CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1449

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	R2267R	syn	agA	agG	1080	1059	0.980556	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	R2267R	syn	Aga	Cga	1080	21	0.0194444	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	R2267G	nonsyn	Aga	Gga	503	503	1	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	R2267I	nonsyn	aGa	aTa	175	175	1	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	R2267del	del	AGA	---	125	125	1	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	R2267K	nonsyn	aGa	aAa	121	121	1	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	R2267S	nonsyn	agA	agC	68	60	0.882353	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	R2267S	nonsyn	agA	agT	68	7	0.102941	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	R2267S	nonsyn	AGa	TCa	68	1	0.0147059	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	R2267T	nonsyn	aGa	aCa	66	66	1	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	R2267del2	del	AGa	--a	22	21	0.954545	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	R2267del2	del	aGA	a--	22	1	0.0454545	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	R2267X	nonsyn	Aga	Tga	11	6	0.545455	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	R2267X	nonsyn	AGa	TAa	11	5	0.454545	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	R2267del1	del	aGa	a-a	7	4	0.571429	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	R2267del1	del	Aga	-ga	7	2	0.285714	7064-7066
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	R2267del1	del	AGA	-NN	7	1	0.142857	7064-7066

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1059	1080	All	0.000203
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	21	1080	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	680	680	AY.29	0.010726
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	503	503	All	0.000096
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	175	175	All	0.000033
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	147	147	B.1.1.273	0.993243
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	126	126	AY.4	0.000196
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	125	125	All	0.000024
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	121	121	All	0.000023
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	60	68	All	0.000011
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	7	68	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	AGa	TCa	1	68	All	0
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	66	66	All	0.000013
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	61	61	B.1.429	0.001435
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	50	50	AY.4	0.000078
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	48	48	B.1.1.7	0.000043
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	41	43	B.1.2	0.000361
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	2	43	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	39	39	B.1.243	0.002714
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	37	38	B.1.1.7	0.000033
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	1	38	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	35	35	B.1.1.7	0.000031
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	35	35	B.1.575	0.010619
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	31	31	B.1.617.2	0.000117
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	25	25	AY.25	0.00015
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	24	24	B.1	0.00022
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	21	22	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	aGA	a--	1	22	All	0
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	20	20	B.1.351	0.000595
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	18	18	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	18	18	B.1	0.000165
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	14	14	AY.99.2	0.00129
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	13	14	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	1	14	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	12	12	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	12	12	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	6	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	AGa	TAa	5	11	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	11	11	B.1.177	0.000145
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	11	11	B.1.36.27	0.008397
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	10	10	B.1.1	0.000181
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	10	10	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	9	9	AY.29.1	0.001985
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	8	8	B.1.398	0.02381
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	aGa	a-a	4	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	Aga	-ga	2	7	All	0
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	AGA	-NN	1	7	All	0
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	5	7	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	2	7	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	6	6	AY.4.5	0.000645
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	6	6	AY.71	0.00285
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	5	5	AY.106	0.001674
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	5	5	AY.3.1	0.000426
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	5	5	B.1.1.50	0.003394
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	5	5	B.1.637	0.000365
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	5	5	Q.3	0.000725
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	AY.32	0.00213
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	4	4	B.1.177.81	0.000757
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	4	4	B.1.177.87	0.002911
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	4	4	P.1.15	0.000929
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	3	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	1	3	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	3	3	B.1.36	0.000438
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	AY.8	0.001212
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.1.258	0.006515
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	AGa	TAa	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	B.1.212	0.033333
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	B.1.329	0.001215
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	AGa	TAa	2	2	B.1.333	0.021053
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	B.1.36.10	0.009569
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	2	2	B.1.497	0.00063
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	2	2	N.5	0.003534
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	1	1	AA.2	0.007692
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	aGa	a-a	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.138	0.006061
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.334	0.016393
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	AGa	TAa	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.146	0.004237
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agT	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	aGA	a--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	Aga	-ga	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.177.40	0.005155
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	AGa	TAa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	aGa	a-a	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	AGA	-NN	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.264	0.012346
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	Aga	Cga	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	aGa	a-a	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	B.1.36.20	0.016949
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	aGa	a-a	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.411	0.003704
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.415	0.014286
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.418	0.015873
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.424	0.008065
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.432	0.011236
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.452	0.013699
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.557	0.05
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449X	Aga	Tga	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	B.34	0.013699
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp3	1449	R1449K	aGa	aAa	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	AGa	TCa	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp3	1449	R1449T	aGa	aCa	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del2	AGa	--a	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	1449	R1449S	agA	agC	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	1449	R1449I	aGa	aTa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	1449	R1449G	Aga	Gga	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del1	Aga	-ga	1	1	R.2	0.014493
ORF1ab/nsp3	1449	R1449R	agA	agG	1	1	R.2	0.014493
ORF1ab/nsp3	1449	R1449del	AGA	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.