CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 126

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	126	S126L	S944L	nonsyn	tCa	tTa	26047	26041	0.99977	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126L	S944L	nonsyn	tCA	tTG	26047	6	0.000230353	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126P	S944P	nonsyn	Tca	Cca	879	879	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126S	S944S	syn	tcA	tcT	450	231	0.513333	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126S	S944S	syn	tcA	tcG	450	184	0.408889	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126S	S944S	syn	tcA	tcC	450	35	0.0777778	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126del	S944del	del	TCA	---	169	169	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126A	S944A	nonsyn	Tca	Gca	45	45	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126T	S944T	nonsyn	Tca	Aca	43	37	0.860465	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126T	S944T	nonsyn	TcA	AcG	43	5	0.116279	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126T	S944T	nonsyn	TcA	AcC	43	1	0.0232558	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126X	S944X	nonsyn	tCa	tAa	28	19	0.678571	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126X	S944X	nonsyn	tCa	tGa	28	6	0.214286	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126X	S944X	nonsyn	tCA	tAG	28	3	0.107143	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126K	S944K	nonsyn	TCa	AAa	14	11	0.785714	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126K	S944K	nonsyn	TCA	AAG	14	3	0.214286	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126I	S944I	nonsyn	TCa	ATa	6	5	0.833333	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126I	S944I	nonsyn	TCA	ATC	6	1	0.166667	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126M	S944M	nonsyn	TCA	ATG	3	3	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126R	S944R	nonsyn	TCa	AGa	3	2	0.666667	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126R	S944R	nonsyn	TCA	AGG	3	1	0.333333	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126N	S944N	nonsyn	TCA	AAC	2	2	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126E	S944E	nonsyn	TCa	GAa	2	2	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126Y	S944Y	nonsyn	tCA	tAC	1	1	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126F	S944F	nonsyn	tCA	tTC	1	1	1	3095-3097
ORF1ab/nsp3	126	S126W	S944W	nonsyn	tCA	tGG	1	1	1	3095-3097

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	26041	26047	All	0.004981
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	6	26047	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	4437	4437	B.1.1.7	0.003972
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	2302	2302	B.1.466.2	0.900626
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1969	1969	AY.4	0.003065
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1442	1443	AY.103	0.008953
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	1443	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1029	1029	AY.43	0.004559
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	879	879	All	0.000168
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	803	803	B.1.617.2	0.003024
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	713	713	AY.39.1	0.028244
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	662	662	AP.1	0.993994
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	648	648	AY.44	0.003944
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	575	575	AY.4.2	0.012471
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	464	465	B.1.160	0.014471
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	465	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	457	457	B.1.258	0.030412
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	456	456	AU.3	0.962025
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcT	231	450	All	0.000044
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	184	450	All	0.000035
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcC	35	450	All	0.000007
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	441	442	B.1.2	0.003883
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	442	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	405	405	AU.2	0.98063
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	404	404	B.1	0.0037
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	359	359	AY.3	0.003571
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	359	359	B.1.1.7	0.000321
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	351	351	B.1.177	0.004622
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	346	346	AY.27	0.022393
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	318	318	R.1	0.028623
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	282	282	AY.120	0.010484
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	270	270	B.1.1	0.004898
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	233	233	AY.36	0.034534
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	221	221	AY.25	0.001329
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcT	212	212	B.1.517	0.090521
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	208	208	B.1.429	0.004894
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	208	208	B.1.526	0.004889
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	195	195	AY.5	0.004027
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	193	193	P.1	0.003041
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	177	177	B.1.1.272	0.921875
ORF1ab/nsp3	126	S126del	TCA	---	169	169	All	0.000032
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	138	138	B.1.1	0.002503
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	137	137	AY.46	0.014259
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	133	133	AY.39	0.003287
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	131	131	B.1.1.413	0.903448
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	125	125	B.1.351	0.003716
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	123	123	B.1.463	0.991935
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	109	109	AY.29	0.001719
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	103	103	AY.26	0.002916
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	95	95	C.37	0.011026
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	94	94	AY.100	0.004325
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	91	91	B.1.427	0.004595
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	89	89	AY.23	0.006208
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	89	89	B.1.36	0.012985
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	85	85	B.1.243	0.005915
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	83	83	B.31	0.309701
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	82	82	AY.102	0.002174
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	78	78	B.1.621	0.006904
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	77	77	AY.4	0.00012
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	72	72	B.1.377	0.328767
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	71	71	B.1.234	0.009368
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	70	70	P.1.14	0.003346
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	64	64	B.1.1.526	0.22695
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	64	64	B.1.621.1	0.032372
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	62	63	B.1.221	0.004404
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCA	tTG	1	63	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	62	62	AY.20	0.00241
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	56	56	AY.63	0.021663
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	54	54	AY.25	0.000325
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	AY.9.1	0.004437
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	B.1.1.44	0.127711
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	53	53	Q.3	0.007687
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	52	52	B.1.160	0.001622
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.119	0.001765
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.34	0.004848
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	AY.98	0.00395
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	35	50	B.1.1.7	0.000031
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcC	13	50	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcT	2	50	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	50	50	B.1.177.19	0.071531
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	49	49	AY.47	0.001524
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	47	47	AY.118	0.002944
ORF1ab/nsp3	126	S126A	Tca	Gca	45	45	All	0.000009
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	B.1.1.222	0.00918
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	B.1.36.29	0.02328
ORF1ab/nsp3	126	S126del	TCA	---	45	45	B.1.617.2	0.000169
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	45	45	Q.1	0.005685
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	44	44	B.1.1.351	0.122905
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	44	44	B.1.1.411	0.647059
ORF1ab/nsp3	126	S126T	Tca	Aca	37	43	All	0.000007
ORF1ab/nsp3	126	S126T	TcA	AcG	5	43	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	126	S126T	TcA	AcC	1	43	All	0
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	43	43	AY.33	0.002871
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	43	43	B.1.1.214	0.002385
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	42	42	AY.7	0.008232
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	42	42	B.1.1.519	0.001668
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	41	41	AY.54	0.003909
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	38	38	P.1.1	0.012071
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	37	37	AY.6	0.001522
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	36	36	AY.117	0.003043
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	35	35	B.1.596	0.00305
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	34	34	B.1.258.17	0.003535
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	33	33	AY.121	0.004465
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	33	33	B.1.1.311	0.011819
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	33	33	C.37	0.00383
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	31	31	B.1.617.2	0.000117
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	31	31	C.2.1	0.206667
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	30	30	AY.42	0.001207
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	30	30	B.1.177.60	0.006553
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	29	29	AY.9.2	0.001065
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	29	29	B.1.1.397	0.065315
ORF1ab/nsp3	126	S126X	tCa	tAa	19	28	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	126	S126X	tCa	tGa	6	28	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	126	S126X	tCA	tAG	3	28	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	28	28	B.1.1.217	0.101818
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	25	25	AY.46.6	0.001805
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	25	25	B.1.128	0.015883
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	24	24	B.1.311	0.00659
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	23	23	B.1.1.157	0.021005
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	23	23	D.2	0.001726
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	22	22	AY.61	0.002305
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.113	0.00299
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.30	0.00831
ORF1ab/nsp3	126	S126del	TCA	---	21	21	AY.4	0.000033
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	AY.7.1	0.002367
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	B.1.1.317	0.008646
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	18	21	B.1.2	0.000158
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcT	2	21	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcC	1	21	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	21	21	B.1.595	0.00548
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcG	14	20	AY.4	0.000022
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcC	6	20	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	AY.75	0.00112
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	AY.98.1	0.000969
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.1.1.28	0.006225
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	20	20	B.1.1.70	0.006821
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.1.617.1	0.002579
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	20	20	B.40	0.007286
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	19	19	B.1.177.7	0.003132
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	19	19	B.1.561	0.007543
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	A.2.5	0.008982
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	AY.104	0.035714
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	18	18	AY.4.5	0.001935
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ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp3	126	S126A	Tca	Gca	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	126	S126X	tCa	tAa	1	1	B.1.351	0.00003
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ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	B.1.425	0.002994
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ORF1ab/nsp3	126	S126T	Tca	Aca	1	1	B.1.617.2	0.000004
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ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	B.1.626	0.005714
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	B.1.631	0.003367
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ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	C.14	0.004329
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	1	1	C.6	0.037037
ORF1ab/nsp3	126	S126X	tCa	tGa	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	126	S126T	Tca	Aca	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	126	S126del	TCA	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	126	S126S	tcA	tcT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp3	126	S126P	Tca	Cca	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	Q.2	0.000613
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ORF1ab/nsp3	126	S126L	tCa	tTa	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.