CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1417

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31417L1417LL2235LsynCtaTta16634165190.9930866968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417LL2235LsynctActG16634930.005590966968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417LL2235LsynctActT16634100.0006011786968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417LL2235LsynctActC16634100.0006011786968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417LL2235LsynCtATtG1663420.0001202366968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417delL2235deldelCTA---18818816968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417PL2235PnonsyncTacCa1041020.9807696968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417PL2235PnonsyncTAcCG10410.009615386968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417PL2235PnonsyncTAcCT10410.009615386968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417IL2235InonsynCtaAta58560.9655176968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417IL2235InonsynCtAAtC5810.01724146968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417IL2235InonsynCtAAtT5810.01724146968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417VL2235VnonsynCtaGta32310.968756968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417VL2235VnonsynCtAGtG3210.031256968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417RL2235RnonsyncTacGa980.8888896968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417RL2235RnonsyncTAcGC910.1111116968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417QL2235QnonsyncTacAa6616968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417AL2235AnonsynCTAGCC540.86968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417del2L2235del2delcTAc--530.66968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417del2L2235del2delCTa--a520.46968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417AL2235AnonsynCTaGCa510.26968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417SL2235SnonsynCTaTCa3316968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417TL2235TnonsynCTaACa2216968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417del1L2235del1delctAct-2216968-6970
ORF1ab/nsp31417L1417HL2235HnonsyncTAcAT1116968-6970

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1651916634All0.003159
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG9316634All0.000018
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC1016634All0.000002
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT1016634All0.000002
ORF1ab/nsp31417L1417LCtATtG216634All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1198912002B.1.1.70.010733
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG1112002B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp31417L1417LCtATtG212002B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta10921093AY.1030.00678
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG11093AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta399417AY.40.000621
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG16417AY.40.000025
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT2417AY.40.000003
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta252254B.1.617.20.000949
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG2254B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta252252AY.4.2.10.037545
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta230232AY.430.001019
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT1232AY.430.000004
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC1232AY.430.000004
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---188188All0.000036
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta160161B.1.2210.011365
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT1161B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta138154AY.30.001373
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG16154AY.30.000159
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta131131AY.880.115827
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa102104All0.00002
ORF1ab/nsp31417L1417PcTAcCT1104All0
ORF1ab/nsp31417L1417PcTAcCG1104All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta102104B.1.10.00185
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC2104B.1.10.000036
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta101101B.1.3510.003002
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta8989B.1.20.000784
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta8086AY.250.000481
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG686AY.250.000036
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta8585AY.4.20.001844
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta8384B.1.1770.001093
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC184B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta7778P.10.001213
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG178P.10.000016
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---6767B.1.1.70.00006
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta6464B.1.1.3290.246154
ORF1ab/nsp31417L1417ICtaAta5658All0.000011
ORF1ab/nsp31417L1417ICtAAtC158All0
ORF1ab/nsp31417L1417ICtAAtT158All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta5656B.1.1.1980.082232
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta4353AY.440.000262
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG1053AY.440.000061
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta5252AY.116.10.016194
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa4444B.1.10.000798
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta4242AY.750.002353
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta4242B.10.000385
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta4040B.1.36.340.851064
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta3840B.1.4290.000894
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG240B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta3333AY.1190.001165
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta3333B.1.177.70.00544
ORF1ab/nsp31417L1417VCtaGta3132All0.000006
ORF1ab/nsp31417L1417VCtAGtG132All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta3030AY.670.013928
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta3030B.1.4270.001515
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2929B.1.2580.00193
ORF1ab/nsp31417L1417VCtaGta2626B.1.2580.00173
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2525AY.420.001006
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2124AY.1020.000557
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG224AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC124AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG1324AY.200.000505
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1124AY.200.000428
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2323AY.290.000363
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2123AY.390.000519
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG123AY.390.000025
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC123AY.390.000025
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2323B.1.1.2140.001276
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2122AY.50.000434
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT122AY.50.000021
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta2020B.1.5260.00047
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1919B.1.5740.04086
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1818AY.99.20.001659
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1616AY.470.000498
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1515AY.330.001002
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1414B.1.1.1640.072165
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---1414B.1.1770.000184
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1313Q.10.001642
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1212AY.1000.000552
ORF1ab/nsp31417L1417ICtaAta1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---1212B.10.00011
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1111B.1.1.2860.031884
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1111B.1.1600.000343
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1111D.20.000825
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa1111N.40.046809
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1011R.10.0009
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG111R.10.00009
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1010AY.230.000697
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta910AY.540.000858
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG110AY.540.000095
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta1010P.1.140.000478
ORF1ab/nsp31417L1417RcTacGa89All0.000002
ORF1ab/nsp31417L1417RcTAcGC19All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta99B.1.1.5190.000357
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta99B.1.177.830.013333
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta99B.1.5750.002731
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta67AY.1200.000223
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG17AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa77AY.40.000011
ORF1ab/nsp31417L1417ICtaAta77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta77B.1.1.2220.001428
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta77B.1.1.3170.002882
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta77B.1.5880.006369
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta77Q.80.001154
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---660.333333
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66A.23.10.004225
ORF1ab/nsp31417L1417QcTacAa66All0.000001
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66AY.1100.000676
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66AY.140.000528
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66AY.610.000629
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66B.1.177.350.004147
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66B.1.258.170.000624
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66B.1.4990.006303
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta56B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp31417L1417LctActG16B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta66P.1.70.001916
ORF1ab/nsp31417L1417ACTAGCC45All0.000001
ORF1ab/nsp31417L1417del2cTAc--35All0.000001
ORF1ab/nsp31417L1417del2CTa--a25All0
ORF1ab/nsp31417L1417ACTaGCa15All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55AY.260.000142
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa55AY.440.00003
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55AY.60.000206
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55AY.840.002187
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55B.1.1.3220.04386
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55B.1.177.600.001092
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta55B.1.6210.000443
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta44AY.450.000487
ORF1ab/nsp31417L1417ACTAGCC44B.10.000037
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta44B.1.1.3480.003185
ORF1ab/nsp31417L1417ICtaAta44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta34B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC14B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta44C.370.000464
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta44P.1.150.000929
ORF1ab/nsp31417L1417SCTaTCa33All0.000001
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33AY.190.003421
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa33AY.250.000018
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp31417L1417LctActT23AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta13AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp31417L1417ICtaAta33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33AY.480.001395
ORF1ab/nsp31417L1417RcTacGa33B.10.000027
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.1.4090.008499
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.177.30.022901
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.177.420.002683
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.1990.012397
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.2100.006397
ORF1ab/nsp31417L1417delCTA---33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.3460.003932
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.360.000438
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.4060.018182
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.1.6280.001057
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33B.6.60.002667
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta33P.20.00056
ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa120.055556
ORF1ab/nsp31417L1417PcTAcCG120.055556
ORF1ab/nsp31417L1417RcTacGa12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31417L1417RcTAcGC12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31417L1417LctActC12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta12A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta22A.210.00554
ORF1ab/nsp31417L1417TCTaACa22All0
ORF1ab/nsp31417L1417del1ctAct-22All0
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta22AY.100.00106
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta22AY.120.000632
ORF1ab/nsp31417L1417LCtaTta22AY.120.10.000642
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ORF1ab/nsp31417L1417PcTacCa22AY.1210.000271
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