CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1635

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31635V1635VV2453VsyngtTgtC141514060.993647622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635VV2453VsyngtTgtA141570.0049477622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635VV2453VsyngtTgtG141520.001413437622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635GV2453GnonsyngTtgGt3173160.9968457622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635GV2453GnonsyngTTgGA31710.003154577622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635IV2453InonsynGttAtt1581570.9936717622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635IV2453InonsynGtTAtA15810.006329117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635delV2453deldelGTT---11111117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635FV2453FnonsynGttTtt525217622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635AV2453AnonsyngTtgCt32290.906257622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635AV2453AnonsyngTTgCC3230.093757622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635DV2453DnonsyngTtgAt6617622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635del2V2453del2delgTTg--6617622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635del1V2453del1delgtTgt-520.47622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635del1V2453del1delGtt-tt520.47622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635del1V2453del1delgTTg-N510.27622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635LV2453LnonsynGttCtt2217622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635TV2453TnonsynGTtACt1117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635SV2453SnonsynGTtAGt1117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635RV2453RnonsynGTTAGA1117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635CV2453CnonsynGTtTGt1117622-7624
ORF1ab/nsp31635V1635EV2453EnonsyngTTgAA1117622-7624

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC14061415All0.000269
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtA71415All0.000001
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtG21415All0
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11361136B.1.351.30.995618
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt316317All0.00006
ORF1ab/nsp31635V1635GgTTgGA1317All0
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt157158All0.00003
ORF1ab/nsp31635V1635IGtTAtA1158All0
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---111111All0.000021
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC8787AY.40.000135
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt7676B.10.000696
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt5757AY.1190.002013
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC5757B.1.351.20.017247
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt5252All0.00001
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---5151B.1.1.70.000046
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt2932All0.000006
ORF1ab/nsp31635V1635AgTTgCC332All0.000001
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC3030B.1.3510.000892
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt2828AY.250.000168
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt2525B.1.10.000454
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt2121AY.430.000093
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt2020B0.002556
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC1920B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtG120B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC1818B.10.000165
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt1515C.360.013661
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt1212AY.250.000072
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---1010B.1.1770.000132
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt99AY.440.000055
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt88AY.230.000558
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC88B.1.1.4320.010127
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp31635V1635DgTtgAt66All0.000001
ORF1ab/nsp31635V1635del2gTTg--66All0.000001
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC66AY.1000.000276
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt66AY.250.000036
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---66AY.40.000009
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt66B.1.1700.025862
ORF1ab/nsp31635V1635del1Gtt-tt25All0
ORF1ab/nsp31635V1635del1gtTgt-25All0
ORF1ab/nsp31635V1635del1gTTg-N15All0
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt55AY.390.000124
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt55AY.440.00003
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt55AY.690.000933
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt55B.1.466.20.001956
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt55B.550.014749
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt44AY.40.000006
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt44AY.460.000416
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---44B.10.000037
ORF1ab/nsp31635V1635AgTTgCC34B.10.000027
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt14B.10.000009
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt44B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC34D.20.000225
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtA14D.20.000075
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt230.111111
ORF1ab/nsp31635V1635GgTTgGA130.055556
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---33AY.250.000018
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtA33B.1.2350.007557
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt33B.1.36.100.014354
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt33B.1.619.10.001924
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt33P.1.40.00293
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt220.111111
ORF1ab/nsp31635V1635IGtTAtA120.055556
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt120.055556
ORF1ab/nsp31635V1635LGttCtt22All0
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22AU.20.004843
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22AY.240.000862
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtA12AY.30.00001
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC12AY.30.00001
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22AY.470.000062
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22AY.840.000875
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp31635V1635del1Gtt-tt12B.10.000009
ORF1ab/nsp31635V1635del1gtTgt-12B.10.000009
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp31635V1635DgTtgAt22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---22B.1.177.540.001213
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---22B.1.177.570.000562
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.1950.01005
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp31635V1635LGttCtt22B.1.3980.005952
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.4620.014493
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22B.1.5160.003914
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt22C.36.10.008299
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtG12P.10.000016
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC12P.10.000016
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC22R.10.00018
ORF1ab/nsp31635V1635RGTTAGA110.055556
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtA110.055556
ORF1ab/nsp31635V1635SGTtAGt110.055556
ORF1ab/nsp31635V1635CGTtTGt110.055556
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11AD.20.000219
ORF1ab/nsp31635V1635EgTTgAA11All0
ORF1ab/nsp31635V1635RGTTAGA11All0
ORF1ab/nsp31635V1635TGTtACt11All0
ORF1ab/nsp31635V1635SGTtAGt11All0
ORF1ab/nsp31635V1635CGTtTGt11All0
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp31635V1635del2gTTg--11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31635V1635DgTtgAt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.240.000431
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31635V1635del2gTTg--11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31635V1635del2gTTg--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.660.00107
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11AY.810.001992
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31635V1635IGttAtt11AY.910.00073
ORF1ab/nsp31635V1635del1gTTg-N11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31635V1635DgTtgAt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31635V1635AgTtgCt11B0.000128
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31635V1635FGttTtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11B.1.1.1010.01
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11B.1.1.1320.014925
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11B.1.1.1840.058824
ORF1ab/nsp31635V1635GgTtgGt11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31635V1635del2gTTg--11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp31635V1635VgtTgtC11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp31635V1635delGTT---11B.1.1.370.000193
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