CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1103

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	P1921Q	nonsyn	cCa	cAa	11974	11973	0.999916	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	P1921Q	nonsyn	cCA	cAG	11974	1	0.0000835143	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	P1921S	nonsyn	Cca	Tca	8603	8603	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	cCa	cTa	8231	8210	0.997449	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	CCa	TTa	8231	14	0.00170089	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	cCA	cTG	8231	3	0.000364476	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	CCA	TTG	8231	2	0.000242984	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	cCA	cTC	8231	1	0.000121492	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	P1921L	nonsyn	cCA	cTT	8231	1	0.000121492	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	P1921T	nonsyn	Cca	Aca	972	972	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	P1921P	syn	ccA	ccG	512	364	0.710938	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	P1921P	syn	ccA	ccC	512	119	0.232422	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	P1921P	syn	ccA	ccT	512	29	0.0566406	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	P1921del	del	CCA	---	93	93	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	P1921A	nonsyn	Cca	Gca	41	41	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	P1921R	nonsyn	cCa	cGa	23	21	0.913043	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	P1921R	nonsyn	cCA	cGT	23	1	0.0434783	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	P1921R	nonsyn	CCa	AGa	23	1	0.0434783	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	P1921del1	del	ccA	cc-	13	6	0.461538	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	P1921del1	del	Cca	-ca	13	6	0.461538	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	P1921del1	del	cCA	cT-	13	1	0.0769231	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103K	P1921K	nonsyn	CCa	AAa	5	5	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	P1921del2	del	cCA	c--	4	4	1	6026-6028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103I	P1921I	nonsyn	CCa	ATa	1	1	1	6026-6028

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	11973	11974	All	0.00229
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCA	cAG	1	11974	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8603	8603	All	0.001645
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	8210	8231	All	0.00157
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCa	TTa	14	8231	All	0.000003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTG	3	8231	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCA	TTG	2	8231	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTT	1	8231	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTC	1	8231	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	5553	5554	B.1.617.2	0.020909
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCA	cAG	1	5554	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4110	4110	AY.35	0.957819
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1527	1527	AY.4	0.002377
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1436	1436	B.1.1.7	0.001286
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1234	1234	AY.26	0.034935
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1196	1198	B.1.1.7	0.001071
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCa	TTa	2	1198	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	992	992	B.1.243	0.069028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	972	972	All	0.000186
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	922	922	AY.43	0.004085
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	802	803	AY.43	0.003553
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCa	TTa	1	803	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	609	609	AY.4	0.000948
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	364	512	All	0.00007
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	119	512	All	0.000023
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	29	512	All	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	396	396	AY.25	0.002382
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	387	387	B.1.526	0.009096
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	373	373	AY.25	0.002244
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	361	361	AY.43	0.001599
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	285	285	B.1.497	0.089707
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	272	272	AY.42	0.010943
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	265	265	AY.6	0.010899
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	258	260	B.1.617.2	0.000971
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTC	1	260	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTG	1	260	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	252	252	AY.16.1	0.118421
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	252	252	B.1.177.77	0.183007
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	231	231	AY.48	0.107442
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	223	224	B.1	0.002043
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTT	1	224	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	191	191	B.1.2	0.001682
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	185	185	AY.29	0.002918
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	180	180	B.1.177	0.00237
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	178	178	AY.44	0.001083
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	174	174	B.1.1.318	0.052505
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	169	169	AY.26	0.004784
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	154	154	B.1.177.9	0.20506
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	151	151	B.1.617.2	0.000569
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	150	150	B.1.1	0.002721
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	148	148	B.1.1.170	0.184539
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	148	148	B.1.221	0.010513
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	145	145	AY.39	0.003583
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	141	141	AY.23	0.009835
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	129	129	B.1.525	0.014598
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	116	116	AY.13	0.018674
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	115	115	B.1.160	0.003587
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	114	114	AY.3	0.001134
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	113	113	B.1.177	0.001488
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	88	110	B.1.617.2	0.000331
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	20	110	B.1.617.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	2	110	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	102	102	AY.34	0.00989
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	96	96	B.1	0.000879
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	95	95	P.1	0.001497
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	94	94	B.1.237	0.467662
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	93	93	All	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	92	92	B.1.2	0.00081
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	91	91	AY.103	0.000565
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	91	91	B.1.595.4	0.664234
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	88	88	P.1.14	0.004207
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	85	85	AY.103	0.000528
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	85	85	AY.44	0.000517
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	84	84	AY.25	0.000505
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	81	81	AY.101	0.039725
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	79	79	B.1.427	0.003989
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	72	72	AY.108	0.079383
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	67	67	AY.44	0.000408
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	67	67	AY.5	0.001383
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	61	61	B.1.1.519	0.002422
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	61	61	P.1	0.000961
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	60	60	AY.103	0.000373
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	59	59	B	0.007541
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	56	56	B.1.595	0.014614
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	55	55	B.1.1.519	0.002184
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	55	55	B.1.628	0.01938
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	54	54	B.1.234	0.007125
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	53	53	B.1.36	0.007733
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	53	53	B.1.36	0.007733
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	51	51	B.1.1.70	0.017394
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	50	50	AY.16	0.018983
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	49	49	AY.117	0.004141
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	49	49	AY.39	0.001211
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	47	47	AY.3	0.000467
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	46	47	B.1.1	0.000834
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCa	TTa	1	47	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	46	46	B.1.1.326	0.080986
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	46	46	B.1.177	0.000606
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	44	44	AY.3	0.000438
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	43	43	AY.4.2	0.000933
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	41	41	All	0.000008
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	40	40	AY.66	0.042781
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	39	39	B.1.1.326	0.068662
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	38	38	AY.108	0.041896
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	38	38	B.1.1.289	0.079167
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	38	38	B.1.1.7	0.000034
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	36	36	AY.113	0.005126
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	36	36	AY.27	0.00233
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	36	36	AY.80	0.040632
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	35	35	B.1.1.369	0.015618
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	35	35	B.1.160	0.001092
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	35	35	B.1.429	0.000824
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	34	34	AY.75	0.001905
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	33	33	B.1.1.7	0.00003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	31	31	B.1.1.377	0.042818
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	30	30	AY.102	0.000795
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	30	30	AY.19	0.034208
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	27	27	AY.29	0.000426
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	27	27	AY.4	0.000042
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	26	26	B.1	0.000238
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	26	26	B.1.429	0.000612
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	25	25	C.37	0.002902
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	24	24	C.37	0.002786
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	21	23	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	CCa	AGa	1	23	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCA	cGT	1	23	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	23	23	AY.47	0.000715
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	23	23	B.1.199	0.095041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	23	23	B.1.576	0.020852
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	22	22	AY.20	0.000855
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	22	22	B.1.1.464	0.032401
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	22	22	B.1.177.32	0.02969
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	22	22	B.1.177.60	0.004806
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	22	22	B.1.351	0.000654
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	21	21	AY.20	0.000816
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	20	20	AY.5.4	0.005534
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	20	20	B.1.160.14	0.042373
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	20	20	C.37	0.002321
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	19	19	AY.107	0.008854
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	19	19	AY.118	0.00119
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	19	19	AY.45	0.002312
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	19	19	AY.5	0.000392
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	19	19	B.1.351	0.000565
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	19	19	B.1.565	0.015397
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	18	18	AY.116	0.005162
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	18	18	B.1.1.277	0.013657
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	18	18	B.1.221	0.001279
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	18	18	B.1.466.2	0.007042
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	17	17	B.1.258	0.001131
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	17	17	B.1.554	0.07489
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	17	17	B.1.580	0.069106
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	16	16	AY.2	0.005698
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	16	16	AY.27	0.001036
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	16	16	AY.45	0.001947
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	16	16	AY.68	0.00438
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	16	16	B.1.1.348	0.012739
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	15	15	AY.75	0.00084
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	15	15	B.1.177.60	0.003277
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	15	15	B.1.243	0.001044
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	14	14	AY.100	0.000644
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	14	14	AY.103	0.000087
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	14	14	AY.52	0.011401
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	5	14	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	5	14	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	4	14	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	14	14	B.1.517	0.005978
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	14	14	C.36.3	0.007941
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	14	14	P.1.7	0.00447
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	6	13	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	6	13	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	cCA	cT-	1	13	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	13	13	AY.43	0.000058
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	13	13	AY.46	0.001353
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	13	13	B.1.1.222	0.002652
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	13	13	B.1.1.284	0.001396
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	13	13	B.1.1.388	0.590909
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	13	13	B.1.637	0.00095
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	13	13	P.1.17	0.002103
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	13	13	Q.8	0.002144
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	12	12	AY.119	0.000424
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	12	12	B.1.1.306	0.005261
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	12	12	B.1.525	0.001358
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	12	12	B.1.526	0.000282
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	12	12	B.1.596	0.001046
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	11	11	AY.105	0.007074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	11	11	AY.13	0.001771
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	11	11	AY.41	0.003233
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	11	11	AY.47	0.000342
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	11	11	B.1.1.289	0.022917
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	AY.113	0.001424
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	AY.117	0.000845
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	AY.29	0.000158
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	AY.42	0.000402
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	10	10	AY.54	0.000953
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	10	10	AY.54	0.000953
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	10	10	AY.65	0.00533
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	10	10	AY.88	0.008842
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	B.1.1.291	0.007424
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	10	10	B.1.1.318	0.003018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	10	10	B.1.1.39	0.005097
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	10	10	B.1.126	0.012755
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCa	TTa	10	10	B.1.497	0.003148
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	AY.120	0.000335
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	9	9	AY.24	0.003879
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	9	9	AY.33	0.000601
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	4	9	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	4	9	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	9	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	AY.46.6	0.00065
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	9	9	AY.61	0.000943
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	9	9	AY.75	0.000504
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	B.1.1.28	0.002801
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	B.1.36.29	0.004656
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	B.1.587	0.017078
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	P.2	0.00168
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	9	9	Q.7	0.01
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	8	8	AY.118	0.000501
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	8	8	AY.23	0.000558
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	AY.33	0.000534
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	AY.4.5	0.00086
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	8	8	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	8	8	AY.46.5	0.001587
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	8	8	AY.62	0.003486
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	AY.63	0.003095
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	AY.69	0.001493
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	8	8	AY.98.1	0.000387
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	B	0.001022
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	8	8	B.1.1.220	0.01487
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	8	8	B.1.22	0.01054
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	B.1.234	0.001056
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	AY.36	0.001037
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	7	7	AY.5	0.000145
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	7	7	AY.85	0.00299
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	7	7	B.1.177.81	0.001325
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	B.1.240	0.001509
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	B.1.242	0.132075
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	B.1.36.17	0.003458
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	7	7	B.1.621	0.00062
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	B.1.621	0.00062
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	B.1.9.4	0.042945
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	7	7	N.5	0.012367
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	P.1.15	0.001626
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	7	7	Q.1	0.000884
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	7	7	Z.1	0.020231
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	6	6	AY.117	0.000507
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	AY.121	0.000812
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	AY.14	0.000528
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	AY.30	0.002374
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	3	6	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	3	6	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	AY.70	0.001251
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	6	6	AY.77	0.006764
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	AY.98.1	0.000291
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	B.1.1.214	0.000333
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.25	0.003411
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.28	0.001867
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.284	0.000644
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	6	6	B.1.1.368	0.018519
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	4	6	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	2	6	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	B.1.416	0.007614
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	B.1.453	0.019417
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.596	0.000523
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.599	0.021898
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.609	0.002876
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	B.1.637	0.000438
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	6	6	Q.8	0.000989
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	6	6	R.1	0.00054
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	A	0.001935
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	A.27	0.008278
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	A.28	0.013228
ORF1ab/nsp3	1103	P1103K	CCa	AAa	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.110	0.000563
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.3.1	0.000426
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	5	5	AY.55	0.004587
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	AY.62	0.002179
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.7.2	0.002796
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	3	5	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	B.1.1.222	0.00102
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	B.1.241	0.004058
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	B.1.258.17	0.00052
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	B.1.349	0.003574
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	B.1.398	0.014881
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	B.1.427	0.000252
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	5	5	B.1.470	0.007022
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	B.1.526	0.000118
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	B.1.575	0.001517
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	B.40	0.001821
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	P.1.10	0.001347
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	5	5	P.1.14	0.000239
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	5	5	P.1.4	0.004883
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	CCA	TTG	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCA	cTG	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	cCA	c--	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.111	0.000733
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.116.1	0.001246
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	AY.41	0.001176
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	AY.74	0.000463
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4	4	AY.87	0.003331
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4	4	AY.88	0.003537
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	AY.98	0.000316
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.352	0.125
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	B.1.177.44	0.002076
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	4	4	B.1.311	0.001098
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	B.1.36.38	0.006568
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	4	4	B.1.369	0.001141
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	P.1.12	0.001936
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.10	0.00159
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.105	0.001929
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.116	0.00086
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.120.1	0.000963
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.22	0.006276
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.46.4	0.000494
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.59	0.001589
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.68	0.000821
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.9	0.000203
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	AZ.5	0.010526
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.186	0.010309
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.192	0.006928
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.207	0.003546
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.241	0.006211
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.316	0.002775
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.372	0.002066
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.83	0.00813
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	3	3	B.1.177.15	0.001893
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.177.77	0.002179
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.86	0.00055
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.206	0.002447
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.416	0.003807
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	B.1.480	0.007463
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.509	0.002597
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.595	0.000783
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	B.1.600	0.017544
ORF1ab/nsp3	1103	P1103K	CCa	AAa	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	3	3	B.3	0.002492
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	C.16	0.003181
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	2	2	AY.1	0.000791
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.1	0.000791
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.23.1	0.000835
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.37	0.000632
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.38	0.000999
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.52	0.001629
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.64	0.00119
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.117	0.019417
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.176	0.000879
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.243	0.008163
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B.1.1.280	0.006173
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.282	0.023256
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.372	0.001377
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.374	0.004751
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.432	0.002532
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.524	0.041667
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.161	0.034483
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.177.11	0.003396
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.33	0.003289
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.177.33	0.003289
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.38	0.020833
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.280	0.014286
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B.1.320	0.002491
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.367	0.001585
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.425	0.005988
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.499	0.002101
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B.1.517	0.000854
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.547	0.04878
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.582	0.000981
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.602	0.013072
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	B.1.612	0.005305
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	P.1.2	0.002312
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	A.22	0.066667
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	A.25	0.018182
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	A.29	0.005319
ORF1ab/nsp3	1103	P1103I	CCa	ATa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp3	1103	P1103K	CCa	AAa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	cCA	c--	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	cCA	cT-	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.49	0.003195
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.49	0.003195
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCA	cGT	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1103	P1103K	CCa	AAa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103I	CCa	ATa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.101	0.01
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.148	0.008772
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.210	0.005714
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	CCa	AGa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.244	0.015385
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.263	0.001558
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.402	0.011111
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.485	0.016667
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.518	0.006329
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.521	0.005348
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	cCA	c--	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.72	0.030303
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	B.1.115	0.021739
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.149	0.003425
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.162	0.005025
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	Cca	-ca	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.20	0.001517
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.195	0.005025
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.220	0.01087
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.258.4	0.003448
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.267	0.018519
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.310	0.047619
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.359	0.022727
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.19	0.009259
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.371	0.001122
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.371	0.001122
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.378	0.006849
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.403	0.003268
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.426	0.001009
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.432	0.011236
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.438.2	0.019231
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp3	1103	P1103R	cCa	cGa	1	1	B.1.460	0.017857
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	cCA	c--	1	1	B.1.487	0.019608
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	1	1	B.1.516	0.001957
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.530	0.007143
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.533	0.009615
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.537	0.02
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.537	0.02
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.540	0.009709
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.546	0.003704
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.574	0.002151
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.611	0.04
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.634	0.003425
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.1.69	0.035714
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.1.9	0.006173
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	B.15	0.017544
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	B.52	0.010101
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del2	cCA	c--	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	C.39	0.018868
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp3	1103	P1103Q	cCa	cAa	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1103	P1103T	Cca	Aca	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1103	P1103A	Cca	Gca	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del	CCA	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1103	P1103S	Cca	Tca	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp3	1103	P1103L	cCa	cTa	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp3	1103	P1103del1	ccA	cc-	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp3	1103	P1103P	ccA	ccG	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.