CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : Mut = L550F

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2550L550FL730FnonsynCtcTtc87189870920.9988872453-2455
ORF1ab/nsp2550L550FL730FnonsynCtCTtT87189970.001112532453-2455

Details of the mutation L550F within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8709287189All0.016657
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT9787189All0.000019
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8377183859B.1.1.70.074994
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT8883859B.1.1.70.000079
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc376376AY.40.000585
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc239239B.10.002189
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc212214B.1.20.001867
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT2214B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc196197AY.440.001193
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT1197AY.440.000006
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc183183B.1.1770.00241
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc155155B.1.5260.003643
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc120120B.1.10.002177
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc112112AY.340.01086
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc9999Q.80.016326
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc9193B.1.617.20.000343
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT293B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8686AY.1130.012245
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc7374Q.10.009222
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT174Q.10.000126
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5959P.10.000929
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5858AY.250.000349
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5757B.1.1.3050.220077
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5454AY.410.015873
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4848AY.430.000213
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4242AY.1030.000261
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4242Q.50.711864
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3636B.1.1600.001123
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3333AY.4.20.000716
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131AY.98.10.001501
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131B.1.1470.023432
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131B.1.4290.000729
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727AY.1210.003654
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727AY.30.000269
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727B.1.36.80.027
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2626B.1.6370.0019
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2525AY.1180.001566
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2323AY.1000.001058
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2222P.1.70.007024
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2020B.1.3510.000595
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1717AY.1020.000451
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1717B.1.1.460.074236
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1616B.1.36.290.008277
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515AY.470.000467
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515AY.50.00031
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.1.2840.001611
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.1.330.006313
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.5820.00736
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212AY.60.000494
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.1.3060.005261
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.1.5120.342857
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.177.730.006795
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1111AY.330.000735
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1010B.1.5250.001132
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99AY.290.000142
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99AY.9.20.000331
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99AY.940.003984
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99B.1.2210.000639
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99B.1.6210.000797
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc88AY.1160.002294
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc88B.1.3110.002197
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc88B.1.5760.007253
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc88B.1.5960.000697
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc88C.370.000929
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77AY.260.000198
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77AY.420.000282
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77B.1.1.5280.033654
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77B.1.177.570.001967
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77B.1.360.001021
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc77Q.30.001015
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66AY.1200.000223
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66AY.5.40.00166
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66B0.000767
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66B.1.1.630.002315
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66C.36.30.003403
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc66P.1.10.001906
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc55AY.920.001436
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc55B.1.1.3170.002058
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc55B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44AY.540.000381
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44AY.9.10.000335
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.1.2140.000222
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.177.600.000874
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.258.170.000416
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.3750.003279
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.4000.001716
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44B.1.6280.001409
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc44P.20.000747
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc330.166667
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.1100.000338
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.230.000209
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.360.000445
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.450.000365
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.460.000312
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.610.000314
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.7.10.000338
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33AY.980.000237
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.1.4320.003797
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.177.820.001432
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.3490.002144
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.4700.004213
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.4970.000944
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.4990.003151
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.6250.007059
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33B.1.9.50.017045
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33C.360.002732
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33P.1.120.001452
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22A.2.5.20.003145
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AU.20.004843
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.130.000322
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.350.000466
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.590.001059
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.90.000135
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.10.000653
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.1700.002494
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.2200.003717
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.2280.006098
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT22B.1.1.3120.003824
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.4480.004065
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.5250.010929
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.1.700.000682
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.130.004751
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.36.180.00084
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.6200.001892
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11A.20.000662
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AE.50.018519
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AU.10.001266
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.10.000396
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.220.002092
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.240.000431
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.270.000065
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.320.000532
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.530.000288
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11AY.990.001049
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.1130.006993
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.120.007463
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.2970.002237
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.3220.008772
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.3750.011905
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.3910.008547
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1.4630.0625
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1130.015625
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.177.200.001517
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.177.670.007634
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.1890.004292
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.4130.004255
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.4220.000812
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5380.008065
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5700.002941
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5930.01087
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.595.10.005848
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.6020.006536
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11B.3.10.001658
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11D.20.000075
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11Q.40.000455
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11Q.70.001111
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11R.10.00009
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc11Y.10.012821