CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1102

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Y1920H	nonsyn	Tat	Cat	3775	3775	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	Y1920Y	syn	taT	taC	1476	1476	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	Y1920C	nonsyn	tAt	tGt	458	455	0.99345	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	Y1920C	nonsyn	tAT	tGC	458	3	0.00655022	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	Y1920S	nonsyn	tAt	tCt	155	155	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	Y1920del	del	TAT	---	97	97	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Y1920N	nonsyn	Tat	Aat	50	48	0.96	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Y1920N	nonsyn	TaT	AaC	50	2	0.04	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	Y1920F	nonsyn	tAt	tTt	22	21	0.954545	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	Y1920F	nonsyn	tAT	tTC	22	1	0.0454545	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	Y1920X	nonsyn	taT	taA	11	11	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Y1920del1	del	Tat	-at	7	6	0.857143	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Y1920del1	del	tAt	t-t	7	1	0.142857	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	Y1920del2	del	TAt	--t	6	3	0.5	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	Y1920del2	del	tAT	t--	6	1	0.166667	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	Y1920del2	del	TAT	--A	6	1	0.166667	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	Y1920del2	del	TAT	--N	6	1	0.166667	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Q	Y1920Q	nonsyn	TaT	CaA	5	5	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	Y1920I	nonsyn	TAT	ATA	5	3	0.6	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	Y1920I	nonsyn	TAT	ATC	5	1	0.2	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	Y1920I	nonsyn	TAt	ATt	5	1	0.2	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102D	Y1920D	nonsyn	Tat	Gat	3	3	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	Y1920L	nonsyn	tAT	tTA	3	2	0.666667	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	Y1920L	nonsyn	TAT	CTA	3	1	0.333333	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102K	Y1920K	nonsyn	TaT	AaA	1	1	1	6023-6025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102R	Y1920R	nonsyn	TAt	CGt	1	1	1	6023-6025

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3775	3775	All	0.000722
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2615	2615	B.1.177.45	0.99695
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1476	1476	All	0.000282
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	716	716	B.1.2	0.006305
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	455	458	All	0.000087
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAT	tGC	3	458	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	219	219	B.1.1.7	0.000196
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	219	219	P.2	0.040873
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	197	197	AY.4	0.000307
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	169	169	B.1.1.7	0.000151
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	159	159	AY.44	0.000968
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	155	155	All	0.00003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	142	142	AY.4	0.000221
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	108	108	B.1.1.7	0.000097
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	97	97	All	0.000019
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	70	70	B.1.1	0.00127
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	66	66	B.1.609	0.03164
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	48	50	All	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	TaT	AaC	2	50	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	48	48	AY.5	0.000991
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	40	40	AY.4	0.000062
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	40	40	B.1.1.7	0.000036
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	38	38	AY.43	0.000168
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	36	36	B.1.617.2	0.000136
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	35	35	B.1.1.7	0.000031
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	33	33	B.1	0.000302
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	33	33	B.1.429	0.000776
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	28	28	AY.25	0.000168
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	27	27	AY.44	0.000164
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	26	26	AY.25	0.000156
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	26	26	AY.74	0.003007
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	26	26	B.1.1.37	0.005014
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	25	25	B.1.429	0.000588
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	23	23	B.1.1.363	0.137725
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	21	22	All	0.000004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAT	tTC	1	22	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	22	22	AY.4	0.000034
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	22	22	B.1.429	0.000518
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	21	21	B.1.2	0.000185
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	20	20	B.1.2	0.000176
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	20	20	B.1.617.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	17	17	B.1.258	0.001131
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	16	16	AY.103	0.000099
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	14	14	AY.25	0.000084
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	13	13	AY.100	0.000598
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	13	13	AY.4.5	0.001397
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	13	13	AY.42	0.000523
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	13	13	AY.59	0.006886
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	11	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	11	11	B.1.177.86	0.002018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	9	9	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	9	9	B.1.177	0.000119
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	9	9	B.1.258	0.000599
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	8	8	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	8	8	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	8	8	AY.98	0.000632
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Tat	-at	6	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	tAt	t-t	1	7	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	7	7	AY.102	0.000186
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	7	7	AY.118	0.000439
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	6	7	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAT	tGC	1	7	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	7	7	AY.54	0.000667
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	7	7	B.1.428	0.007143
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAt	--t	3	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAT	--A	1	6	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	tAT	t--	1	6	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAT	--N	1	6	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	6	6	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	6	6	AY.36	0.000889
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	6	6	B.1.427	0.000303
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Q	TaT	CaA	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAT	ATA	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAT	ATC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAt	ATt	1	5	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	5	5	AY.33	0.000334
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	5	5	B.1.1.284	0.000537
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	5	5	B.1.427	0.000252
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Q	TaT	CaA	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	AY.53	0.00115
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	AY.73	0.002661
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	B.1.1.222	0.000816
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	B.1.177.81	0.000757
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	B.1.243	0.000278
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	4	4	B.1.551	0.005161
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	4	4	Q.3	0.00058
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102D	Tat	Gat	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	tAT	tTA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	TAT	CTA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.114	0.000693
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.69	0.00056
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	tAT	tTA	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAT	ATC	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102L	TAT	CTA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAt	ATt	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAT	ATA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	B.1.1.526	0.010638
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Tat	-at	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	3	3	B.1.160	0.000094
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.36.29	0.001552
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	B.1.623	0.001609
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102I	TAT	ATA	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	2	2	AY.8	0.001212
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	AY.95	0.001522
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAT	tGC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAT	tTC	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	TaT	AaC	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.1.243	0.008163
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.149	0.006849
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	2	2	B.1.235	0.005038
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.258.20	0.031746
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.258.4	0.006897
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	2	2	B.1.398	0.005952
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.416	0.002538
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.468	0.011429
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	2	2	B.1.551	0.002581
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Tat	-at	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	C.16	0.002121
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	A.3	0.002096
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102K	TaT	AaA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102R	TAt	CGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102D	Tat	Gat	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAT	tGC	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.22	0.002092
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAt	--t	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102R	TAt	CGt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	Tat	-at	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAT	--N	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	tAT	t--	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Q	TaT	CaA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102K	TaT	AaA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.219	0.005
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.1.367	0.055556
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.428	0.009434
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.169	0.014925
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del1	tAt	t-t	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	Tat	Aat	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAT	--A	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.201	0.005682
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAt	--t	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.243.1	0.022222
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	B.1.329	0.000608
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	B.1.348	0.018182
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.36.33	0.007576
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102D	Tat	Gat	1	1	B.1.515	0.014493
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102N	TaT	AaC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102C	tAt	tGt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102D	Tat	Gat	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	B.15	0.017544
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	B.58	0.010204
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102F	tAt	tTt	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del2	TAt	--t	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102X	taT	taA	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102S	tAt	tCt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102del	TAT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102H	Tat	Cat	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp3	1102	Y1102Y	taT	taC	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.