CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1441

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31441M1441IM2259InonsynatGatT71109708490.9963447040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441IM2259InonsynatGatA711092450.003445417040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441IM2259InonsynatGatC71109150.0002109447040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441TM2259TnonsynaTgaCg3042940.9671057040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441TM2259TnonsynaTGaCT304100.03289477040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441delM2259deldelATG---20820817040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441LM2259LnonsynAtgTtg1921490.7760427040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441LM2259LnonsynAtgCtg192410.2135427040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441LM2259LnonsynAtGCtT19210.005208337040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441LM2259LnonsynAtGCtA19210.005208337040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441VM2259VnonsynAtgGtg1771730.9774017040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441VM2259VnonsynAtGGtA17730.01694927040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441VM2259VnonsynAtGGtT17710.005649727040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441KM2259KnonsynaTgaAg72700.9722227040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441KM2259KnonsynaTGaAA7220.02777787040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441RM2259RnonsynaTgaGg171717040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del1M2259del1delATG-NN820.257040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del1M2259del1delatGat-820.257040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del1M2259del1delaTga-g820.257040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del1M2259del1delAtg-tg810.1257040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del1M2259del1delATg-Cg810.1257040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del2M2259del2delATg--g320.6666677040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441del2M2259del2delaTGa--310.3333337040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441QM2259QnonsynATgCAg2217040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441FM2259FnonsynAtGTtT1117040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441XM2259XnonsynATgTAg1117040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441EM2259EnonsynATgGAg1117040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441CM2259CnonsynATGTGT1117040-7042
ORF1ab/nsp31441M1441SM2259SnonsynaTGaGC1117040-7042

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT7084971109All0.013551
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA24571109All0.000047
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC1571109All0.000003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT6306263100B.1.1.70.056455
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA3363100B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC563100B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT12011201Q.80.198054
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT674674B.1.4040.877604
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT564573B.1.617.20.002124
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA9573B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT479481B.1.10.00869
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC1481B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA1481B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT403422AY.40.000627
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA19422AY.40.00003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT415419B.10.003801
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC2419B.10.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA2419B.10.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT414414AY.4.10.30531
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT303306AY.430.001342
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA3306AY.430.000013
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg294304All0.000056
ORF1ab/nsp31441M1441TaTGaCT10304All0.000002
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT271272B.1.1770.003568
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA1272B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---208208All0.00004
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg149192All0.000028
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg41192All0.000008
ORF1ab/nsp31441M1441LAtGCtT1192All0
ORF1ab/nsp31441M1441LAtGCtA1192All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT158188AY.440.000962
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA30188AY.440.000183
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT185185B.1.2180.953608
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg173177All0.000033
ORF1ab/nsp31441M1441VAtGGtA3177All0.000001
ORF1ab/nsp31441M1441VAtGGtT1177All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT153156AY.90.010342
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA3156AY.90.000203
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT138138AY.46.30.128852
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT119128P.10.001875
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA9128P.10.000142
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT115116AY.260.003256
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA1116AY.260.000028
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT110110B.1.5010.808824
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT93103AY.250.000559
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA10103AY.250.00006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT96101AY.1030.000596
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA5101AY.1030.000031
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT9399B.1.20.000819
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA699B.1.20.000053
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT9191AY.1180.005701
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT9191AY.4.20.001974
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg8989AY.540.008486
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT8888AY.1020.002333
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA7384AY.1200.002714
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1184AY.1200.000409
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT8182AY.390.002002
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA182AY.390.000025
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---8080B.1.1.70.000072
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg7072All0.000013
ORF1ab/nsp31441M1441KaTGaAA272All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT7272AY.50.001487
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg6464B.1.177.600.01398
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT5959B.1.177.730.033409
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT5858Q.10.007327
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT4949AY.60.002015
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT4848B.1.1600.001497
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT3737B.1.1.2140.002052
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT3434B.1.3510.001011
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg3333B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT3131AY.420.001247
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT3030B.1.1.2290.172414
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2627B.1.617.10.003353
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC127B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2626B.1.1.3180.007846
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg2626B.1.4290.000612
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg2525AY.1030.000155
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2425AY.1190.000847
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA125AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg2425B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg125B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2424AY.610.002515
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg1624B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp31441M1441TaTGaCT824B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg2323AY.40.000036
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2323B.1.1.280.007158
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg2323B.1.1.4160.020814
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2222AY.39.10.000871
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2121AY.520.017101
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2121B.1.360.003064
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT2020B.1.220.02635
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1819B.1.2340.002375
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA119B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg1818B.1.5260.000423
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg1717All0.000003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1616AY.98.10.000775
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1515AY.16.10.007049
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1515AY.460.001561
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1515B.1.5960.001307
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg1515B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg1414AY.1180.000877
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg1414AY.260.000396
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1414B.1.1.5070.121739
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1314B.1.177.600.00284
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA114B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1313AY.450.001582
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1313AY.980.001027
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---1313B.1.1770.000171
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg1313B.1.20.000114
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1313B.1.5260.000306
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1313P.1.140.000621
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1212AY.230.000837
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg1212AY.3.10.001023
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1212B.1.1.3190.210526
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1212P.1.150.002788
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1011AY.30.000099
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA111AY.30.00001
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg1011B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp31441M1441KaTGaAA111B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg1111B.1.2430.000765
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1111B.1.2580.000732
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg1111P.10.000173
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT710AY.470.000218
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA310AY.470.000093
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1010AY.750.00056
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1010AY.9.20.000367
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT1010B.1.2890.026596
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT910B.1.4290.000212
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC110B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA1010U.30.03861
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT99AY.200.00035
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---99B.10.000082
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg99B.10.000082
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg89B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg19B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg99B.1.4090.007031
ORF1ab/nsp31441M1441del1ATG-NN28All0
ORF1ab/nsp31441M1441del1aTga-g28All0
ORF1ab/nsp31441M1441del1atGat-28All0
ORF1ab/nsp31441M1441del1Atg-tg18All0
ORF1ab/nsp31441M1441del1ATg-Cg18All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT78AY.1000.000322
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC18AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA58AY.130.000805
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT38AY.130.000483
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg88AY.440.000049
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg88AY.5.40.002214
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.1.2220.001632
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.177.70.001319
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.2430.000557
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.3490.005718
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.3750.006557
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT88B.1.5950.002088
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77AY.1130.000997
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77AY.290.00011
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77AY.340.000679
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77AY.920.002011
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77AZ.20.005747
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77B.1.6370.000512
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT77C.350.005418
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg66A.280.015873
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66AY.1060.002009
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66B.1.1.3060.00263
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66B.1.2060.004894
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66B.1.4270.000303
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg66B.1.4320.067416
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66B.1.5760.00544
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66N.40.025532
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT46P.20.000747
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA26P.20.000373
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT66R.10.00054
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55AY.1010.002452
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55AY.1070.00233
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg45AY.250.000024
ORF1ab/nsp31441M1441KaTGaAA15AY.250.000006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55AY.320.002662
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg55AY.430.000022
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg45B.10.000037
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg35B.10.000027
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg25B.10.000018
ORF1ab/nsp31441M1441VAtGGtT15B.10.000009
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55B.1.1.2200.009294
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55B.1.177.440.002595
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg55B.1.2210.000355
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55B.1.36.290.002587
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55B.1.5800.020325
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT55P.1.120.00242
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.1170.000338
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT34AY.1210.000406
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA14AY.1210.000135
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.140.000352
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.160.001519
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg44AY.250.000024
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg44AY.470.000124
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.70.000784
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44AY.890.019608
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg44AY.940.001771
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg44B.10.000037
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.1.3150.033898
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.1.4360.102564
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.214.20.002398
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT34B.1.36.80.003
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA14B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.4650.015209
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.5170.001708
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.6090.001918
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44C.37.10.010471
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT44N.30.023256
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA230.111111
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC130.055556
ORF1ab/nsp31441M1441del2ATg--g23All0
ORF1ab/nsp31441M1441del2aTGa--13All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.10.001187
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg33AY.200.000117
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.220.006276
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---33AY.250.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT23AY.270.000129
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC13AY.270.000065
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg33AY.290.000047
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg33AY.390.000074
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg33AY.430.000013
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg33AY.680.000821
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.770.003382
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33AY.840.001312
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg33B.1.1.2040.009119
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.2530.007519
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.3120.005736
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.3680.009259
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.4120.022901
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.5280.014423
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.1.630.001157
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.2360.00616
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.3800.019868
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.3960.002117
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.4590.012245
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA33B.1.5580.013699
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.5640.001278
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.5770.002062
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.5990.010949
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg23B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg13B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33B.1.88.10.014423
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33C.180.007772
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33N.50.0053
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT33P.1.10.000953
ORF1ab/nsp31441M1441VAtGGtA220.111111
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---220.111111
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg22A.2.40.006734
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp31441M1441QATgCAg22All0
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.116.10.000623
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg22AY.290.000032
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.300.000791
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.360.000296
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.370.000632
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22AY.420.00008
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.480.00093
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22AY.50.000041
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.540.000191
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.550.001835
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22AY.900.001369
ORF1ab/nsp31441M1441del1ATG-NN12B.10.000009
ORF1ab/nsp31441M1441del1ATg-Cg12B.10.000009
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.2190.01
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.3390.021053
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.370.000386
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.4090.005666
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.4200.002012
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.4640.002946
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22B.1.1.5180.012658
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp31441M1441del1atGat-12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31441M1441del1aTga-g12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1.700.000682
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.110.30.001437
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.1460.008475
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22B.1.1470.001512
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.160.260.004843
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.177.570.000562
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA22B.1.177.570.000562
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg12B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg12B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.177.870.001456
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.258.140.001961
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.30.005236
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.351.50.001199
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.36.100.009569
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.36.310.003503
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.4260.002018
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg22B.1.5380.016129
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg22B.1.5650.001621
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.6230.001073
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.1.9.50.011364
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22B.400.000729
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22C.360.001821
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA12C.370.000116
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT12C.370.000116
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22C.380.016129
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA12D.20.000075
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC12D.20.000075
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22P.10.000032
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg22P.10.000032
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22P.1.160.000748
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT22Q.30.00029
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---22U.30.007722
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11A0.000387
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11A0.000387
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11A.10.000282
ORF1ab/nsp31441M1441XATgTAg11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11A.280.002646
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11A.50.001923
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AD.20.000219
ORF1ab/nsp31441M1441XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp31441M1441SaTGaGC11All0
ORF1ab/nsp31441M1441FAtGTtT11All0
ORF1ab/nsp31441M1441EATgGAg11All0
ORF1ab/nsp31441M1441CATGTGT11All0
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.100.00053
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.110.001339
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.120.000316
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.240.000431
ORF1ab/nsp31441M1441EATgGAg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31441M1441VAtGGtA11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.300.000396
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31441M1441TaTGaCT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp31441M1441del1atGat-11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31441M1441QATgCAg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp31441M1441QATgCAg11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.530.000288
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11AY.550.000917
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.590.00053
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.640.000595
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.670.000464
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.670.000464
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.70.000196
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.700.000209
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.710.000475
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.730.000665
ORF1ab/nsp31441M1441CATGTGT11AY.790.001211
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.9.2.10.001976
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.910.00073
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11AY.920.000287
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B0.000128
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B0.000128
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.1220.045455
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.1.1410.002012
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.1620.029412
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.1.2210.010101
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp31441M1441LAtGCtT11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.2730.006757
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.2790.001121
ORF1ab/nsp31441M1441TaTGaCT11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.2890.002083
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31441M1441del1ATG-NN11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.1.3220.008772
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.3250.025641
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.3400.045455
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.3890.006061
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp31441M1441del2ATg--g11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.4190.007407
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp31441M1441del1aTga-g11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.4620.008621
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11B.1.1.4660.008696
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.1.510.001718
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.540.003021
ORF1ab/nsp31441M1441SaTGaGC11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1.830.00271
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1110.001175
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.130.002375
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.1470.000756
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA11B.1.160.120.00641
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.530.002392
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.620.001192
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.760.002494
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp31441M1441del2ATg--g11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.2140.003663
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.214.30.007143
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.2410.000812
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.2470.014925
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.351.30.000876
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.1.351.30.000876
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.3780.006849
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.3970.004854
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp31441M1441del2aTGa--11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.4280.00102
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5030.002488
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5210.004975
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5710.009709
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.5730.006098
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp31441M1441del1Atg-tg11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.6020.006536
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.6030.010638
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.6060.006024
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp31441M1441FAtGTtT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.6340.003425
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11B.1.6390.021739
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.810.021277
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.1.940.027027
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.290.003509
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11B.340.013699
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatC11B.40.002208
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11B.410.008
ORF1ab/nsp31441M1441KaTgaAg11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatA11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11B.6.80.008264
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11C.1.20.004255
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11C.160.00106
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11C.30.007634
ORF1ab/nsp31441M1441LAtGCtA11C.350.000774
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11C.360.000911
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11C.36.3.10.002717
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgCtg11D.20.000075
ORF1ab/nsp31441M1441RaTgaGg11P.10.000016
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11P.1.20.001156
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11P.1.40.000977
ORF1ab/nsp31441M1441LAtgTtg11P.20.000187
ORF1ab/nsp31441M1441TaTgaCg11P.20.000187
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11P.50.013699
ORF1ab/nsp31441M1441delATG---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11Q.40.000455
ORF1ab/nsp31441M1441VAtgGtg11Q.80.000165
ORF1ab/nsp31441M1441IatGatT11S.10.00495