CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1080

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31080N1080SN1898SnonsynaAtaGt4974930.9919525957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080SN1898SnonsynAAtTCt49730.006036225957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080SN1898SnonsynAATTCC49710.002012075957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080KN1898KnonsynaaTaaG1461380.9452055957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080KN1898KnonsynaaTaaA14680.05479455957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080TN1898TnonsynaAtaCt14314315957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080delN1898deldelAAT---14214215957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080NN1898NsynaaTaaC13913915957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080YN1898YnonsynAatTat1391370.9856115957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080YN1898YnonsynAaTTaC13920.01438855957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080DN1898DnonsynAatGat858515957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080HN1898HnonsynAatCat444415957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080IN1898InonsynaAtaTt191915957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del2N1898del2delaATa--13120.9230775957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del2N1898del2delAAT--N1310.07692315957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del1N1898del1delaaTaa-830.3755957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del1N1898del1delAAT-NN820.255957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del1N1898del1delAat-at820.255957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080del1N1898del1delAAT-TW810.1255957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080GN1898GnonsynAAtGGt2215957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080MN1898MnonsynaATaTG2215957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080RN1898RnonsynaATaGA2215957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080AN1898AnonsynAAtGCt2215957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080CN1898CnonsynAATTGC1115957-5959
ORF1ab/nsp31080N1080QN1898QnonsynAaTCaA1115957-5959

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt493497All0.000094
ORF1ab/nsp31080N1080SAAtTCt3497All0.000001
ORF1ab/nsp31080N1080SAATTCC1497All0
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt269269B.1.1.440.648193
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG138146All0.000026
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA8146All0.000002
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt143143All0.000027
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---142142All0.000027
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC139139All0.000027
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat137139All0.000026
ORF1ab/nsp31080N1080YAaTTaC2139All0
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt104104B.1.1.70.000093
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat9393B.1.1.70.000083
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat8585All0.000016
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---6565B.1.1.70.000058
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt5353AY.250.000319
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat4444All0.000008
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG4444B.1.4290.001035
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat3636AY.40.000056
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt3333AY.40.000051
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt3232AY.140.002816
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt3232B.1.5610.012703
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC3232B.1.617.20.00012
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG2525B.1.20.00022
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC2222C.36.30.012479
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat2020AY.40.000031
ORF1ab/nsp31080N1080IaAtaTt1919All0.000004
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC1717AY.440.000103
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat1616AY.4.20.000347
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat1414B.1.4970.004407
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--1213All0.000002
ORF1ab/nsp31080N1080del2AAT--N113All0
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG1212B.1.1770.000158
ORF1ab/nsp31080N1080IaAtaTt99AY.440.000055
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC99AY.5.40.00249
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp31080N1080del1aaTaa-38All0.000001
ORF1ab/nsp31080N1080del1Aat-at28All0
ORF1ab/nsp31080N1080del1AAT-NN28All0
ORF1ab/nsp31080N1080del1AAT-TW18All0
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt88AY.300.003166
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG67B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG56B.1.10.000091
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA16B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt66B.1.36.170.002964
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt56B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp31080N1080SAAtTCt16B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA240.111111
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG240.111111
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt44AY.40.000006
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC44AY.430.000018
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG44B.10.000037
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---33AY.330.0002
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat33AY.40.000005
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat23AY.430.000009
ORF1ab/nsp31080N1080YAaTTaC13AY.430.000004
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt33B.10.000027
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---33B.10.000027
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt33B.10.000027
ORF1ab/nsp31080N1080del1AAT-NN23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31080N1080del1aaTaa-13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC33B.1.3130.019737
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat33B.1.5210.014925
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC220.111111
ORF1ab/nsp31080N1080RaATaGA22All0
ORF1ab/nsp31080N1080GAAtGGt22All0
ORF1ab/nsp31080N1080MaATaTG22All0
ORF1ab/nsp31080N1080AAAtGCt22All0
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31080N1080YAaTTaC12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080SAATTCC12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080SAAtTCt12AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC22AY.200.000078
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat22AY.250.000012
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC22AY.30.00002
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat22AY.430.000009
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---22AY.670.000929
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG22AY.690.000373
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--22AY.750.000112
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat22AY.980.000158
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat22B.10.000018
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat22B.10.000018
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31080N1080IaAtaTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31080N1080del2AAT--N12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp31080N1080del1Aat-at12B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp31080N1080del1aaTaa-12B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt22B.1.5550.044444
ORF1ab/nsp31080N1080GAAtGGt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31080N1080IaAtaTt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---22C.370.000232
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---22P.10.000032
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC22P.10.000032
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG12P.10.000016
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA12P.10.000016
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt22P.20.000373
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp31080N1080CAATTGC11All0
ORF1ab/nsp31080N1080QAaTCaA11All0
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp31080N1080MaATaTG11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31080N1080del1Aat-at11AY.260.000028
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat11AY.290.000016
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31080N1080DAatGat11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp31080N1080NaaTaaC11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31080N1080HAatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31080N1080del2aATa--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaG11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp31080N1080TaAtaCt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.650.000533
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.660.00107
ORF1ab/nsp31080N1080MaATaTG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31080N1080del1AAT-TW11AY.840.000437
ORF1ab/nsp31080N1080SaAtaGt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31080N1080KaaTaaA11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31080N1080delAAT---11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31080N1080YAatTat11AY.9.20.000037
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