CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1350

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31350Y1350YY2168YsyntaTtaC77977916767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350CY2168CnonsyntAttGt18018016767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350delY2168deldelTAT---15115116767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350HY2168HnonsynTatCat585816767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350SY2168SnonsyntAttCt850.6256767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350SY2168SnonsyntATtCG820.256767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350SY2168SnonsyntATtCA810.1256767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350del1Y2168del1deltaTta-760.8571436767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350del1Y2168del1delTat-at710.1428576767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350NY2168NnonsynTatAat5516767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350DY2168DnonsynTatGat5516767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350del2Y2168del2delTAt--t430.756767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350XY2168XnonsyntaTtaG420.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350TY2168TnonsynTAtACt420.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350TY2168TnonsynTATACG420.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350XY2168XnonsyntaTtaA420.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350del2Y2168del2deltATt--410.256767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350FY2168FnonsyntAttTt2216767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350IY2168InonsynTAtATt210.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350IY2168InonsynTATATA210.56767-6769
ORF1ab/nsp31350Y1350LY2168LnonsynTAtCTt1116767-6769

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC779779All0.000149
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC375375B.1.36.180.157563
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt180180All0.000034
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---151151All0.000029
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC8787B.1.5930.945652
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---6060B.1.1.70.000054
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt6060B.1.1.70.000054
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat5858All0.000011
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC4949B.1.1.3170.020173
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC4343AY.4.20.000933
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt3737AY.440.000225
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat3333B.1.5770.02268
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC3131B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt2020AY.40.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1414B.1.1770.000184
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---1414B.1.1770.000184
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1313AY.440.000079
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1313AY.50.000268
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1313B.1.617.20.000049
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt1010B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC99B.1.10.000163
ORF1ab/nsp31350Y1350StAttCt58All0.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350StATtCG28All0
ORF1ab/nsp31350Y1350StATtCA18All0
ORF1ab/nsp31350Y1350del1taTta-67All0.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350del1Tat-at17All0
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC66AY.250.000036
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat66B.10.000055
ORF1ab/nsp31350Y1350DTatGat55All0.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350NTatAat55All0.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350DTatGat55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC55AY.30.00005
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt55AY.430.000022
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC55AY.530.001438
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp31350Y1350StATtCG240.111111
ORF1ab/nsp31350Y1350TTATACG240.111111
ORF1ab/nsp31350Y1350TTAtACt240.111111
ORF1ab/nsp31350Y1350StAttCt240.111111
ORF1ab/nsp31350Y1350del2TAt--t34All0.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350XtaTtaA24All0
ORF1ab/nsp31350Y1350TTAtACt24All0
ORF1ab/nsp31350Y1350TTATACG24All0
ORF1ab/nsp31350Y1350XtaTtaG24All0
ORF1ab/nsp31350Y1350del2tATt--14All0
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat44AY.250.000024
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC44B.10.000037
ORF1ab/nsp31350Y1350del1taTta-34B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31350Y1350del1Tat-at14B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt44B.1.177.180.00464
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33AY.200.000117
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33AY.390.000074
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp31350Y1350NTatAat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33B.1.177.210.000229
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt33B.1.2290.029126
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33B.1.351.20.000908
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC33R.10.00027
ORF1ab/nsp31350Y1350FtAttTt22All0
ORF1ab/nsp31350Y1350ITATATA12All0
ORF1ab/nsp31350Y1350ITAtATt12All0
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AU.10.002532
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt22AY.120.000632
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp31350Y1350StAttCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---22B.1.177.560.001335
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt22P.30.00319
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp31350Y1350LTAtCTt11All0
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp31350Y1350StAttCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31350Y1350del1taTta-11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31350Y1350XtaTtaG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.540.000095
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.650.000533
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.780.001541
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31350Y1350del2TAt--t11B0.000128
ORF1ab/nsp31350Y1350FtAttTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31350Y1350del1taTta-11B.10.000009
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31350Y1350ITATATA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp31350Y1350XtaTtaG11B.1.1.290.010309
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11B.1.1.3490.010309
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.3610.045455
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.4380.05
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.1.4490.022727
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31350Y1350FtAttTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350ITAtATt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350del2tATt--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31350Y1350NTatAat11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp31350Y1350XtaTtaA11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.150.000631
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.160.000664
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp31350Y1350del1taTta-11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31350Y1350del2TAt--t11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31350Y1350HTatCat11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp31350Y1350delTAT---11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp31350Y1350NTatAat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp31350Y1350YtaTtaC11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp31350Y1350CtAttGt11B.1.5750.000303
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