CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1505

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31505L1505LL2323LsynttAttG2221550.6981987232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505LL2323LsynTtaCta222660.2972977232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505LL2323LsynTtACtT22210.00450457232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505SL2323SnonsyntTatCa1781730.971917232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505SL2323SnonsyntTAtCT17830.01685397232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505SL2323SnonsyntTAtCG17810.005617987232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505SL2323SnonsyntTAtCC17810.005617987232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505delL2323deldelTTA---898917232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505FL2323FnonsynttAttT36330.9166677232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505FL2323FnonsynttAttC3630.08333337232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505VL2323VnonsynTtaGta18150.8333337232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505VL2323VnonsynTtAGtT1820.1111117232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505VL2323VnonsynTtAGtG1810.05555567232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505XL2323XnonsyntTatAa1060.67232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505XL2323XnonsyntTatGa1040.47232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505IL2323InonsynTtaAta8817232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505DL2323DnonsynTTAGAT4417232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505HL2323HnonsynTTACAC3317232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505EL2323EnonsynTTaGAa2217232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505YL2323YnonsyntTAtAT2217232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505del1L2323del1delttAtt-2217232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505CL2323CnonsyntTAtGT1117232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505KL2323KnonsynTTaAAa1117232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505ML2323MnonsynTtAAtG1117232-7234
ORF1ab/nsp31505L1505del2L2323del2deltTAt--1117232-7234

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG155222All0.00003
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta66222All0.000013
ORF1ab/nsp31505L1505LTtACtT1222All0
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa173178All0.000033
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCT3178All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCG1178All0
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCC1178All0
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa159159AY.760.768116
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---8989All0.000017
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG4349B.1.1.70.000038
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta649B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG3637B.10.00033
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta137B.10.000009
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT3336All0.000006
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttC336All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta1518All0.000003
ORF1ab/nsp31505L1505VTtAGtT218All0
ORF1ab/nsp31505L1505VTtAGtG118All0
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta1113AY.440.000067
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG213AY.440.000012
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG912AY.40.000014
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta312AY.40.000005
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa610All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatGa410All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta59AY.1030.000031
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG49AY.1030.000025
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG99AY.1130.001282
ORF1ab/nsp31505L1505ITtaAta88All0.000002
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta57AY.1020.000133
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG27AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---66B.10.000055
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG55AY.200.000194
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT45B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttC15B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---440.222222
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG240.111111
ORF1ab/nsp31505L1505LTtACtT140.055556
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta140.055556
ORF1ab/nsp31505L1505DTTAGAT44All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta24AY.250.000012
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG24AY.250.000012
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta44B.1.5960.000349
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG44P.1.60.007782
ORF1ab/nsp31505L1505HTTACAC33All0.000001
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG33AY.290.000047
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta33AY.5.30.001012
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta33B.1.1.1340.034091
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---33B.1.1.2180.023077
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCC13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---33B.1.4110.011111
ORF1ab/nsp31505L1505ITtaAta33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa23B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCG13B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31505L1505DTTAGAT33P.10.000047
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta23P.10.000032
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG13P.10.000016
ORF1ab/nsp31505L1505del1ttAtt-22All0
ORF1ab/nsp31505L1505ETTaGAa22All0
ORF1ab/nsp31505L1505YtTAtAT22All0
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT22AY.1010.000981
ORF1ab/nsp31505L1505VTtAGtT12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta22AY.120.10.000642
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta22AY.200.000078
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta22AY.240.000862
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG22AY.30.00002
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa22AY.390.000049
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31505L1505ITtaAta22AY.60.000082
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta22AY.740.000231
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCT22AY.850.000854
ORF1ab/nsp31505L1505HTTACAC22B.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatGa22B.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG22B.1.1.2580.006515
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---22B.1.177.620.002384
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT22P.10.000032
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta12P.10.000016
ORF1ab/nsp31505L1505VTtAGtT12P.10.000016
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT110.055556
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp31505L1505del2tTAt--11All0
ORF1ab/nsp31505L1505KTTaAAa11All0
ORF1ab/nsp31505L1505MTtAAtG11All0
ORF1ab/nsp31505L1505CtTAtGT11All0
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31505L1505ETTaGAa11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505DTTAGAT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505YtTAtAT11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.130.000161
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.160.00038
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31505L1505KTTaAAa11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31505L1505StTAtCT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31505L1505del1ttAtt-11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatGa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31505L1505CtTAtGT11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31505L1505ITtaAta11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatGa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.450.000122
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31505L1505MTtAAtG11AY.600.000938
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.660.00107
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.760.004831
ORF1ab/nsp31505L1505VTtAGtG11AY.840.000437
ORF1ab/nsp31505L1505ITtaAta11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11AY.890.004902
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B0.000128
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa11B.10.000009
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttC11B.10.000009
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11B.1.1.3740.002375
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.1.5250.005464
ORF1ab/nsp31505L1505del2tTAt--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11B.1.1.710.006061
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp31505L1505FttAttT11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp31505L1505StTatCa11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.2650.001271
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.3290.000608
ORF1ab/nsp31505L1505delTTA---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp31505L1505LttAttG11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp31505L1505VTtaGta11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp31505L1505XtTatAa11B.1.3710.001122
ORF1ab/nsp31505L1505LTtaCta11B.1.3750.00082
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