CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1257

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	I2075del	del	ATT	---	552	552	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	I2075V	nonsyn	Att	Gtt	264	264	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	I2075T	nonsyn	aTt	aCt	250	250	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	I2075I	syn	atT	atC	40	23	0.575	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	I2075I	syn	atT	atA	40	17	0.425	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	I2075M	nonsyn	atT	atG	20	20	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	I2075S	nonsyn	aTt	aGt	18	17	0.944444	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	I2075S	nonsyn	ATt	TCt	18	1	0.0555556	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	I2075L	nonsyn	Att	Ctt	17	17	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	I2075F	nonsyn	Att	Ttt	16	16	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	I2075N	nonsyn	aTt	aAt	16	15	0.9375	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	I2075N	nonsyn	aTT	aAC	16	1	0.0625	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del1	I2075del1	del	aTt	a-t	7	7	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del2	I2075del2	del	aTT	a--	2	2	1	6488-6490
ORF1ab/nsp3	1257	I1257Y	I2075Y	nonsyn	ATt	TAt	1	1	1	6488-6490

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	552	552	All	0.000106
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	524	524	L.1	0.998095
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	264	264	All	0.00005
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	250	250	All	0.000048
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	206	206	B.1.1.7	0.000184
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	85	85	B.1.1.7	0.000076
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	23	40	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	17	40	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	32	32	AY.4	0.00005
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	atT	atG	20	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	17	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	ATt	TCt	1	18	All	0
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	17	17	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	16	16	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	15	16	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTT	aAC	1	16	All	0
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	16	16	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	13	13	AY.25	0.000078
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	13	13	AY.44	0.000079
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	10	10	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	10	10	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	atT	atG	9	9	B.1.525	0.001018
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	9	9	P.1.15	0.002091
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	8	8	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	8	8	B.1.1.163	0.061069
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del1	aTt	a-t	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	atT	atG	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del1	aTt	a-t	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	7	7	B.1.517	0.002989
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	6	6	AY.5	0.000124
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	5	5	B.1.1.214	0.000277
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	5	5	B.1.1.25	0.002843
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	5	5	B.3	0.004153
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	3	4	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	1	4	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	4	4	B.1.146	0.016949
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	3	3	AY.10	0.00159
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del2	aTT	a--	2	2	All	0
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	atT	atG	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	1257	I1257M	atT	atG	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	1257	I1257Y	ATt	TAt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	1257	I1257Y	ATt	TAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	ATt	TCt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del2	aTT	a--	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.1.133	0.008475
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	1	1	B.1.1.172	0.018182
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.334	0.016393
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.362	0.005618
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atA	1	1	B.1.1.377	0.001381
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del2	aTT	a--	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.469	0.00361
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	1257	I1257L	Att	Ctt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	1257	I1257T	aTt	aCt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp3	1257	I1257I	atT	atC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257F	Att	Ttt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1257	I1257del	ATT	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp3	1257	I1257N	aTT	aAC	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp3	1257	I1257S	aTt	aGt	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	1257	I1257V	Att	Gtt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.