CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp3 : CodonNum = 1063 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	T1881I	nonsyn	aCt	aTt	9017	9017	1	5906-5908

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9017	9017	All	0.001725
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2284	2284	B.1.1.7	0.002045
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1619	1619	B.1.214.2	0.970624
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	595	595	B.1.617.2	0.00224
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	403	403	AY.39.1	0.015964
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	248	248	A.21	0.686981
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	248	248	AY.4	0.000386
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	229	229	B.1.1.186	0.786942
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	175	175	AY.103	0.001087
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	142	142	B.1	0.001301
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	133	133	B.1.214.3	0.95
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	126	126	B.1.1.138	0.763636
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	110	110	B.1.2	0.000969
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	110	110	B.1.214.4	1
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	109	109	B.1.636	0.731544
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	98	98	AY.25	0.000589
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	97	97	AY.102	0.002572
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	96	96	P.1	0.001512
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	90	90	B.1.214	0.32967
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	88	88	AY.43	0.00039
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	83	83	B.1.1.348	0.066083
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	79	79	AY.44	0.000481
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	74	74	AY.3	0.000736
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	66	66	B.1.177	0.000869
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	65	65	AY.75	0.003641
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	64	64	B.1.258	0.004259
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	53	53	AY.39	0.00131
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	48	48	AY.42	0.001931
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	48	48	B.1.617.1	0.00619
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	47	47	AY.47	0.001462
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	47	47	B.1.1	0.000853
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	46	46	B.1.214.1	0.92
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	45	45	B.1.258.17	0.004679
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	43	43	AY.99	0.045121
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	35	35	B.1.351	0.00104
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	33	33	B.1.160	0.001029
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	28	28	B.1.177.86	0.005137
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	27	27	B.1.205	0.642857
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	27	27	B.1.36.36	0.016255
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	25	25	AY.5	0.000516
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	25	25	B.1.1.317	0.010292
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	24	24	A.23.1	0.016901
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	24	24	AY.100	0.001104
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	23	23	B.1.243	0.0016
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	22	22	AY.23	0.001534
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	22	22	B.1.429	0.000518
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	20	20	AY.106	0.006698
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	19	19	AY.113	0.002705
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	19	19	B.1.177.60	0.00415
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	18	18	AY.33	0.001202
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	18	18	B.1.221	0.001279
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	18	18	B.1.357	0.171429
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	16	16	AY.26	0.000453
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	16	16	B.1.1.28	0.00498
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	15	15	B.1.575.1	0.036585
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	14	14	B.1.1.318	0.004225
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	14	14	B.1.210	0.029851
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	13	13	A	0.005031
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	13	13	AY.114	0.003004
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	13	13	AY.20	0.000505
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.214	0.000721
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	12	12	AY.98	0.000948
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	12	12	B.1.551	0.015484
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	AY.120	0.000409
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	AY.46	0.001145
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	AY.85	0.004699
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	AY.99.2	0.001014
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	B.1.177.44	0.005708
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	P.2	0.002053
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	11	11	Q.8	0.001814
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	10	10	B.1.621	0.000885
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9	9	AY.110	0.001014
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.311	0.003223
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9	9	B.1.313	0.059211
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9	9	B.1.36	0.001313
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	9	9	P.1.16	0.003367
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	AY.118	0.000501
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	B.1.236	0.016427
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	B.1.36.29	0.004139
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	B.1.409	0.00625
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	C.14	0.034632
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	8	8	P.1.15	0.001859
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	AY.117	0.000592
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	AY.61	0.000733
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	AY.75.1	0.001262
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	B.1.361	0.009021
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	B.1.565	0.005673
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	B.1.596	0.00061
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	B.1.628	0.002467
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	B.3.1	0.011609
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	7	7	R.1	0.00063
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	AY.6	0.000247
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B	0.000767
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.487	0.03352
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.147	0.004535
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.87	0.004367
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	B.1.609	0.002876
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	C.37	0.000696
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	P.1.12	0.002904
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	P.1.17	0.000971
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	6	6	Q.1	0.000758
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	AY.45	0.000608
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	AY.5.2	0.012315
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	AY.54	0.000477
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	AY.69	0.000933
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.372	0.003444
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.73	0.002831
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	B.1.427	0.000252
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	P.1.14	0.000239
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	5	5	P.7	0.021834
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AE.8	0.001956
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AY.116	0.001147
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AY.121	0.000541
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AY.34	0.000388
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AY.37	0.001264
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	AY.71	0.0019
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.284	0.00043
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.12	0.000607
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.20	0.00607
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.7	0.000659
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.258.11	0.001585
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.311	0.001098
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	B.1.587	0.00759
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	4	4	Q.7	0.004444
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	AZ.1	0.002602
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.163	0.022901
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.316	0.002775
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.240	0.000647
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.369	0.000856
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.433	0.009585
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	3	3	B.1.459	0.012245
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	A.28	0.005291
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.62	0.000871
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.80	0.002257
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.291	0.001485
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.304	0.005618
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.326	0.003521
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.63	0.000772
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.128	0.001271
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.158	0.047619
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.67	0.015267
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.84	0.013333
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.329	0.001215
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.556	0.015038
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	B.1.93	0.001867
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	P.1.4	0.001953
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	A.3	0.002096
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AE.1	0.011364
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.49	0.003195
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AZ.2	0.000821
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	AZ.5	0.003509
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.164	0.005155
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.240	0.004695
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.263	0.001558
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.336	0.016667
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.376	0.005952
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.40	0.034483
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.62	0.027027
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.22	0.006757
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.48	0.003125
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.178	0.02381
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.188	0.016667
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.380	0.006623
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.404	0.001302
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.480	0.002488
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.570	0.002941
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.598	0.016949
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.618	0.004032
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.1.639	0.021739
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.28	0.003279
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.3	0.000831
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.55	0.00295
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.6.8	0.008264
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	B.60	0.015873
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	D.5	0.004975
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	P.1.17.1	0.000875
ORF1ab/nsp3	1063	T1063I	aCt	aTt	1	1	P.1.2	0.001156

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.