CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1323

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31323Y1323delY2141deldelTAT---75375316686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323CY2141CnonsyntAttGt17517516686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323YY2141YsyntaTtaC848416686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323HY2141HnonsynTatCat54530.9814816686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323HY2141HnonsynTaTCaC5410.01851856686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323DY2141DnonsynTatGat141416686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323NY2141NnonsynTatAat9916686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323SY2141SnonsyntAttCt6616686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323FY2141FnonsyntAttTt5516686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323XY2141XnonsyntaTtaA4416686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323del1Y2141del1delTat-at3316686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323del2Y2141del2deltATt--320.6666676686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323del2Y2141del2delTAt--t310.3333336686-6688
ORF1ab/nsp31323Y1323IY2141InonsynTAtATt1116686-6688

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---753753All0.000144
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt175175All0.000033
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---116116B.1.1.70.000104
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---9393B.1.617.20.00035
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC8484All0.000016
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---6868AY.1030.000422
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---6868AY.440.000414
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt5959B.1.1.70.000053
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat5354All0.00001
ORF1ab/nsp31323Y1323HTaTCaC154All0
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---4949AY.430.000217
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---3939AY.40.000061
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---3737AY.250.000223
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt2222AY.250.000132
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt2222B.1.1.3450.956522
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC1717B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1717B.1.1770.000224
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC1515AY.750.00084
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat1414All0.000003
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1313AY.360.001927
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1313B.10.000119
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1111AY.290.000174
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---1010AY.34.10.005099
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat99All0.000002
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---99AY.1020.000239
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC99AY.250.000054
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt99AY.470.00028
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---88AY.1190.000282
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---88AY.30.00008
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat88AY.50.000165
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt88AY.98.10.000387
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC77AY.40.000011
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp31323Y1323StAttCt66All0.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---66AY.1110.001099
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---66AY.200.000233
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat66AY.440.000037
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---66AY.470.000187
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---66AY.750.000336
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt66B.1.177.730.003398
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt55All0.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt55AY.40.000008
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---55AY.50.000103
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---55AY.740.000578
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp31323Y1323XtaTtaA44All0.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---44AY.390.000099
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp31323Y1323del1Tat-at33All0.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323del2tATt--23All0
ORF1ab/nsp31323Y1323del2TAt--t13All0
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33AY.230.000209
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33AY.610.000314
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt33B.10.000027
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33B.1.1.3510.00838
ORF1ab/nsp31323Y1323StAttCt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33B.1.36.170.001482
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt33P.10.000047
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22AY.10.000791
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22AY.380.000999
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22AY.650.001066
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22AY.920.000575
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat22B0.000256
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.1.1530.002191
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.177.170.001642
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.177.560.001335
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.5880.00182
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---22P.10.000032
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC22P.10.000032
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11A.10.000282
ORF1ab/nsp31323Y1323XtaTtaA11A.20.000662
ORF1ab/nsp31323Y1323ITAtATt11All0
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31323Y1323del2TAt--t11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.140.000088
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.160.00038
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.160.00038
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.210.001898
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.270.000065
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31323Y1323StAttCt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.320.000532
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.350.000233
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.370.000316
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31323Y1323del1Tat-at11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.400.000964
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.550.000917
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.590.00053
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.680.000274
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.70.000196
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.700.000209
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31323Y1323HTaTCaC11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11AY.900.000684
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt11B0.000128
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11B.10.000009
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp31323Y1323StAttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31323Y1323ITAtATt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp31323Y1323XtaTtaA11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp31323Y1323del1Tat-at11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp31323Y1323FtAttTt11B.1.1.3270.1
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp31323Y1323CtAttGt11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp31323Y1323del2tATt--11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.4240.045455
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.470.005348
ORF1ab/nsp31323Y1323HTatCat11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp31323Y1323delTAT---11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp31323Y1323DTatGat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323NTatAat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323del2tATt--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31323Y1323YtaTtaC11B.1.1270.002198
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