CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 172

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	Q990L	nonsyn	cAa	cTa	549	549	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	Q990R	nonsyn	cAa	cGa	160	160	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	Q990Q	syn	caA	caG	120	120	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	Q990del	del	CAA	---	97	97	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Q990K	nonsyn	Caa	Aaa	33	33	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	Q990H	nonsyn	caA	caC	32	24	0.75	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	Q990H	nonsyn	caA	caT	32	8	0.25	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	Q990P	nonsyn	cAa	cCa	17	17	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Q990X	nonsyn	Caa	Taa	12	12	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172A	Q990A	nonsyn	CAa	GCa	2	2	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172N	Q990N	nonsyn	CaA	AaC	1	1	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172E	Q990E	nonsyn	Caa	Gaa	1	1	1	3233-3235
ORF1ab/nsp3	172	Q172del1	Q990del1	del	cAa	c-a	1	1	1	3233-3235

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	549	549	All	0.000105
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	232	232	B.1.1.7	0.000208
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	160	160	All	0.000031
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	120	120	All	0.000023
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	119	119	B.1.2	0.001048
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	97	97	All	0.000019
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	77	77	AY.3	0.000766
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	38	38	B.1.1	0.000689
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	33	33	All	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	24	32	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caT	8	32	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	20	20	A.18	1
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	19	19	AY.39.1	0.000753
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	18	18	B.1.177	0.000237
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	14	14	P.1.16	0.005238
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	13	13	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	13	13	AY.44	0.000079
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	12	12	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	10	10	AY.119	0.000353
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	8	8	AY.9.2	0.000294
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	7	7	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	6	6	B.1.1.526	0.021277
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	6	6	P.2	0.00112
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	5	5	AY.100	0.00023
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	5	5	AY.98.1	0.000242
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	4	4	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	4	4	AY.95	0.003044
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caT	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	4	4	Q.7	0.004444
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	3	3	A.21	0.00831
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caT	2	3	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	1	3	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	172	Q172A	CAa	GCa	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	AY.71	0.00095
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	2	2	B.1.362.1	0.133333
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	2	2	Q.1	0.000253
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp3	172	Q172del1	cAa	c-a	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	172	Q172N	CaA	AaC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	172	Q172E	Caa	Gaa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	172	Q172E	Caa	Gaa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp3	172	Q172P	cAa	cCa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	172	Q172K	Caa	Aaa	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	172	Q172H	caA	caC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	172	Q172A	CAa	GCa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	172	Q172X	Caa	Taa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172Q	caA	caG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	172	Q172del1	cAa	c-a	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp3	172	Q172L	cAa	cTa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	B.1.1.270	0.010309
ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp3	172	Q172R	cAa	cGa	1	1	B.1.1.305	0.003861
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ORF1ab/nsp3	172	Q172del	CAA	---	1	1	U.2	0.008772

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.