CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | M2259I | nonsyn | atG | atT | 71109 | 70849 | 0.996344 | 7040-7042 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 70849 | 71109 | All | 0.013551 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 63062 | 63100 | B.1.1.7 | 0.056455 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1201 | 1201 | Q.8 | 0.198054 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 674 | 674 | B.1.404 | 0.877604 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 564 | 573 | B.1.617.2 | 0.002124 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 479 | 481 | B.1.1 | 0.00869 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 403 | 422 | AY.4 | 0.000627 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 415 | 419 | B.1 | 0.003801 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 414 | 414 | AY.4.1 | 0.30531 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 303 | 306 | AY.43 | 0.001342 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 271 | 272 | B.1.177 | 0.003568 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 158 | 188 | AY.44 | 0.000962 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 185 | 185 | B.1.218 | 0.953608 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 153 | 156 | AY.9 | 0.010342 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 138 | 138 | AY.46.3 | 0.128852 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 119 | 128 | P.1 | 0.001875 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 115 | 116 | AY.26 | 0.003256 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 110 | 110 | B.1.501 | 0.808824 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 93 | 103 | AY.25 | 0.000559 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 96 | 101 | AY.103 | 0.000596 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 93 | 99 | B.1.2 | 0.000819 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 91 | 91 | AY.118 | 0.005701 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 91 | 91 | AY.4.2 | 0.001974 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 88 | 88 | AY.102 | 0.002333 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 11 | 84 | AY.120 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 81 | 82 | AY.39 | 0.002002 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 72 | 72 | AY.5 | 0.001487 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 59 | 59 | B.1.177.73 | 0.033409 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 58 | 58 | Q.1 | 0.007327 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 49 | 49 | AY.6 | 0.002015 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 48 | 48 | B.1.160 | 0.001497 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 37 | 37 | B.1.1.214 | 0.002052 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 34 | 34 | B.1.351 | 0.001011 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 31 | 31 | AY.42 | 0.001247 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 30 | 30 | B.1.1.229 | 0.172414 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 26 | 27 | B.1.617.1 | 0.003353 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 26 | 26 | B.1.1.318 | 0.007846 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 24 | 25 | AY.119 | 0.000847 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 24 | 24 | AY.61 | 0.002515 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 23 | 23 | B.1.1.28 | 0.007158 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 22 | 22 | AY.39.1 | 0.000871 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 21 | 21 | AY.52 | 0.017101 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 21 | 21 | B.1.36 | 0.003064 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 20 | 20 | B.1.22 | 0.02635 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 18 | 19 | B.1.234 | 0.002375 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 16 | 16 | AY.98.1 | 0.000775 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 15 | 15 | AY.16.1 | 0.007049 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 15 | 15 | AY.46 | 0.001561 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 15 | 15 | B.1.596 | 0.001307 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 14 | 14 | B.1.1.507 | 0.121739 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 14 | B.1.177.60 | 0.00284 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 13 | AY.45 | 0.001582 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 13 | AY.98 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 13 | B.1.1.519 | 0.000516 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 13 | B.1.526 | 0.000306 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 13 | 13 | P.1.14 | 0.000621 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 12 | 12 | AY.23 | 0.000837 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.1.319 | 0.210526 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 12 | 12 | P.1.15 | 0.002788 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 10 | 11 | AY.3 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 11 | 11 | B.1.258 | 0.000732 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 10 | AY.47 | 0.000218 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 10 | 10 | AY.75 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 10 | 10 | AY.9.2 | 0.000367 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.289 | 0.026596 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 9 | 10 | B.1.429 | 0.000212 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 8 | AY.100 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 8 | AY.13 | 0.000483 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.1.222 | 0.001632 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.177.7 | 0.001319 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.243 | 0.000557 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.349 | 0.005718 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.375 | 0.006557 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.595 | 0.002088 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | AY.113 | 0.000997 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | AY.29 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | AY.34 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | AY.92 | 0.002011 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | AZ.2 | 0.005747 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.221 | 0.000497 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.637 | 0.000512 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 7 | 7 | C.35 | 0.005418 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | AY.106 | 0.002009 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.1.306 | 0.00263 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.206 | 0.004894 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.427 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.576 | 0.00544 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | N.4 | 0.025532 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 6 | P.2 | 0.000747 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 6 | 6 | R.1 | 0.00054 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | AY.101 | 0.002452 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | AY.107 | 0.00233 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | AY.32 | 0.002662 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.1.220 | 0.009294 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.177.44 | 0.002595 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.36.29 | 0.002587 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.580 | 0.020325 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 5 | 5 | P.1.12 | 0.00242 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.117 | 0.000338 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 4 | AY.121 | 0.000406 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.14 | 0.000352 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.16 | 0.001519 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.4.5 | 0.00043 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.7 | 0.000784 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.75.1 | 0.000721 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | AY.89 | 0.019608 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.315 | 0.033898 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.436 | 0.102564 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.214.2 | 0.002398 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 4 | B.1.36.8 | 0.003 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.465 | 0.015209 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.517 | 0.001708 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.609 | 0.001918 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.621 | 0.000354 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | C.37.1 | 0.010471 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 4 | 4 | N.3 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.1 | 0.001187 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.108 | 0.003308 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.116 | 0.00086 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.22 | 0.006276 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 3 | AY.27 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.77 | 0.003382 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | AY.84 | 0.001312 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.253 | 0.007519 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.312 | 0.005736 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.368 | 0.009259 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.412 | 0.022901 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.528 | 0.014423 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.63 | 0.001157 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.236 | 0.00616 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.380 | 0.019868 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.396 | 0.002117 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.459 | 0.012245 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.466.2 | 0.001174 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.564 | 0.001278 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.575 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.577 | 0.002062 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.599 | 0.010949 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.88.1 | 0.014423 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | C.18 | 0.007772 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | N.5 | 0.0053 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 3 | 3 | P.1.1 | 0.000953 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | A.23.1 | 0.001408 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.114 | 0.000462 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.116.1 | 0.000623 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.30 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.37 | 0.000632 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | AY.90 | 0.001369 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.219 | 0.01 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.284 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.339 | 0.021053 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.348 | 0.001592 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.409 | 0.005666 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.420 | 0.002012 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.464 | 0.002946 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.70 | 0.000682 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.110.3 | 0.001437 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.146 | 0.008475 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.160.26 | 0.004843 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.258.14 | 0.001961 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.3 | 0.005236 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.311 | 0.000549 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.351.5 | 0.001199 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.36.10 | 0.009569 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.36.31 | 0.003503 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.426 | 0.002018 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.623 | 0.001073 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.9.5 | 0.011364 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | B.40 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | C.36 | 0.001821 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | C.36.3 | 0.001134 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 2 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | C.38 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | P.1.16 | 0.000748 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 2 | 2 | Q.3 | 0.00029 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.4.3 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.9.2.1 | 0.001976 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.122 | 0.045455 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.162 | 0.029412 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.273 | 0.006757 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.279 | 0.001121 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.289 | 0.002083 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.325 | 0.025641 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.340 | 0.045455 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.389 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.462 | 0.008621 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.54 | 0.003021 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.83 | 0.00271 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.13 | 0.002375 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.147 | 0.000756 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.53 | 0.002392 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.214.3 | 0.007143 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.247 | 0.014925 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.324 | 0.001605 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.378 | 0.006849 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.397 | 0.004854 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.503 | 0.002488 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.521 | 0.004975 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.527 | 0.003704 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.560 | 0.00463 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.571 | 0.009709 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.603 | 0.010638 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.606 | 0.006024 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.619 | 0.000871 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.627 | 0.00202 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.634 | 0.003425 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.81 | 0.021277 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.29 | 0.003509 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | B.41 | 0.008 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | C.16 | 0.00106 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | C.3 | 0.007634 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | C.36.3.1 | 0.002717 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.4 | 0.000977 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | P.5 | 0.013699 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
ORF1ab/nsp3 | 1441 | M1441I | atG | atT | 1 | 1 | S.1 | 0.00495 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|