CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : Mut = S248S

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2248S248SS428SsynagCagT136213600.9985321547-1549
ORF1ab/nsp2248S248SS428SsynAGcTCc136210.0007342141547-1549
ORF1ab/nsp2248S248SS428SsynAGCTCT136210.0007342141547-1549

Details of the mutation S248S within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT13601362All0.00026
ORF1ab/nsp2248S248SAGCTCT11362All0
ORF1ab/nsp2248S248SAGcTCc11362All0
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT223223B.1.1.70.0002
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT202202AY.40.000314
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT131131B.1.617.20.000493
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT102102AY.440.000621
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT6262B.1.20.000546
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT4545AY.1170.003803
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT3939AY.430.000173
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT3636B.1.221.30.03
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT3333B.1.1770.000435
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT3131B.10.000284
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT2424P.10.000378
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT2222AY.420.000885
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT2222AY.980.001738
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1818AY.1030.000112
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1818B.1.4290.000424
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1616AY.230.001116
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1515AY.250.00009
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1414B.1.177.810.002651
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1414B.1.6210.001239
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1313AY.1020.000345
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1313AY.390.000321
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1313B.1.6190.011324
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1111B.1.5260.000259
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT1111B.1.6230.005901
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT99AY.260.000255
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT88AY.30.00008
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT88AY.330.000534
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT77AY.140.000616
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT77AY.570.004593
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT77B.1.5770.004811
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT350.166667
ORF1ab/nsp2248S248SAGCTCT150.055556
ORF1ab/nsp2248S248SAGcTCc150.055556
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT55AY.540.000477
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT55AY.990.005247
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44AY.290.000063
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44AY.470.000124
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44AY.50.000083
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44AY.90.00027
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44AY.910.002922
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.1.630.001543
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.177.820.001909
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.3690.001141
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44B.1.621.10.002023
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33B.1.177.730.001699
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33B.1.36.180.001261
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33D.20.000225
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33P.20.00056
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT33Q.80.000495
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22A.10.000564
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.590.001059
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.1470.001512
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.258.140.001961
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.4040.002604
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT22Q.10.000253
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.210.001898
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.380.000499
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.480.000465
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.800.001129
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11AY.950.000761
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.1110.014706
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.3280.016949
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.3810.04
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.1.4190.007407
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.160.220.006757
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.177.330.001645
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.177.550.002331
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.258.30.001675
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.3290.000608
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.3360.002439
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.5740.002151
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11B.1.930.000934
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11P.1.60.001946
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11P.70.004367
ORF1ab/nsp2248S248SagCagT11Z.10.00289