AM.4	0.021429
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	AY.120	0.000223
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	AY.84	0.002625
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.214	0.000333
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.39	0.003058
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.70	0.002046
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.214	0.021978
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.234	0.000792
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.247	0.089552
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.36.10	0.028708
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.497	0.001889
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	B.1.533	0.057692
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	6	6	C.16	0.006363
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	6	6	P.1	0.000095
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	AY.2	0.001781
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	AY.72	0.006803
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.187	0.044248
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.311	0.001791
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.31	0.057471
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.42	0.004472
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.240	0.001078
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.258	0.000333
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.456	0.01634
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	5	5	B.1.628	0.001762
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.110	0.000451
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.13	0.000644
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	4	4	AY.4.4	0.001637
ORF1ab/nsp3	183	T183P	Act	Cct	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.54	0.000381
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.68	0.001095
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	AY.92	0.001149
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.37	0.000771
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.4	0.000844
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.243	0.000278
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.465	0.015209
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	4	4	B.1.633	0.166667
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	A.2.5	0.001497
ORF1ab/nsp3	183	T183L	ACt	CTt	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183L	ACT	CTA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	3	3	AY.113	0.000427
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.116	0.00086
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	3	3	AY.46.4	0.000494
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.52	0.002443
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	2	3	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCT	aAC	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCT	aGC	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.196	0.017143
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.277	0.002276
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.50	0.002037
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.524	0.0625
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.71	0.018182
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.160.14	0.006356
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.162	0.015075
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.12	0.000455
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	acT	ac-	2	3	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	Act	-ct	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.206	0.002447
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.258.14	0.002941
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.404	0.003906
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.460	0.053571
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.517	0.001281
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.538	0.024194
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.580	0.012195
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.599	0.010949
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.627	0.006061
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	B.1.9.5	0.017045
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	3	3	P.1.14	0.000143
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	ACt	TAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	ACT	TAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.105	0.001286
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.46.3	0.001867
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	AY.71	0.00095
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	ACT	TAC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183Y	ACt	TAt	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183S	AcT	TcC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183S	Act	Tct	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.320	0.036364
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.370	0.025316
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.440	0.023529
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.487	0.011173
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.525	0.010929
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.46	0.001837
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.56	0.001335
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.69	0.002967
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	2	2	B.1.247	0.029851
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.298	0.004228
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.1	0.002281
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.16	0.002849
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.20	0.033898
ORF1ab/nsp3	183	T183V	ACt	GTt	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.380	0.013245
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.409	0.001563
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.433	0.00639
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	2	2	B.1.468	0.011429
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.524	0.002813
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.537	0.04
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.565	0.001621
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.567	0.006667
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.577	0.001375
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	B.1.625	0.004706
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183L	ACT	CTA	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183P	AcT	CcA	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCT	aTA	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183P	Act	Cct	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183L	ACt	CTt	1	2	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	P.1.10.1	0.01626
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.19	0.009434
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	A.7	0.055556
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AU.1	0.001266
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AV.1	0.005051
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	acT	ac-	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.21	0.001898
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	AcT	Nc-	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	183	T183S	Act	Tct	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	183	T183P	Act	Cct	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.63	0.000387
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	183	T183V	ACt	GTt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.145	0.037037
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.158	0.012195
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.171	0.003676
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.186	0.003436
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.236	0.006897
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.254	0.011236
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.1.300	0.010753
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.34	0.013158
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.365	0.005587
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.389	0.006061
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.402	0.011111
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.424	0.045455
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.462	0.008621
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183L	ACt	CTt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.90	0.1
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.149	0.003425
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.10	0.008065
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.170	0.00431
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.25	0.014925
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.43	0.001477
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.67	0.007634
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.85	0.005435
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.237	0.004975
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.252	0.006623
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.254	0.025
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.5	0.008772
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.291	0.019231
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.19	0.009259
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.2	0.010753
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.401	0.008197
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	183	T183P	Act	Cct	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.429.1	0.012048
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.432	0.011236
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.438	0.006536
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.445	0.011765
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.466	0.023256
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.469	0.00361
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.550	0.013699
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCT	aGC	1	1	B.1.567	0.003333
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.574	0.002151
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.589	0.007576
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.593	0.01087
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.606	0.006024
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.610	0.003546
ORF1ab/nsp3	183	T183S	Act	Tct	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	183	T183del1	aCt	a-t	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.634	0.003425
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.83	0.015385
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.1.94	0.027027
ORF1ab/nsp3	183	T183T	acT	acA	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.35	0.007812
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.4.1	0.018868
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	C.17	0.055556
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	C.23	0.005814
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	C.39	0.018868
ORF1ab/nsp3	183	T183N	aCt	aAt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	183	T183A	Act	Gct	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp3	183	T183S	aCt	aGt	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	183	T183del	ACT	---	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	183	T183I	aCt	aTt	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.