CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | S2396G | nonsyn | Agt | Ggt | 610 | 609 | 0.998361 | 7451-7453 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 609 | 610 | All | 0.000116 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 99 | 99 | B.1.1.7 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 97 | 97 | AY.44 | 0.00059 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 51 | 51 | AY.4 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 26 | 26 | P.1 | 0.00041 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 23 | 23 | B.1.620 | 0.02176 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 22 | 22 | B.1.2 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 21 | 21 | B.1.617.2 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 17 | 18 | B.1.177 | 0.000224 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 18 | 18 | B.1.351 | 0.000535 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 16 | 16 | AY.9.2 | 0.000588 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 13 | 13 | B.1 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 11 | 11 | AY.25 | 0.000066 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 11 | 11 | B.1.160 | 0.000343 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 8 | 8 | AY.33 | 0.000534 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 8 | 8 | B.1.351.2 | 0.002421 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 7 | 7 | AY.102 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 7 | 7 | B.1.1 | 0.000127 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 7 | 7 | P.1.12 | 0.003388 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 6 | 6 | AY.35 | 0.001398 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 6 | 6 | B.1.628 | 0.002114 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.1.28 | 0.001556 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.177.21 | 0.000382 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 5 | 5 | B.1.258 | 0.000333 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 5 | 5 | P.1.16 | 0.001871 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 4 | 4 | AY.47 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 4 | 4 | B.1.160.16 | 0.003717 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 4 | 4 | P.1.10 | 0.001078 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.107 | 0.001398 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.111 | 0.000549 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.284 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 3 | 3 | B.1.36.35 | 0.007812 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.63 | 0.000772 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.1.70 | 0.000682 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.177.67 | 0.015267 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 2 | 2 | B.1.561 | 0.000794 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.89 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.269 | 0.001353 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.288 | 0.001916 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.368 | 0.003086 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.1.89 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.46 | 0.000918 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.177.47 | 0.012987 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.356 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.544 | 0.006024 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | B.12 | 0.00641 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
ORF1ab/nsp3 | 1578 | S1578G | Agt | Ggt | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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