CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1314

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31314S1314SS2132SsynagTagC221002210016659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314GS2132GnonsynAgtGgt272627250.9996336659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314GS2132GnonsynAgTGgA272610.0003668386659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314delS2132deldelAGT---1811181116659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314IS2132InonsynaGtaTt2782770.9964036659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314IS2132InonsynaGTaTA27810.003597126659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314NS2132NnonsynaGtaAt15215216659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314RS2132RnonsynagTagG64540.843756659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314RS2132RnonsynagTagA6480.1256659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314RS2132RnonsynAgtCgt6420.031256659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314CS2132CnonsynAgtTgt101016659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314del1S2132del1delAGT-NN730.4285716659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314del1S2132del1delagTag-730.4285716659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314del1S2132del1delAGt-Tt710.1428576659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314del2S2132del2delAGT--N210.56659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314del2S2132del2delaGTa--210.56659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314LS2132LnonsynAGtCTt1116659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314FS2132FnonsynAGtTTt1116659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314YS2132YnonsynAGtTAt1116659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314ES2132EnonsynAGTGAG1116659-6661
ORF1ab/nsp31314S1314TS2132TnonsynaGtaCt1116659-6661

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC2210022100All0.004227
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1703217032AY.1030.105753
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt27252726All0.000521
ORF1ab/nsp31314S1314GAgTGgA12726All0
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC22682268B.1.617.20.00854
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---18111811All0.000346
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC12801280AY.1200.047589
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt685685B.1.1.70.000613
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC642642AY.390.015865
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---535535AY.40.000833
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt277278All0.000053
ORF1ab/nsp31314S1314IaGTaTA1278All0
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC213213AY.420.008569
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt209209AY.460.021753
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt191191AY.440.001163
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---169169B.1.617.20.000636
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt152152All0.000029
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC146146AY.1020.003871
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt146146AY.40.000227
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt135135AY.40.00021
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---129129B.1.1.70.000115
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---121121B.1.2430.00842
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt114114B.1.617.20.000429
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---111111AY.600.104128
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---107107AY.430.000474
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt9696AY.1030.000596
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt9595B.1.1.2320.172414
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC9191AY.920.026142
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt7373B.1.20.000643
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt7272B.1.4290.001694
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC7171AY.440.000432
ORF1ab/nsp31314S1314RagTagG5464All0.00001
ORF1ab/nsp31314S1314RagTagA864All0.000002
ORF1ab/nsp31314S1314RAgtCgt264All0
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt5858B.1.4710.15847
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt5454AY.340.005236
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt5252AY.330.003472
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt5050B.10.000458
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt4747AY.710.022328
ORF1ab/nsp31314S1314RagTagG4242B.1.177.810.007952
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---4141AY.250.000247
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---4040AY.440.000243
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt3939AY.430.000173
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC3838AY.430.000168
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt3636AY.260.001019
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC3535AY.840.015311
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt3333B.1.1.2140.00183
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---3131AY.1030.000192
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---3131B.1.1770.000408
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---2828AY.790.033898
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt2828P.10.000441
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt2727AY.650.014392
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---2323B.1.20.000203
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt2222AK.21
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt2222AY.250.000132
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC2222AY.40.000034
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---2121AY.1070.009786
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---2121AY.30.000209
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt2121B.1.1.2410.043478
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt2121B.1.1.70.000019
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1818AY.290.000284
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1818AY.470.00056
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1717AY.1170.001437
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1717AY.230.001186
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1717AY.290.000268
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1717AY.610.001781
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1717B.10.000156
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1717B.1.10.000308
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1717C.36.30.009643
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1616AY.30.000159
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1616B.1.258.170.001664
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1515AY.390.000371
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1515AY.4.20.000325
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1515AY.980.001185
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1414AY.250.000084
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1414AY.50.000289
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1414AY.770.015784
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1313AY.10.005144
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1313AY.1020.000345
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1313B.1.6210.001151
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1212AY.1200.000446
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1212AY.200.000466
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1212AY.50.000248
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1212AY.910.008766
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1212B.1.1600.000374
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1212B.1.5960.001046
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1111AY.1000.000506
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---1111AY.1200.000409
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC1111AY.360.00163
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt1111AY.4.50.001182
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt1111B.1.1600.000343
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1111P.1.70.003512
ORF1ab/nsp31314S1314CAgtTgt1010All0.000002
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1010AY.50.000206
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt99AY.1020.000239
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC99AY.1050.005788
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt99AY.40.000014
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC99AY.460.000937
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---99B.1.10.000163
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt99B.1.2210.000639
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---99B.1.2580.000599
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt88AY.1180.000501
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC88AY.330.000534
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---88AY.330.000534
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC88AY.450.000973
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC88AY.46.60.000578
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt88B.1.177.440.004152
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt88B.1.3510.000238
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---88B.1.4290.000188
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt88P.1.170.001294
ORF1ab/nsp31314S1314del1AGT-NN37All0.000001
ORF1ab/nsp31314S1314del1agTag-37All0.000001
ORF1ab/nsp31314S1314del1AGt-Tt17All0
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt77AY.1190.000247
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---77AY.130.001127
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt77AY.420.000282
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---77AY.750.000392
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---77B.1.1.4200.007042
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt77B.1.177.860.001284
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC77B.1.3510.000208
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt77B.1.466.20.002739
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt77B.1.466.20.002739
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---66AY.140.000528
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---66AY.230.000418
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt66AY.690.00112
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt66B.1.1.4320.007595
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt66B.1.1.4650.09375
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt66B.1.177.810.001136
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt66P.10.000095
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt66R.10.00054
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---55AY.460.00052
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC55AY.46.10.005133
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC55AY.5.30.001687
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55AY.530.001438
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt55AY.730.003327
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55AY.90.000338
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---55AY.90.000338
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55AY.9.10.000419
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55AY.9.20.000184
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt55B.10.000046
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55B.1.1.1760.002197
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55B.1.1.3170.002058
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt55B.1.2210.000355
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---55B.1.2320.002687
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55C.370.00058
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt55P.1.100.001347
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.116.10.001246
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.140.000352
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt44AY.390.000099
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.420.000161
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.450.000487
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC44AY.46.40.000658
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.470.000124
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44AY.60.000165
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.610.000419
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44AY.750.000224
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt44AY.80.002424
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt44AY.90.00027
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC44AY.970.006803
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC44B.10.000037
ORF1ab/nsp31314S1314delAGT---44B.1.1.2840.00043
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44B.1.1.3690.001785
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt44B.1.160.320.017167
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44B.1.2100.008529
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp31314S1314IaGtaTt44B.1.258.170.000416
ORF1ab/nsp31314S1314NaGtaAt44B.1.36.290.002069
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt44B.1.4280.004082
ORF1ab/nsp31314S1314SagTagC33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp31314S1314GAgtGgt33AY.1070.001398
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