CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1776

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31776Y1776YY2594YsyntaCtaT334703347018045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776delY2594deldelTAC---11811818045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776HY2594HnonsynTacCac434318045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776FY2594FnonsyntActTc3318045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776XY2594XnonsyntaCtaG320.6666678045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776CY2594CnonsyntActGc320.6666678045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776CY2594CnonsyntACtGT310.3333338045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776XY2594XnonsyntaCtaA310.3333338045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776del1Y2594del1deltaCta-2218045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776del2Y2594del2deltACt--1118045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776NY2594NnonsynTacAac1118045-8047
ORF1ab/nsp31776Y1776DY2594DnonsynTacGac1118045-8047

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3347033470All0.006402
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1472814728B.1.2580.980102
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT95779577B.1.258.170.995737
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT25162516B.1.258.110.997226
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT10201020B.1.258.141
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT611611B.1.258.161
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT597597B.1.258.31
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT523523B.1.258.71
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT482482B.1.1.70.000431
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT375375B.1.258.221
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT290290B.1.258.41
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT258258B.10.002363
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT243243B.1.4270.012271
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT222222B.1.258.21
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT200200B.1.258.91
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT141141B.1.258.191
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT127127B.1.258.121
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT127127B.1.258.210.984496
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---118118All0.000023
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT114114B.1.258.51
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT9696B.1.617.20.000361
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT9393B.1.258.241
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT8888B.1.258.101
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT6767B.1.10.001215
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT6363B.1.258.201
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT5353B.1.258.151
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT5252P.10.000819
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT5151B.1.258.61
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT5050B.1.1770.000658
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac4343All0.000008
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT4242B.1.258.231
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3737AY.1030.00023
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3636AY.40.000056
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3232AY.200.001244
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3131AY.250.000186
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT3030R.10.0027
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac2828AY.40.000044
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT2828B.1.1600.000873
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT2727B.1.6090.012943
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT2424AY.440.000146
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT2323G.10.958333
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT2222AY.260.000623
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1919AY.1000.000874
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1919B.1.2210.00135
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1616AY.39.10.000634
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1515AY.1060.005023
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1515B.1.3670.011886
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1414B.1.5750.004248
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1010B.1.258.181
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT1010B.1.6000.05848
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT99AY.20.003205
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT99AY.30.00009
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT88A0.003096
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---77B.10.000064
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT77B.4.10.132075
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT77C.10.016746
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT55B.1.360.00073
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT55B.1.3750.004098
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT55B.1.4110.018519
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT55C.370.00058
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---44AY.250.000024
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT44AY.46.20.002541
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT44C.360.003643
ORF1ab/nsp31776Y1776FtActTc33All0.000001
ORF1ab/nsp31776Y1776XtaCtaG23All0
ORF1ab/nsp31776Y1776CtActGc23All0
ORF1ab/nsp31776Y1776CtACtGT13All0
ORF1ab/nsp31776Y1776XtaCtaA13All0
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33AY.420.000121
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B0.000383
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.1.3010.003538
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.177.60.00293
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.177.730.001699
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.177.880.037037
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33B.1.2220.005076
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33P.1.10.000953
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT33P.1.120.001452
ORF1ab/nsp31776Y1776del1taCta-22All0
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.230.000139
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.290.000032
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.330.000134
ORF1ab/nsp31776Y1776del1taCta-22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.460.000208
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.470.000062
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.540.000191
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.650.001066
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22AY.880.001768
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.1.1530.002191
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---22B.1.1.3150.016949
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.1.4240.090909
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.1.4340.000697
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---22B.1.1.460.008734
ORF1ab/nsp31776Y1776FtActTc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.4320.022472
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT22C.110.021277
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT110.055556
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AA.10.007246
ORF1ab/nsp31776Y1776NTacAac11All0
ORF1ab/nsp31776Y1776DTacGac11All0
ORF1ab/nsp31776Y1776del2tACt--11All0
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31776Y1776FtActTc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.520.000814
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.620.000436
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.760.004831
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.790.001211
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp31776Y1776XtaCtaG11AY.970.001701
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31776Y1776CtActGc11B.10.000009
ORF1ab/nsp31776Y1776XtaCtaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11B.10.000009
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11B.1.1.1190.034483
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.1230.017857
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.2860.002899
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.510.001718
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp31776Y1776del2tACt--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.177.450.000381
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.177.50.001242
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp31776Y1776CtActGc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31776Y1776DTacGac11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.221.30.000833
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.2470.014925
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.258.110.000396
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.2930.0125
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.3010.005917
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.3910.001127
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.4060.006061
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp31776Y1776HTacCac11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31776Y1776XtaCtaG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31776Y1776CtACtGT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11B.1.6380.052632
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11C.140.004329
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11C.230.005814
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11C.350.000774
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11C.370.000116
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11D.20.000075
ORF1ab/nsp31776Y1776NTacAac11D.20.000075
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11P.10.000016
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11P.20.000187
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11P.30.001595
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp31776Y1776YtaCtaT11Q.80.000165
ORF1ab/nsp31776Y1776delTAC---11U.30.003861