CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : Mut = L578L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynttGttA8875350.6031572537-2539
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynTtgCtg8873480.3923342537-2539
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynTtGCtA88740.004509582537-2539

Details of the mutation L578L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA535887All0.000102
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg348887All0.000067
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA4887All0.000001
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA252252AY.60.010364
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA139154B.1.1.70.000124
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg15154B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg150150AY.9.20.005509
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg3646AY.40.000056
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1046AY.40.000016
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg2637B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1037B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA137B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg2525N.20.961538
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1117B.1.20.000097
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg617B.1.20.000053
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1116AY.1030.000068
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg516AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg816AY.430.000035
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA816AY.430.000035
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg711AY.1020.000186
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA411AY.1020.000106
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1010P.1.140.000478
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg69AY.250.000036
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA39AY.250.000018
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA48AY.390.000099
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg48AY.390.000099
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg47P.10.000063
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA37P.10.000047
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA36B.10.000027
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg36B.10.000027
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA46B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg26B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA55AY.1180.000313
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA45AY.230.000279
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg15AY.230.00007
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg45B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA15B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA44AY.110.005355
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg34AY.440.000018
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA14AY.440.000006
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg44AY.520.003257
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg33AY.340.000291
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg23B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA13B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg23B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33B.1.5680.003333
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33D.20.000225
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA12AY.360.000148
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg12AY.360.000148
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg22AY.460.000208
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22B.1.5880.00182
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22Q.10.000253
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22Q.40.00091
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.140.000088
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.170.008197
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.310.018519
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.570.000656
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.780.001541
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B0.000128
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.1.2050.003717
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.160.120.00641
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.1800.05
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.4670.04
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.30.000831
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11P.1.130.000898
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11P.60.003145
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11Q.80.000165