CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1069

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp31069V1069IV1887InonsynGttAtt9409380.9978725924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069IV1887InonsynGtTAtA94010.001063835924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069IV1887InonsynGtTAtC94010.001063835924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069VV1887VsyngtTgtC2372090.8818575924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069VV1887VsyngtTgtA237240.1012665924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069VV1887VsyngtTgtG23740.01687765924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069FV1887FnonsynGttTtt1991980.9949755924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069FV1887FnonsynGtTTtC19910.005025135924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069AV1887AnonsyngTtgCt1111090.9819825924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069AV1887AnonsyngTTgCA11120.0180185924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069delV1887deldelGTT---171715924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069GV1887GnonsyngTtgGt860.755924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069GV1887GnonsyngTTgGA810.1255924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069GV1887GnonsyngTTgGC810.1255924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069TV1887TnonsynGTtACt430.755924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069TV1887TnonsynGTTACA410.255924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069SV1887SnonsynGTtAGt320.6666675924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069SV1887SnonsynGTTAGC310.3333335924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069del1V1887del1delgTtg-t310.3333335924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069del1V1887del1delGtt-tt310.3333335924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069del1V1887del1delgtTgt-310.3333335924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069LV1887LnonsynGttCtt2215924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069RV1887RnonsynGTTAGA2215924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069DV1887DnonsyngTtgAt2215924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069CV1887CnonsynGTTTGC210.55924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069CV1887CnonsynGTtTGt210.55924-5926
ORF1ab/nsp31069V1069NV1887NnonsynGTtAAt1115924-5926

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt938940All0.000179
ORF1ab/nsp31069V1069IGtTAtA1940All0
ORF1ab/nsp31069V1069IGtTAtC1940All0
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt642642B.1.1.2631
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC209237All0.00004
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA24237All0.000005
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtG4237All0.000001
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt198199All0.000038
ORF1ab/nsp31069V1069FGtTTtC1199All0
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC115117AY.40.000179
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA1117AY.40.000002
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtG1117AY.40.000002
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt109111All0.000021
ORF1ab/nsp31069V1069AgTTgCA2111All0
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt5858B.1.1.70.000052
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC3639B.1.1.70.000032
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA339B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt3434B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt3131B.1.438.10.003325
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt3030B.1.10.000544
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt2020B.10.000183
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1818AY.220.037657
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt1818B.1.177.210.001376
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt1818D.20.001351
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1818Q.40.008186
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---1717All0.000003
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC1515B.1.20.000132
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1212AY.46.60.000866
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt1111AY.260.000311
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt1111B.10.000101
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1010B.1.10.000181
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt99B.1.1.2840.000967
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp31069V1069GgTtgGt68All0.000001
ORF1ab/nsp31069V1069GgTTgGA18All0
ORF1ab/nsp31069V1069GgTTgGC18All0
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt77AY.1190.000247
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt77AY.260.000198
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt77AY.460.000729
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC77P.10.00011
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt66AY.4.40.002455
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt66B.1.1.3170.00247
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt66B.1.1040.02214
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt350.166667
ORF1ab/nsp31069V1069IGtTAtC150.055556
ORF1ab/nsp31069V1069IGtTAtA150.055556
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC55B.1.160.250.055556
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt55B.1.177.600.001092
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt55B.1.6370.000365
ORF1ab/nsp31069V1069GgTtgGt240.111111
ORF1ab/nsp31069V1069GgTTgGA140.055556
ORF1ab/nsp31069V1069GgTTgGC140.055556
ORF1ab/nsp31069V1069TGTtACt34All0.000001
ORF1ab/nsp31069V1069TGTTACA14All0
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt44AY.75.10.000721
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA34B.10.000027
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC14B.10.000009
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt44B.1.3690.001141
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt44B.1.6370.000292
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt44P.10.000063
ORF1ab/nsp31069V1069SGTtAGt230.111111
ORF1ab/nsp31069V1069SGTTAGC130.055556
ORF1ab/nsp31069V1069SGTtAGt23All0
ORF1ab/nsp31069V1069SGTTAGC13All0
ORF1ab/nsp31069V1069del1Gtt-tt13All0
ORF1ab/nsp31069V1069del1gTtg-t13All0
ORF1ab/nsp31069V1069del1gtTgt-13All0
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt33AY.250.000018
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC23AY.390.000049
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA13AY.390.000025
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt33AY.430.000013
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC33AY.440.000018
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC33AY.98.10.000145
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt33B0.000383
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA33B.1.360.000438
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt33C.370.000348
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt33Q.20.00184
ORF1ab/nsp31069V1069FGtTTtC120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069TGTTACA120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069AgTTgCA120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069CGTtTGt120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069TGTtACt120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069CGTTTGC120.055556
ORF1ab/nsp31069V1069RGTTAGA22All0
ORF1ab/nsp31069V1069LGttCtt22All0
ORF1ab/nsp31069V1069DgTtgAt22All0
ORF1ab/nsp31069V1069CGTtTGt12All0
ORF1ab/nsp31069V1069CGTTTGC12All0
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtG12AY.250.000006
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA12AY.250.000006
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC12AY.430.000004
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA12AY.430.000004
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC22AY.450.000243
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22AY.840.000875
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---22B.10.000018
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22B.1.1.2550.006061
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp31069V1069GgTtgGt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22B.1.3240.00321
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtG12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA22B.1.621.10.001012
ORF1ab/nsp31069V1069RGTTAGA110.055556
ORF1ab/nsp31069V1069NGTtAAt110.055556
ORF1ab/nsp31069V1069DgTtgAt110.055556
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11A.20.000662
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp31069V1069NGTtAAt11All0
ORF1ab/nsp31069V1069LGttCtt11AU.10.001266
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31069V1069LGttCtt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11AY.270.000065
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.360.000148
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.610.000105
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.650.000533
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp31069V1069delGTT---11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31069V1069del1gTtg-t11AY.850.000427
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA11AY.910.00073
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp31069V1069RGTTAGA11B.10.000009
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp31069V1069FGttTtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31069V1069TGTtACt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31069V1069GgTtgGt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp31069V1069IGttAtt11B.1.1.2080.012195
ORF1ab/nsp31069V1069DgTtgAt11B.1.1.3000.010753
ORF1ab/nsp31069V1069AgTtgCt11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtC11B.1.1.4160.000905
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ORF1ab/nsp31069V1069VgtTgtA11B.1.1.5190.00004
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