CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 117

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp3117D117GD935GnonsyngAtgGt1415141513068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ND935NnonsynGatAat2382370.9957983068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ED935EnonsyngaTgaG2382200.924373068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ED935EnonsyngaTgaA238180.07563033068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ND935NnonsynGaTAaC23810.004201683068-3070
ORF1ab/nsp3117D117YD935YnonsynGatTat1511500.9933783068-3070
ORF1ab/nsp3117D117YD935YnonsynGaTTaC15110.006622523068-3070
ORF1ab/nsp3117D117DD935DsyngaTgaC12612613068-3070
ORF1ab/nsp3117D117del1D935del1delgaTga-85810.9529413068-3070
ORF1ab/nsp3117D117del1D935del1delGAt-Gt8530.03529413068-3070
ORF1ab/nsp3117D117del1D935del1delGat-at8510.01176473068-3070
ORF1ab/nsp3117D117AD935AnonsyngAtgCt83790.9518073068-3070
ORF1ab/nsp3117D117AD935AnonsyngATgCA8320.02409643068-3070
ORF1ab/nsp3117D117AD935AnonsyngATgCG8320.02409643068-3070
ORF1ab/nsp3117D117delD935deldelGAT---757513068-3070
ORF1ab/nsp3117D117VD935VnonsyngAtgTt55430.7818183068-3070
ORF1ab/nsp3117D117VD935VnonsyngATgTA5590.1636363068-3070
ORF1ab/nsp3117D117VD935VnonsyngATgTG5530.05454553068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ID935InonsynGATATA1890.53068-3070
ORF1ab/nsp3117D117ID935InonsynGAtATt1890.53068-3070
ORF1ab/nsp3117D117LD935LnonsynGAtCTt1350.3846153068-3070
ORF1ab/nsp3117D117LD935LnonsynGATCTA1350.3846153068-3070
ORF1ab/nsp3117D117LD935LnonsynGATCTG1330.2307693068-3070
ORF1ab/nsp3117D117HD935HnonsynGatCat121213068-3070
ORF1ab/nsp3117D117KD935KnonsynGaTAaA1290.753068-3070
ORF1ab/nsp3117D117KD935KnonsynGaTAaG1230.253068-3070
ORF1ab/nsp3117D117QD935QnonsynGaTCaA850.6253068-3070
ORF1ab/nsp3117D117QD935QnonsynGaTCaG830.3753068-3070
ORF1ab/nsp3117D117CD935CnonsynGAtTGt650.8333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117TD935TnonsynGATACA620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117TD935TnonsynGATACG620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117TD935TnonsynGAtACt620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117PD935PnonsynGAtCCt620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117PD935PnonsynGATCCG620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117PD935PnonsynGATCCA620.3333333068-3070
ORF1ab/nsp3117D117CD935CnonsynGATTGC610.1666673068-3070
ORF1ab/nsp3117D117MD935MnonsynGATATG3313068-3070
ORF1ab/nsp3117D117del2D935del2delgATg--2213068-3070

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt14151415All0.000271
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt457457AY.40.000711
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat237238All0.000045
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaG220238All0.000042
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaA18238All0.000003
ORF1ab/nsp3117D117NGaTAaC1238All0
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaG189189AY.40.000294
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat150151All0.000029
ORF1ab/nsp3117D117YGaTTaC1151All0
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt151151B.1.1.70.000135
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC126126All0.000024
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat102102AY.430.000452
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt101101AY.440.000615
ORF1ab/nsp3117D117del1gaTga-8185All0.000015
ORF1ab/nsp3117D117del1GAt-Gt385All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117del1Gat-at185All0
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt7983All0.000015
ORF1ab/nsp3117D117AgATgCA283All0
ORF1ab/nsp3117D117AgATgCG283All0
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---7575All0.000014
ORF1ab/nsp3117D117del1gaTga-6667B.1.1.70.000059
ORF1ab/nsp3117D117del1GAt-Gt167B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt6363B.1.1.2160.0561
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt4355All0.000008
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTA955All0.000002
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTG355All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC5353B.1.1.70.000047
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt4545B.1.617.20.000169
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt4141B.1.5260.000964
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt3939AY.250.000235
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat3636AY.390.00089
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt3636AY.390.00089
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt3636C.401
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt2929B.1.6010.878788
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt2525AY.30.000249
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt2424AY.430.000106
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt2424L.30.085106
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt2222B.1.10.000399
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat2020AY.250.00012
ORF1ab/nsp3117D117IGAtATt918All0.000002
ORF1ab/nsp3117D117IGATATA918All0.000002
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1818B.1.1.2580.058632
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1717AY.1020.000451
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1717B.10.000156
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt1616AY.430.000071
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat1616B.1.36.240.098765
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1414B.1.1770.000184
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1414B.1.20.000123
ORF1ab/nsp3117D117LGAtCTt513All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTA513All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTG313All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt1313AY.98.10.00063
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt613B.1.20.000053
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTA513B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTG213B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1313B.1.5170.005551
ORF1ab/nsp3117D117HGatCat1212All0.000002
ORF1ab/nsp3117D117KGaTAaA912All0.000002
ORF1ab/nsp3117D117KGaTAaG312All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1111AY.1030.000068
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaA811B.1.20.00007
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaG311B.1.20.000026
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt1111B.1.4270.000555
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp3117D117IGATATA510B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3117D117IGAtATt510B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTA410B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3117D117LGAtCTt410B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTG210B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat1010B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat1010P.10.000158
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt99AM.11
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC99AY.40.000014
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt99AY.4.2.10.001341
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat89B.1.20.00007
ORF1ab/nsp3117D117NGaTAaC19B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117QGaTCaA58All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117QGaTCaG38All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt88AY.30.00008
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat88AY.40.000012
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---88AY.50.000165
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat88B.10.000073
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat88B.10.000073
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt88P.10.000126
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---77AY.250.000042
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat77AY.3.10.000597
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC77AY.440.000043
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaG77AY.50.000145
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat77AY.60.000288
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt77B.1.177.860.001284
ORF1ab/nsp3117D117KGaTAaA57B.1.20.000044
ORF1ab/nsp3117D117KGaTAaG27B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt77B.1.2580.000466
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---660.333333
ORF1ab/nsp3117D117CGAtTGt56All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117PGATCCG26All0
ORF1ab/nsp3117D117PGATCCA26All0
ORF1ab/nsp3117D117TGAtACt26All0
ORF1ab/nsp3117D117TGATACA26All0
ORF1ab/nsp3117D117TGATACG26All0
ORF1ab/nsp3117D117PGAtCCt26All0
ORF1ab/nsp3117D117CGATTGC16All0
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat66AY.1060.002009
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---66AY.1200.000223
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt66AY.200.000233
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt66AY.250.000036
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC66B.1.1.2140.000333
ORF1ab/nsp3117D117QGaTCaA46B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3117D117QGaTCaG26B.1.20.000018
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt66B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaA35AY.440.000018
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaG25AY.440.000012
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt55AY.50.000103
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt55B.1.1.3040.014045
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt55B.1.1.3950.277778
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt55B.1.258.110.001982
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt25B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTA25B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117VgATgTG15B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat44AY.4.2.10.000596
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat44AY.430.000018
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44AY.470.000124
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC44AY.98.10.000194
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat44B.1.1.4340.001394
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp3117D117HGatCat44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp3117D117IGATATA24B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117IGAtATt24B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117DgaTgaC44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp3117D117MGATATG33All0.000001
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.140.000264
ORF1ab/nsp3117D117NGatAat33AY.30.00003
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.330.0002
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.360.000445
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.420.000121
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat33AY.440.000018
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33AY.75.10.000541
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33B.1.1.2840.000322
ORF1ab/nsp3117D117delGAT---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp3117D117VgAtgTt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp3117D117del1gaTga-33B.1.177.820.001432
ORF1ab/nsp3117D117TGATACA13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117AgATgCG13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117PGAtCCt13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117PGATCCA13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117TGATACG13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117PGATCCG13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117TGAtACt13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117AgATgCA13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp3117D117del1gaTga-33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp3117D117YGatTat33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp3117D117GgAtgGt33B.1.351.20.000908
ORF1ab/nsp3117D117KGaTAaA23B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117EgaTgaA23B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTG13B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3117D117AgAtgCt13B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3117D117LGAtCTt13B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3117D117TGATACG13B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp3117D117LGATCTA13B.1.3690.000285
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