CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1357

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31357L1357LL2175LsynttAttG323232120.9938126788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357LL2175LsynTtaCta3232200.006188126788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357delL2175deldelTTA---16716716788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357KL2175KnonsynTTaAAa151516788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357FL2175FnonsynttAttT740.5714296788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357FL2175FnonsynttAttC730.4285716788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357TL2175TnonsynTTaACa620.3333336788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357TL2175TnonsynTTAACG620.3333336788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357TL2175TnonsynTTAACT620.3333336788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357del2L2175del2deltTAt--5516788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357SL2175SnonsyntTatCa530.66788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357SL2175SnonsynTTAAGT520.46788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357GL2175GnonsynTTAGGT520.46788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357GL2175GnonsynTTAGGG520.46788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357GL2175GnonsynTTAGGC510.26788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357VL2175VnonsynTtaGta4416788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357AL2175AnonsynTTAGCG420.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357AL2175AnonsynTTAGCT420.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357IL2175InonsynTtaAta2216788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357RL2175RnonsynTTAAGG2216788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357XL2175XnonsyntTatGa210.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357XL2175XnonsyntTatAa210.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357del1L2175del1deltTAtC-210.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357del1L2175del1delTta-ta210.56788-6790
ORF1ab/nsp31357L1357YL2175YnonsyntTAtAC1116788-6790

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG32123232All0.000614
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta203232All0.000004
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG13531359AY.40.002106
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta61359AY.40.000009
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG537540B.1.1.70.000481
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta3540B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG521521B.1.177.800.996176
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG270270B.1.1770.003555
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---167167All0.000032
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG8888B.1.5260.002068
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---7373B.1.1.70.000065
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG6971B.1.617.20.00026
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta271B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG3131AY.1020.000822
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG2929AY.390.000717
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG2828AY.430.000124
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG2727B.1.20.000238
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG2727C.370.003134
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG2323AY.300.009102
ORF1ab/nsp31357L1357KTTaAAa1515All0.000003
ORF1ab/nsp31357L1357KTTaAAa1515AY.1100.00169
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG1515AY.360.002223
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---1515B.1.1770.000198
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG1314AY.30.000129
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta114AY.30.00001
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG1212AY.1030.000075
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG1111P.1.140.000526
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---1010AY.40.000016
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG99B.10.000082
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG88A.10.002255
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG77A.20.004633
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG77A.2.50.003493
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttT47All0.000001
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttC37All0.000001
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG77P.10.00011
ORF1ab/nsp31357L1357TTTAACG260.111111
ORF1ab/nsp31357L1357TTTaACa260.111111
ORF1ab/nsp31357L1357TTTAACT260.111111
ORF1ab/nsp31357L1357TTTAACT26All0
ORF1ab/nsp31357L1357TTTAACG26All0
ORF1ab/nsp31357L1357TTTaACa26All0
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG66AY.440.000037
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta55AD.20.001095
ORF1ab/nsp31357L1357del2tTAt--55All0.000001
ORF1ab/nsp31357L1357StTatCa35All0.000001
ORF1ab/nsp31357L1357STTAAGT25All0
ORF1ab/nsp31357L1357GTTAGGG25All0
ORF1ab/nsp31357L1357GTTAGGT25All0
ORF1ab/nsp31357L1357GTTAGGC15All0
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG55AY.250.00003
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG55AY.260.000142
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG45B.1.10.000073
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta15B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG55B.1.214.20.002998
ORF1ab/nsp31357L1357GTTAGGT240.111111
ORF1ab/nsp31357L1357GTTAGGG240.111111
ORF1ab/nsp31357L1357ATTAGCG240.111111
ORF1ab/nsp31357L1357ATTAGCT240.111111
ORF1ab/nsp31357L1357VTtaGta44All0.000001
ORF1ab/nsp31357L1357ATTAGCT24All0
ORF1ab/nsp31357L1357ATTAGCG24All0
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG44AY.200.000155
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---33AY.50.000062
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---33B.10.000027
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG33B.1.2180.015464
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG33B.1.5540.013216
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG33Q.40.001364
ORF1ab/nsp31357L1357RTTAAGG220.111111
ORF1ab/nsp31357L1357STTAAGT220.111111
ORF1ab/nsp31357L1357ITtaAta22All0
ORF1ab/nsp31357L1357RTTAAGG22All0
ORF1ab/nsp31357L1357XtTatAa12All0
ORF1ab/nsp31357L1357del1Tta-ta12All0
ORF1ab/nsp31357L1357del1tTAtC-12All0
ORF1ab/nsp31357L1357XtTatGa12All0
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22AU.30.004219
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta12AY.1170.000085
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG12AY.1170.000085
ORF1ab/nsp31357L1357VTtaGta22AY.850.000854
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.1.250.001137
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.1.3040.005618
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp31357L1357del2tTAt--22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.1470.001512
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.177.150.001262
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---22B.1.177.160.001329
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---22B.1.177.180.00232
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---22B.1.177.560.001335
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp31357L1357LTtaCta12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11A.210.00277
ORF1ab/nsp31357L1357YtTAtAC11All0
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31357L1357StTatCa11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31357L1357ITtaAta11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttT11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31357L1357VTtaGta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31357L1357del2tTAt--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.520.000814
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.540.000095
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.590.00053
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.650.000533
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.730.000665
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.740.000116
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.790.001211
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp31357L1357del1tTAtC-11B0.000128
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttC11B.10.000009
ORF1ab/nsp31357L1357StTatCa11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31357L1357del2tTAt--11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.1700.001247
ORF1ab/nsp31357L1357YtTAtAC11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttC11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp31357L1357XtTatAa11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.1890.001513
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.3610.045455
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttC11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp31357L1357StTatCa11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttT11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31357L1357ITtaAta11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.1490.003425
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp31357L1357del2tTAt--11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.177.330.001645
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.177.80.000752
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttT11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp31357L1357FttAttT11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31357L1357delTTA---11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.36.310.001751
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp31357L1357LttAttG11B.1.3910.001127
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