CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1717

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	S2535L	nonsyn	tCa	tTa	7846	7842	0.99949	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	S2535L	nonsyn	tCA	tTG	7846	2	0.000254907	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	S2535L	nonsyn	TCa	CTa	7846	2	0.000254907	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	S2535S	syn	tcA	tcG	1103	1019	0.923844	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	S2535S	syn	tcA	tcT	1103	68	0.06165	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	S2535S	syn	tcA	tcC	1103	16	0.0145059	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717del	S2535del	del	TCA	---	88	88	1	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717P	S2535P	nonsyn	Tca	Cca	28	27	0.964286	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717P	S2535P	nonsyn	TcA	CcG	28	1	0.0357143	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	S2535A	nonsyn	Tca	Gca	19	17	0.894737	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	S2535T	nonsyn	Tca	Aca	19	17	0.894737	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	S2535T	nonsyn	TcA	AcG	19	1	0.0526316	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	S2535A	nonsyn	TcA	GcG	19	1	0.0526316	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	S2535A	nonsyn	TcA	GcT	19	1	0.0526316	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	S2535T	nonsyn	TcA	AcT	19	1	0.0526316	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717X	S2535X	nonsyn	tCa	tAa	11	10	0.909091	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717X	S2535X	nonsyn	tCa	tGa	11	1	0.0909091	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717C	S2535C	nonsyn	tCA	tGT	8	5	0.625	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717C	S2535C	nonsyn	tCA	tGC	8	3	0.375	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717del1	S2535del1	del	tCa	t-a	2	2	1	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717I	S2535I	nonsyn	TCa	ATa	1	1	1	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717K	S2535K	nonsyn	TCa	AAa	1	1	1	7868-7870
ORF1ab/nsp3	1717	S1717E	S2535E	nonsyn	TCa	GAa	1	1	1	7868-7870

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7842	7846	All	0.0015
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	TCa	CTa	2	7846	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCA	tTG	2	7846	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	1019	1103	All	0.000195
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	68	1103	All	0.000013
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	16	1103	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	1037	1037	AY.4	0.001614
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	959	959	B.1.1.7	0.000859
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	596	596	B.1.1	0.010812
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	476	476	B.1.627	0.961616
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	377	414	B.1.1.7	0.000337
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	35	414	B.1.1.7	0.000031
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	2	414	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	383	383	B.1.617.2	0.001442
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	322	322	B.1	0.002949
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	310	310	B.1.1.434	0.108052
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	310	310	B.1.2	0.00273
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	180	180	B.1.398	0.535714
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	171	171	AY.103	0.001062
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	169	169	B.1.427	0.008534
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	165	165	B.1.301	0.976331
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	161	161	AY.43	0.000713
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	157	157	AY.103	0.000975
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	156	156	AY.41	0.045855
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	147	147	AY.39	0.003633
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	133	133	AY.25	0.0008
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	121	121	AY.3	0.001204
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	116	116	AY.44	0.000706
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	116	116	B.1.349	0.082916
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	93	93	P.1	0.001465
ORF1ab/nsp3	1717	S1717del	TCA	---	88	88	All	0.000017
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	87	87	AY.6	0.003578
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	82	82	AY.14	0.007217
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	76	76	AY.98.1	0.003681
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	60	60	AY.73	0.03992
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	58	58	B.1.177	0.000764
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	49	54	AY.4	0.000076
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	4	54	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	1	54	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	48	48	B.1.36.18	0.020168
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	47	47	AY.118	0.002944
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	46	46	B.1.2	0.000405
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	44	45	AY.44	0.000268
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	1	45	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	43	43	AY.102	0.00114
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	43	43	AY.5	0.000888
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	43	43	AY.99.2	0.003963
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	43	43	B.1.637	0.003142
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	41	41	B.1.1.214	0.002274
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	41	41	B.1.526	0.000964
ORF1ab/nsp3	1717	S1717del	TCA	---	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	38	38	B.1.177.60	0.008301
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	37	37	B.1.429	0.000871
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	36	36	B.1.1.519	0.00143
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	35	35	AY.100	0.00161
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	35	35	AY.39.1	0.001386
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	33	33	B.1.1.33	0.013889
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	31	31	B.1.351	0.000922
ORF1ab/nsp3	1717	S1717P	Tca	Cca	27	28	All	0.000005
ORF1ab/nsp3	1717	S1717P	TcA	CcG	1	28	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	27	27	B.1.575	0.008192
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	19	23	B.1	0.000174
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	2	23	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	2	23	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	22	22	AY.20	0.000855
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	20	20	AY.29	0.000315
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	20	20	AY.69	0.003733
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	Tca	Gca	17	19	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	Tca	Aca	17	19	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	TcA	AcG	1	19	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	TcA	GcT	1	19	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	TcA	AcT	1	19	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	TcA	GcG	1	19	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	19	19	AY.34	0.001842
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	19	19	AY.46.6	0.001372
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	17	17	B.1.243	0.001183
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	16	16	B.1.160	0.000499
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	16	16	B.1.311	0.004393
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	16	16	B.1.369	0.004564
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	15	15	AY.120	0.000558
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	13	15	AY.43	0.000058
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	1	15	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	1	15	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	14	14	AY.111	0.002564
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	14	14	B.1.1.280	0.04321
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	9	13	AY.20	0.00035
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcC	3	13	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	1	13	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	13	13	AY.23	0.000907
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	13	13	AY.26	0.000368
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	13	13	B.1.1.176	0.005712
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	12	12	AY.4.5	0.00129
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	12	12	B.1.596	0.001046
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	12	12	B.26	0.176471
ORF1ab/nsp3	1717	S1717X	tCa	tAa	10	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	1717	S1717X	tCa	tGa	1	11	All	0
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	11	11	AY.47	0.000342
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	11	11	B.1.221	0.000781
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	AY.120.2.1	0.004983
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	AY.24	0.00431
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	AY.71	0.004751
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	AY.75	0.00056
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	B.1.621	0.000885
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	10	10	P.1.15	0.002323
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	9	9	AY.114	0.00208
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	9	9	AY.42	0.000362
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.284	0.000967
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	9	9	B.1.595	0.002349
ORF1ab/nsp3	1717	S1717C	tCA	tGT	5	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1717	S1717C	tCA	tGC	3	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	8	8	AY.4.2	0.000174
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	8	8	B.1.1.50	0.005431
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	8	8	B.1.637	0.000585
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	8	8	P.1.14	0.000382
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	3	7		0.166667
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	TCa	CTa	2	7		0.111111
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCA	tTG	2	7		0.111111
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	AY.108	0.007718
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	AY.109	0.005178
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B	0.000895
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B.1.1.232	0.012704
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	Tca	Gca	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	7	7	B.1.1.70	0.002387
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B.1.160.17	0.011905
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B.1.177.85	0.038043
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B.1.438.1	0.000751
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	B.1.489	0.304348
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	7	7	P.1.16	0.002619
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	6	6	AY.100	0.000276
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	AY.95	0.004566
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	B.1.177.81	0.001136
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	C.37	0.000696
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	6	6	N.4	0.025532
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	5	5	AY.113	0.000712
ORF1ab/nsp3	1717	S1717del	TCA	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	5	5	AY.54	0.000477
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ORF1ab/nsp3	1717	S1717del	TCA	---	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1717	S1717T	Tca	Aca	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcT	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	Tca	Gca	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp3	1717	S1717P	Tca	Cca	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp3	1717	S1717L	tCa	tTa	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp3	1717	S1717S	tcA	tcG	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	1717	S1717A	Tca	Gca	1	1	P.2	0.000187

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.