CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | G2207S | nonsyn | Ggt | Agt | 1565 | 1563 | 0.998722 | 6884-6886 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1563 | 1565 | All | 0.000299 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 511 | 511 | AY.4 | 0.000795 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 202 | 203 | B.1.241 | 0.163961 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 131 | 131 | N.5 | 0.231449 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 129 | 129 | B.1.1.7 | 0.000115 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 90 | 90 | B.1.617.2 | 0.000339 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 38 | 38 | AY.25 | 0.000229 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 34 | 34 | B.1 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 27 | 27 | AY.43 | 0.00012 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 24 | 24 | B.1.1 | 0.000435 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 20 | 20 | AY.3 | 0.000199 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 20 | 20 | B.1.351 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 19 | 19 | AY.103 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 18 | 18 | AY.44 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 17 | 17 | AY.102 | 0.000451 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 17 | 17 | B.1.177 | 0.000224 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 16 | 16 | B.1.2 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.39 | 0.000297 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 11 | 11 | B.1.429 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.29 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.427 | 0.000404 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.499 | 0.008403 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.20 | 0.000272 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.41 | 0.002058 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.46 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.46.6 | 0.000505 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 6 | 7 | AY.59 | 0.003178 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.99.2 | 0.000645 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.119 | 0.000212 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.54 | 0.000572 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.1.519 | 0.000238 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 6 | 6 | R.1 | 0.00054 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.120 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.23 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.258 | 0.000333 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 5 | 5 | P.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.100 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.47 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.78 | 0.006163 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 4 | 4 | C.35 | 0.003096 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.68 | 0.000821 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.96 | 0.006224 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.438.1 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.466.2 | 0.001174 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.105 | 0.001286 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.120.2.1 | 0.000997 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.63 | 0.000774 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.9.2 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | C.1 | 0.004785 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.115 | 0.005208 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.254 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.291 | 0.000742 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.46 | 0.004367 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.71 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.139 | 0.000733 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.71 | 0.010101 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.210 | 0.002132 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.527 | 0.003704 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.12 | 0.007194 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.10.1 | 0.00813 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
ORF1ab/nsp3 | 1389 | G1389S | Ggt | Agt | 1 | 1 | R.2 | 0.014493 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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